Optitype进行HLA分型的尝试

Optitype

软件安装

最开始尝试使用docker，无奈悲剧的失败，发现bioconda有这个软件的，于是上conda，感觉比docker更方便呢。还有一个好处是，win10家庭版不支持docker，要想支持得修改注册表一通操作，太麻烦了。

# 下面两个命令选一就可以了
conda install -c bioconda optitype 
conda install -c bioconda/label/cf201901 optitype 

运行和结果

很简单的一条命令就可以了。

 OptiTypePipeline.py  -i read_1.fq read_2.fq --dna -v -o optutype

AMD YES的r7-4700u加持下，在近乎突破硬件极限的情况下完成了分型。
结果首先是个pdf文件，是分型结果的测序覆盖度图。

然后是一个tsv文件，分型结果，是只有ABC的结果，4位的：

        A1      A2      B1      B2      C1      C2      Reads   Objective
0       A*03:01 A*31:01 B*15:11 B*48:01 C*03:03 C*08:01 15556.0 15135.987999999903