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原创深度学习对蛋白质结构建模的影响

传统方法：代表为Rosetta软件。基于物理模型，使用力场和能量函数来描述生物分子中原子间的相互作用，表示为原子间的非共价范德华、静电、氢键等作用关系的和。第一个问题在于，蛋白质的构象空间是十分庞大的。分子动力学方法只有不到一毫秒的模拟时间，因此除了很小的蛋白只能分析蛋白起始状态。基于蒙特卡洛法的Rosetta试图寻找蛋白链与较大蛋白纠缠时的最小能量状态，因此有更大的构象空间。第二个问题在于力场的精确性。预测的精确性取决于对力场建模的精确性。鉴于经过复杂的进化历程，实际氨基酸序列排列有限

2022-03-07 15:32:44 886

原创 Relion三维重构失败可能的问题

在使用relion时，有可能会出现initial model 正常但是三维精修后一塌糊涂的情况，这时候如果你在三维精修时设置了对称性，那么这篇文章可能会解决你的问题。一开始我发现自行编写.star来导入颗粒会引起这种情况，但后来发现这个现象可能更普遍些以relion tutorial中使用的beta-galactosidase数据集为例这是初始模型，一切正常三维精修（D2对称）后，结构完全错误如果你尝试不限制对称性（C1），能重构出正常的结构，那么可以继续看下去当时这个问..

2022-02-19 13:19:56 2370

原创由cryosparc导入颗粒到relion

UCSF pyem 工具包中的csparc2star.py可以将cryosparc的.cs文件转为relion的.star文件，之后relion导入该star文件，可以完成颗粒由cryosparc到relion的迁移，具体操作如下：1.安装pyem，官方教程如下：https://github.com/asarnow/pyem/wiki/Install-pyem-with-Miniconda2.根据pyem官方示例，假设J313为cryosparc P10project的particlesex..

2022-01-20 11:04:18 4788

原创 relion 的安装

relion是最有名的冷冻电镜三维重构图像处理软件之一，官方给出的安装教程有两处，一是来自官网：https://www3.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install官网上的教程非常详细，但有些繁琐，可能会对新手造成一些困扰，因此推荐官方在github上提供的教程，非常简洁：https://github.com/3dem/relion本人使用Ubuntu 20.04.2 LTS系统，需要的关键操作如下：但是在安装完成后可能

2021-08-27 17:03:53 4350 6

原创电镜三维重构中多构象的辨别方法

多构象问题是冷冻电镜三维重构的难题之一。同种颗粒可能会有多种不同的形态，有些形态甚至是连续变化的，因此利用中央截面定理从多种构象混合的二维单颗粒中重构多种构象是很困难的。想要区分不同构象，最简单的思想就是从二维空间区分不同的颗粒，因此有人希望在二维聚类阶段对不同构象能有所区分，引出了第一篇作品，二维空间通过聚P. A. Penczek的“Iterative Stable Alignment and Clustering of 2D Transmission Electron Microscope Ima

2021-08-23 20:44:11 542

原创 pytorch中的一个小坑：Expected more than 1 value per channel when training, got input size ...

由于BatchNorm层需要大于一个图像输入，当最后一个批数据恰好只剩一个图像就会报此错误，解决方案：if num_of_imgs > 1:'''continue training'''认为设置长度小于2丢掉就好了

2021-06-11 22:22:13 6655 4

原创 Cryo-EM数据集导航

主要网站：Protein Data Bankin EuropeThe European resource for the collection, organisation and dissemination of 3D structural data (from PDB and EMDB) on biological macromolecules and their complexes.

2021-06-08 10:47:49 769

原创冷冻电镜单颗粒图像聚类/降噪评价标准

1.Lei H , Yang Y . CDAE: A Cascade of Denoising Autoencoders for Noise Reduction in the Clustering of Single-Particle Cryo-EM Images[J]. Frontiers in Genetics, 2021本文设计了一个级联型降噪自编码器（CDAE），三个模块级联，每个模块包含一个卷积自编码器，由不同SNR的模拟数据进行预训练，并由目标数据集进行微调。使用了PSNR(peak s

2021-05-25 21:16:23 733

原创使用scipion/cryosparc生成三维生物颗粒的二维投影

介绍一下在冷冻电镜领域如何使用已经解得的三维结构生成无噪声的二维投影，可以利用scipion、cryosparc实现。这些投影可以当成再次进行颗粒挑选（particlespicking）的模板（templates），也可以用来生成电镜图像的数据集，用来进行降噪、聚类的研究方法一：使用scipion中xmipp3的create gallery模块输入三维模型、对称信息，角度范围，投影步距得到投影图像方法二：使用cryosparc的createtemplates功能，步...

2021-05-03 17:28:39 896

原创在pytorch中简单使用tensorboard

使用pytorch过程中需要保存模型结构、loss变化、accuracy变化，可以尝试使用tensorboard1.第一步,设置路径from torch.utils.tensorboard import SummaryWritertb_writer = SummaryWriter(log_dir=run_root_dir + "tensorboard/")2.写入需要保存的东西net = model.resnet50()init_img = torch.zeros((1, 1,

2021-05-03 13:23:33 648

yy19980310的博客