安装Samtools、BCFtools、HTSlib详细步骤

已于 2024-08-05 10:46:21 修改
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分类专栏： 大数据 文章标签： 安装Samtools BCFtools HTSlib
于 2024-08-05 10:12:10 首次发布
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安装Samtools详细步骤

一、认识Samtools、BCFtools、HTSlib

  • Samtools是一个用于处理和分析DNA序列比对数据（SAM/BAM格式）的软件工具包。它提供了一系列命令行工具，用于将SAM/BAM格式文件进行排序、索引、过滤、统计和转换等操作。Samtools还提供了一些API，可以用于编程语言（如C或Python）中处理SAM/BAM格式数据。Samtools在生物信息学领域中广泛应用于基因组学、转录组学和变异分析等研究中

  • Samtools

    • 用于读取/写入/编辑/索引/查看SAM/BAM/CRAM格式的工具

  • BCFtools

    • 用于读取/写入BCF2/VCF/gVCF文件并调用/过滤/总结SNP和短插入/删除变异的工具

  • HTSlib

    • 一个用于读取/写入高通量测序数据的C库

Samtools和BCFtools都在内部使用HTSlib，但这些源代码包含了它们自己的htslib副本，所以它们可以独立构建。

二、下载Samtools

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bftools
04-01
bftools软件包： bftools的目标是为Bio-Formats 提供命令行工具的包装。 安装 您可以使用bftools从GitHub安装bftools ： # install.packages("remotes") remotes :: install_github( " muschellij2/bftools " )
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记录自己在编译安装samtools时犯下的低级错误
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参考：https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/18538/samtools-sort-most-efficient-memory-and-thread-settings-for-many-samples-on-a-c。idxstats 统计一个表格，4列，分别为 ”序列名，序列长度，比对上的 reads 数量，未比对上的 reads 数量”用于合并多个已排序的比对文件，生成一个包含所有输入记录的单一排序输出文件，同时保持现有的排序顺序。
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Samtools是一套用于处理高通量测序数据的程序。它由三个独立的仓库组成：Samtools，BCFtools 和 HTSlib。由于我是非root用户，没有权限通过编译进行安装，因此这里介绍如何通过conda 环境进行安装samtools。新建或进入已有的conda环境，这里我使用如下命令，进入自己的conda base环境。等待安装完成后，输入samtools，出现如下内容表示安装成功。输入如下代码进行安装，中途输入y确认继续安装。2. 安装samtools。日期：2023-4-28。
最新版samtools安装与使用方法
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03-11 5654
本文介绍Linux系统下通过编译安装samtools的操作方法，同时对samtools的功能和使用技巧进行介绍，Samtools是生物信息学中广泛使用的一款软件，主要用于处理基于高通量测序数据。sort命令也很强大，可以对bam文件中的序列进行排序，默认下是按序列在fasta文件中的顺序（即header）和序列从左往右的位点排序。首先，在官网下载最新版的安装包，以下是官网地址，如果你无法访问Github，可以在下面提供第一条链接进行下载（速度更快）。配置环境变量，这样下次就能直接调用了。
samtools 1.7
03-20
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02-09
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bcftools安装
weixin_42594968的博客
10-07 7951
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wangprince2017
11-18 5924
由于二代测序中普遍采取短读长（50~150bp）的测序策略，在后续分析的流程中需要使用比对软件将reads片段匹配到参考基因组中从而产生比对/匹配文件，进而用于后续流程的分析。 Samtools是一个用来处理SAM/BAM（SAM的二进制格式，用于压缩空间）格式的比对文件的工具，它能够输入和输出SAM（sequence alignment/map：序列比对）格式的文件，对其进行排序、合并、建立索...
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m0_69574256的博客
11-28 2906
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