由cryosparc导入颗粒到relion

UCSF pyem 工具包中的csparc2star.py可以将cryosparc的.cs文件转为relion的.star文件，之后relion导入该star文件，可以完成颗粒由cryosparc到relion的迁移，具体操作如下：

1.安装pyem，官方教程如下：

https://github.com/asarnow/pyem/wiki/Install-pyem-with-Miniconda

2.根据pyem官方示例，假设J313为cryosparc P10 project的particles extraction 任务，迁移颗粒操作如下

cd relion-project
mkdir -p J313/extract
cd J313/extract
ln -s /path/to/cryosparc/P10/J313/extract/*.mrc -t .
rename .mrc .mrcs *.mrc
cd ../..
csparc2star.py /path/to/cryosparc/P10/J315/cryosparc_P10_J315_009_particles.cs from_csparc.star
sed -i 's/particles.mrc/particles.mrcs/g' from_csparc.star

如果使用了ubuntu系统，rename应做修改

rename 's/.mrc/.mrcs/' *

relion-project为你要迁移进去的relion project工程文件夹

3.实际操作中，照搬官方示例可能丢失一些信息，倒数第二行命令可以修改如下

csparc2star.py /path/to/cryosparc/P10/J315/cryosparc_P10_J315_009_particles.cs /path/to/cryosparc/P10/J315/cryosparc_P10_J315_009_passthrough_particles.cs from_csparc.star

4.另外，如果想在relion中进行re-extract操作，还需要link MotionCorr文件

参考：

https://discuss.cryosparc.com/t/how-to-import-cryosparc-particle-coordinates-in-relion-3-1/5528

https://github.com/asarnow/pyem/wiki/Export-from-cryoSPARC-v2