【单细胞】Scanpy 如何生成一个AnnData对象

AnnData对象包含以下主要部分：

1. X：基因表达矩阵
2. obs：细胞元数据（观测数据）
3. var：基因元数据（变量数据）
4. uns：未分类数据（杂项数据）
5. obsm：多维细胞元数据
6. varm：多维基因元数据
7. layers：不同层的数据

生成对象代码

import numpy as np
import pandas as pd
import scanpy as sc
from anndata import AnnData

# 生成随机的基因表达数据
num_cells = 100  # 细胞数量
num_genes = 200  # 基因数量

# 生成一个随机的表达矩阵
expression_data = np.random.rand(num_cells, num_genes)

# 创建细胞和基因的元数据
cell_ids = [f'cell_{i}' for i in range(num_cells)]
gene_ids = [f'gene_{i}' for i in range(num_genes)]

# 生成DataFrame以存储细胞和基因的信息
obs = pd.DataFrame(index=cell_ids)  # 细胞信息（观测）
var = pd.DataFrame(index=gene_ids)  # 基因信息（变量）

# 创建AnnData对象
adata = AnnData(X=expression_data, obs=obs, var=var)

# 查看AnnData对象
print(adata)