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热爱医学,执着科研。公众号:生信方舟
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一套代码即可搞定常见的单基因基础分析
如何能够像网页工具一样,仅输入基因名称,通过一套代码就可以获得基因表达量在不同样本中的表达量差异图,基因表达量差异与临床病理参数之间的关系图以及表达量差异与生存的关系图呢?原创 2024-05-20 09:14:28 · 846 阅读 · 0 评论 -
探索TCGA数据的利器——TCGAbiolinksR包使用技巧
如何高效地获取和处理TCGA数据呢?今天我们来聊聊一个非常实用的R包——TCGAbiolinks。原创 2024-05-16 21:35:57 · 915 阅读 · 0 评论 -
IOBR一站式免疫浸润分析R包及结果热图展示
IOBR(Immuno-Oncology Biological Research,免疫肿瘤学生物研究)这个R包整合了8种已发表的方法(CIBERSORT、TIMER、xCell、MCPcounter、ESTIMATE、EPIC、IPS和quanTIseq),用于解析肿瘤微环境的背景信息。原创 2024-08-18 20:07:28 · 1507 阅读 · 0 评论 -
转录组8种免疫浸润分析方法整理
转录组8种免疫浸润分析方法整理(CIBERSORT/quanTIseq/EPIC/xCell/TIMER/MCPcounter/ImmuCellAI/ESTIMATE)原创 2024-08-17 22:01:13 · 1255 阅读 · 0 评论 -
转录组非负矩阵分解(NMF)/一致性聚类(ConsensusClusterPlus)
输入的数据矩阵。通常行代表样本,列代表特征或变量。是进行聚类分析的基础数据。该参数表示聚类分析时测试的最大簇数 (K)。通常设定一个合适的范围,比如2到10,以确定数据的最佳聚类数。重复聚类的次数。默认值为 100。增加重复次数可以提高一致性评估的准确性。在这里,设为500表示每个K值的聚类过程将重复500次。每次子采样时抽取样本的比例。默认值为 0.8。用于创建子样本来评估聚类的稳定性。pItem = 0.8表示每次采样80%的样本。每次子采样时抽取特征(变量)的比例。默认值为 1。原创 2024-08-13 11:28:01 · 1164 阅读 · 0 评论