使用TCGAbiolinks查询与下载TCGA数据

最新推荐文章于 2024-11-28 21:21:43 发布

Oliver-nana

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分类专栏： R与生信文章标签： r语言生物学

本文链接：https://blog.csdn.net/zhangyingna667/article/details/105387300

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本文介绍了如何利用R语言的TCGAbiolinks包来检索和获取TCGA项目的数据。通过两个教程链接，读者可以学习到具体的步骤和方法，包括数据的查询和下载过程。

摘要由CSDN通过智能技术生成

#install package
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)

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TCGA 数据下载

Dargon2的博客

05-20

1498

TCGA TCGA 数据库是目前最大的癌症基因信息数据库，TCGA的全面不仅仅体现在众多癌型上，还体现在多组学数据，包括基因表达数据、miRNA表达数据、拷贝数变异、DNA甲基化、SNP。数据下载肿瘤研究经常需要下载相关数据，目前可以通过官网（http://www.cbioportal.org/）直接下载，或者xenabrowser 下载。 xena下载比较简单，选择需要研究的癌症种类，直接下载所需的文件就可以了。 https://xenabrowser.net/datapages/?hub=https

使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据

庐州月光的博客

06-16

1372

欢迎关注”生信修炼手册”!TCGAbiolinks是一个分析处理TCGA数据的R包，通过GDC API来查询和下载TCGA的数据，同时提供了差异分析，生存分析，富集分析等常见的分析功能，...

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TCGA_测序数据下载

weixin_59289660的博客

03-21

2295

R包加载 library("TCGAbiolinks") 一、数据下载 1GDCquery筛选数据 query <- GDCquery(project = "TCGA-LIHC", data.category = "Transcriptome Profiling", data.type = "Gene Expression Quantification", workflow.t.

下载TCGA-LUAD切片数据集（包括冰冻切片和石蜡切片）

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weixin_66309610的博客

11-28

251

11.Win+R打开终端：添加环境变量之后，输入gdc-client.exe即可调用软件，若未添加环境变量，则要输入完整路径。7.然后显示有1608个数据，其中522个切片，数据名中DX表示石蜡切片，TS、BS表示冰冻切片。10.将压缩包解压，得到gdc.client.exe应用程序，可以将其放置任意位置，便于记忆管理。输入gdc-client.exe -h可以查看是否能成功调用。9.下载官方数据下载软件gdc-client。3.为该组命名，可以取任意名字，然后点Save储存。5.选择刚才保存的组。

从TCGA下载数据集

weixin_66309610的博客

10-24

817

2.下载专用下载工具（1.从tcga官网（

TCGA 数据下载 —— TCGAbiolinks 简单使用

dxs18459111694的博客

05-27

4507

前言数据查询harmonized 数据库1. 甲基化数据：复发肿瘤样本2. 查询甲基化和表达数据3. 查询原始数据获取 manifest 文件获取 ATAC-seq 数据数据下载与处理查询和下载数据GDCprepare下载 CNV 数据下载转录组数据下载 DNA 甲基化数据下载蛋白质组数据下载临床数据下载 SNV 数据下载单细胞数据是一个利用GDC API接口来查询、下载和分析TCGA数据库的数据的R包数据查询和下载数据的常规分析可视化该包可以从上安装稳定版本if (!或者从GitHub。

TCGA数据下载及全流程分析（更新中）

01-20

一、GDCRNATools包下载首先下载R包 if (!requireNamespace(BiocManager, quietly = TRUE)) install.packages(BiocManager) BiocManager::install(GDCRNATools) 下载好之后运行，以COAD数据为例，下载： library(GDCRNATools) gdcRNADownload(project.id = TCGA-COADREAD, data.type = RNAseq, write.ma

tcga数据下载_使用R下载TCGA数据

weixin_39795419的博客

11-19

1175

除了之前提到的，使用GDC 官方提供的gdc-client.exe对TCGA数据进行下载外(TCGA数据分析(1))，还可以使用R包对TCGA数据进行下载，这个神奇的R包叫做TCGAbiolinks。注: 它下载数据成功率非常低，官方API中也未推荐，所以这也是我没用它的原因，但是做出的分析结果相当丰富01 TCGAbiolinks 安装与加载运行如下命令即可if (!requireNa...

tcga数据下载_TCGA数据挖掘（二）：数据下载与整理

weixin_39850167的博客

11-19

4312

关于TCGA数据库中的数据下载，我们之前有介绍过R语言下载包：R语言TCGA-Assembler包下载TCGA数据，同时在介绍数据库的使用教程中也介绍了在线下载以及官方下载工具下载：TCGA数据库使用教程。在线下载以及官方下载工具下载的数据是分开的，每个样本的数据的独立的，需要自己合并，这需要会R，Python 或者 perl 等编程语言（文末补充内容介绍）。这里我们先介绍TCGAbiolinks...

tcga数据下载_R语言简单学（TCGA数据下载）

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11-19

1521

提起R语言，貌似很艰难图文一结合，傻瓜都能填一、打开R程序> chooseCRANmirror()> BiocManager::install("TCGAbiolinks")更新> library(TCGAbiolinks)library(dplyr)library(DT)library(SummarizedExperiment)以宫颈癌CESC为举例：不同的癌症类型只...

TCGA数据下载推荐：R语言easyTCGA包

weixin_49320263的博客

08-12

3654

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08-31

该工具可以简化TCGA数据库的下载步骤，合并TCGA数据库中下载的文件

tcga官方下载工具

11-04

tcga官方下载工具最近服务器不稳定有时候下载很慢如果很难下载可以试试从这里下载

R语言TCGA数据下载及处理biolinks包的学习与使用（一）数据下载

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06-29

3142

TCGA数据下载有很多方式，比如说使用生信人小工具下载，比如说使用R语言下载等等，但是在这里我想说的如何使用TCGA官网下载数据。（在官网下载数据的一大优势在哪里呢？这里我不做过多的解释）首先，先进入TCGA官网 https://portal.gdc.cancer.gov/ 首先下载在官网下载所需要的小工具根据自己的电脑选择合适的版本，返回上一层，进入Repository，打开后类似于这样...

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04-28

784

表达量矩阵的基因的id的注释信息->encode.v22.annotation.gene.probeMap。从参考文献【2】下载数据。

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05-12

315

转载一路向前_莫问前程_前程似锦TCGAbiolinks最新版的TCGA是比对到hg38基于RNAseq的测序count文件下载query # Gene expression aligned against hg38query query query = GDCquery(project = "TCGA-COAD", data.category = "Transcriptome Profilin...

同TCGAbiolinks包从tcga网站下载tcga-ov的信息

06-11

以下是使用TCGAbiolinks包从TCGA网站下载TCGA-OV（卵巢癌）项目的信息的代码： 1. 载入TCGAbiolinks包： ``` library(TCGAbiolinks) ``` 2. 下载TCGA-OV项目的临床信息： ``` query_clinic (project = "TCGA-OV...