RDKit安装和使用

    因为做生物信息工作需要这个包去计算化学结构的相似性,所以就安装了这个工具包。安装过程中有一点小坑,在这里写出来供大家参考。
    首先介绍一下,RDkit 是一款开源化学信息学与机器学习工具包,提供C++ 和python 的API 接口,因此可以使用这个包用python进行化学上的计算。
    安装一定要使用anconda环境,我也用过python环境去装结果不行。IDE使用的是pycharm,在pycharm的环境下建立虚拟conda环境,对于玩儿pycharm的同学来说肯定很熟悉了。
然后使用terminal安装代码如下:

在已有的conda环境中安装rdkit
conda install rdkit
如不成功请用下面一个命令:
conda install -c conda-forge rdkit

参考文献:

[1]anaconda下安装RDkit
[2]官方安装文档

`solving environment unsuccessful` 是在使用conda等包管理器安装包时可能会遇到的一个错误信息,通常意味着包管理器在尝试解析依赖关系时遇到了问题。RDKit是一个开源的化学信息学和机器学学习工具包,安装它时可能会出现这个错误,这可能是因为以下几个原因: 1. 网络问题:在安装过程,conda需要从网上下载RDKit及其依赖的包。如果网络连接不稳定,可能会导致下载失败或断,从而无法正确解决环境。 2. 版本冲突:RDKit可能与其他已安装的包存在版本冲突。包管理器需要找到一个兼容所有依赖项的包版本组合,这在某些情况下可能无法做到。 3. 镜像源问题:如果使用的镜像源没有所需的包或者包版本不全,也可能导致解决环境失败。 为了解决这个问题,你可以尝试以下几个步骤: 1. 检查网络连接,并确保conda可以访问网络资源。 2. 使用conda-forge通道安装RDKit,因为conda-forge通常有更新的包版本。可以通过以下命令添加conda-forge通道并安装RDKit: ``` conda config --add channels conda-forge conda install rdkit ``` 3. 确保你的conda是最新版本,可以通过`conda update conda`来更新。 4. 如果问题依旧存在,可以尝试清理conda缓存,使用以下命令: ``` conda clean --all ``` 5. 另外,可以尝试创建一个新的环境来安装RDKit,以避免已有环境的依赖冲突: ``` conda create -n new_env_name rdkit conda activate new_env_name ``` 6. 如果安装的是RDKit的开发版本,确保你有适当的开发工具和依赖库。
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