【单细胞】Python单细胞分析数据结构AnnData

最新推荐文章于 2025-03-28 17:55:49 发布
最新推荐文章于 2025-03-28 17:55:49 发布
阅读量333 收藏 1
点赞数
分类专栏： 生物信息 文章标签： 单细胞
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/zfhsfdhdfajhsr/article/details/128862132
版权
文章详细介绍了AnnData这一Python库，它是单细胞分析中的关键数据结构。AnnData设计用于存储高维生物信息学数据，结合了观测数据和附加的层次信息。Scanpy库利用AnnData进行高效分析，并提供了丰富的API用法来操作和探索这些数据。文章通过实例探讨了如何使用AnnData和Scanpy进行数据处理和分析。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

单细胞分析Scanpy(一)：Anndata数据结构
关关难过关关过
08-13 5837
Scanpy是一个分析单细胞转录组数据的python库，AnnData是scanpy的数据存储格式。
Scanpy（3）单细胞数据分析常规流程
xiaoyaozizai017的博客
06-05 1842
面对高效快速的要求上，使用R分析数据越来越困难，转战Python分析，我们通过scanpy官网去学习如何分析单细胞下游常规分析。数据3k PBMC来自健康的志愿者，可从10x Genomics免费获得。在linux系统上，可以取消注释并运行以下操作来下载和解压缩数据。最后一行创建一个用于保存已处理数据的目录write，后面直接使用保存的数据，能快速加载数据。
scanpy：Python中的单细胞分析。 扩展到> 1M个单元
02-04
scanpy：Python中的单细胞分析。 扩展到> 1M个单元
单细胞分析的 Python 包 Scanpy（图文详解）
热门推荐
Baimoc
07-14 3万+
文章目录一、安装二、使用1、准备工作2、预处理过滤低质量细胞样本3、检测特异性基因4、主成分分析（Principal component analysis）5、领域图，聚类图（Neighborhood graph）6、检索标记基因7、保存数据8、番外 一、安装 如果没有conda 基础，参考： Conda 安装使用图文详解（2021版） pip install scanpy conda install -y -c conda-forge leidenalg 二、使用 1、准备工作 # 载入包 import
使用Python进行单细胞RNA测序数据的聚类分析
最新发布
2501_91379797的博客
03-28 400
单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术让我们能窥探细胞异质性，是生物信息学的前沿领域。Python凭借其丰富的分析库，成为处理scRNA-seq数据的利器。本文将介绍如何用Python对单细胞数据进行预处理和聚类分析，适合想探索单细胞世界的科研人员。从计数矩阵到UMAP图，几步就能揭示细胞多样性。后续可以深入研究细胞轨迹或空间转录组。这个流程能帮你找到细胞群，但下一步可以标记细胞类型或找差异基因。我之前用这方法分析过一个免疫细胞数据集，发现一个罕见亚群，直接促成了一篇合作论文。第一步：加载单细胞数据。
单细胞测序数据分析python工具库Scanpy
SN的博客
08-17 971
Step 3：特征选择-->寻找高变基因。Step 7：寻找差异基因，并且可视化。Step 1：创建annData对象。R中的Seurat object。每个细胞类型对应的marker。annData 数据结构。Step 4：数据归一化。Step 6: 聚类分群。Step 2：数据标准化。Step 5：数据降维。Leiden分群方法。补充说明：遇到问题怎么办。编辑annData对象。
python小白入门单细胞分析scanpy
生信小博士的博客
12-06 5437
Scanpy 和 Seurat 基本上完全一样，Scanpy 构建的对象叫做 AnnData 对象，他的数据存储是以4 个模块存储
基于 python 的单细胞转录因子分析
qq_40966210的博客
11-23 1889
基于 python 的单细胞转录因子分析 pyscenic 文章目录基于 python 的单细胞转录因子分析前言Main 前言 流程极为简单，几乎没有任何难度 Main Install pyscenic ！Attention, python version >=3.7 pip install pyscenic Download reference datas wget -c https://github.com/aertslab/pySCENIC/archive/refs/heads
python sci数据_scanpy学习笔记:用Python分析单细胞数据
weixin_39839018的博客
12-11 4157
Scanpy 是一个基于 Python 分析单细胞数据的软件包，内容包括预处理，可视化，聚类，拟时序分析和差异表达分析等。本文翻译自 scanpy 的官方教程Preprocessing and clustering 3k PBMCs[1]，用 scanpy 重现Seurat聚类教程[2]中的绝大部分内容。0. scanpy 安装Anaconda# scanpyconda install-c ...
AnnData：单细胞和空间组学分析的数据基石
池塘春草梦的博客
01-14 2430
今天我们来系统学习一下单细胞分析的标准数据类型——AnnData！AnnData就是有注释的数据，全称是Annotated Data。
python单细胞分析scanp，小白入门必看！
weixin_68789096的博客
12-11 1959
基本概念介绍。
Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（三）——python(scanpy)
coffeeii的博客
05-23 4768
文章参考至，做了一个更详细的解读。本教程探讨了 scanpy 的可视化可能性，分为三个部分：嵌入的散点图（例如 UMAP、t-SNE）使用已知标记基因鉴定簇差异表达基因的可视化在本教程中，我们将使用来自 10x 的数据集，其中包含来自PBMC的 68k 个细胞。Scanpy 在其分布中包括该数据集的简化样本，该数据集仅包含 700 个细胞和 765 个高度可变的基因。该数据集已经过预处理和 UMAP 计算。在本教程中，我们还将使用以下文献标记：B细胞：CD79A、MS4A1。
Python单细胞分析数据结构——AnnData
XerCis的博客
07-18 6275
AnnData是一种类似矩阵的数据，用于单细胞分析，已成为 Python 中该领域的标准数据结构。
1.基于python的单细胞数据预处理-降维可视化
白景屹的博客
05-11 1495
scRNA-seq预处理-降维可视化
1.基于python的单细胞数据预处理-特征选择
白景屹的博客
05-10 1166
scRNA-seq预处理-HVG选择
1.基于python的单细胞数据预处理-质量控制
白景屹的博客
05-09 2066
scRNA-seq预处理-质量控制
scanpy单细胞分析官网示例全解析（二）全网最详细及细节
cuixueyi的博客
01-26 3537
scanpy核心的画图功能介绍大全
数据存储格式——Anndata
weixin_54379099的博客
11-18 1537
AnnData 是用于存储数据的对象，一般作为 scanpy 的数据存储格式。使用前事先按照scanpy库anndata 是一个 Python 软件包，用于处理内存和磁盘中的注释数据矩阵，介于 pandas 和 xarray 之间。anndata 提供了大量高效的计算功能，包括 sparse data support, lazy operations, and a PyTorch interface.
单细胞数据分析python
01-17
### 使用Python进行单细胞数据分析 #### 创建和操作AnnData对象 为了有效地处理单细胞基因表达数据，通常会使用`anndata`库来创建一个名为`AnnData`的对象。此对象能够高效地存储矩阵形式的数据以及与之关联的各种...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值