生信热图heatmap案例分享-d3js

于 2024-09-27 16:29:13 发布
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分类专栏： 生信绘图 生信绘图展示 d3js 文章标签： javascript 信息可视化
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 本人入职于生信公司，具有多年的生信云平台构架和开发经验，对于生信动态图的绘制（比较感兴趣）也有深入研究。

如有兴趣一起研究绘制生信动态图的,或者你有生信图需要实现动态图绘制的可以查看本人资料联系：



部分d3js代码如下：

风/xin云
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【R语言】24种R语言新手入门之heatmap热图（四）
Senoh的博客
03-10 4834
热图比较有意思，最常用的科研可视化做图，观察显著、直接、简单粗暴。这是Toussaint Loua在1873年就曾使用过热图来绘制对巴黎各区的社会学统计。
R语言学习笔记之热图绘制
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
07-19 2443
本文转载自“R语言中文社区”，已获授权。作者简介taoyan：R语言中文社区特约作家，伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客:https://ytlogos.github.io/简介本...
生信入门（三）——使用limma、Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析
羊羊的博客
09-22 4781
使用limma、Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析 文章目录使用limma、Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析六、差异表达分析1、创建设计矩阵和对比2、从表达计数数据中删除异方差3、拟合线性模型以进行比较4、检查DE基因数量5、检查单个DE基因6、差异表达结果可视化7、使用camera的基因检验 本篇继续上一篇数据预处理之后做差异表达分析。 六、差异表达分析 1、创建设计矩阵和对比 在此研究中，我们想知道哪些基因在我们研究的三组细胞之间以不同水平表达。我们的分析中所用到的线性模型
学习1010种热图绘制方法
悟道西方
09-18 2182
转载自Epigenetics表观遗传学，略有修改和补充。题目有感于德国天才数学家莱布尼兹对二进制的阐述，和其传教士好友布维对易经等汉学的传播。有兴趣的可以阅读莱布尼兹文章英文版：http...
生信人的20个R语言习题
weixin_73362123的博客
01-16 643
上学期在学校跟练了GEO数据挖掘，看了TCGA数据挖掘有关知识，还没来得及实操。假期摸鱼自学了一下数据挖掘—基于R语言的实践，一直没找找到书本配套实操文件，只能过一遍理论知识，现在跟做Jimmy大神的生信人的20个R语言习题。(notion上 还有很多知识可以跟着学)(和第一个一样详细)
开箱即用版本 满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indel+CNV+SV（20240430更新）
SliverWorkspace
10-07 505
使用校准表对bam碱基质量校准，因为这一步gatk效率感人，所以同时计算insertsize，拆分interval list（后续mutect2并行运行需要），运行cnvkit batch，运行samtools depth计算测序深度，samtools flagstat 统计mapping比例及质量。编写脚本处理cnvkit输出，计算cnv基因，exon位置，gain/lost，cn数。编写脚本处理manta的输出，获取最终sv输出结果，起始位置，基因、频率等。使用cnvkit提供工具输出分布图和热图。
QIIME 2教程. 15样品分类和回归q2-sample-classifier(2021.2)
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
04-01 782
预测样本元数据q2-sample-classifierPredicting sample metadata values with q2-sample-classifierhttps://...
QIIME 2教程. 15样品分类和回归q2-sample-classifier(2020.11)
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
10-28 1603
文章目录前情提要预测样本元数据`q2-sample-classifier`预测样本分类**基于模型来预测样品**预测样本连续型元数据嵌套交叉验证为所有样本提供预测**分类的验证和可视化****回归的验证和可视化**最佳实践：不应该使用`q2-sample-classifier`做的事情Reference译者简介猜你喜欢写在后面 前情提要 NBT：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析...
QIIME 2用户文档. 15样品分类和回归q2-sample-classifier(2019.7)
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
10-29 299
前情提要NBT：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Workflow3老司机上路指南Exp...
生信知识点-串讲-富集分析_R生信_生物信息_富集分析_R富集分析_生信分析_
10-02
富集分析是生物信息学中的一个关键步骤，用于探索在特定条件下基因集合的功能特性。在R语言中，富集分析提供了强大的工具来解析基因表达数据并揭示潜在的生物学意义。本教程将深入讲解如何利用R进行富集分析，这对于...
生信学习--Circle-Map输出的bed文件的结果解读
infrastructur_e的博客
03-25 1050
Circle-Map软件提供一个包含所有检测到的圆形DNA的标签分隔文件。对于每个环状DNA，它将提供包含环状DNA定位和环状DNA坐标中测序覆盖的信息。对于基于映射的度量，Circle-Map提供了映射坐标(染色体，起始和结束)，断点读取支持(不一致和分裂读取)和环状DNA映射得分，通过将分裂读取的长度乘以其映射概率计算得到。并将支持一个圆的split reads的所有分数加起来。Circle-Map运行结束后会生成一个bed格式的文件，其中包含11列。
如何使用步骤简单并可视化的生信分析软件或者平台-sixclock分享
weixin_49533584的博客
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sixoclock运作机制，并结合一个案例展示通过sixoclock处理数据的过程。
从零开始的JavaScript入门-使用JS绘制美观热图
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上一篇热图给大家讲解了如何在地图上绘制热图，那有的小伙伴会说，我不需要地图，我就想做一个展示数据分布的普通热图， 不行吗？好，没问题，今天就给大家讲解一个美观的热图~ 先放效果图： 有些小伙伴可能会问这啥玩意儿啊？其实这就是一个社交软件的登录数据（夏威夷群岛上的Brightkite数据），横坐标是24小时，纵坐标是周一到周日~~接着上代码： <!DOCTYPE html>...
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博主介绍： ✌我是阿龙，一名专注于Java技术领域的程序员，全网拥有10W+粉丝。作为CSDN特邀作者、博客专家、新星计划导师，我在计算机毕业设计开发方面积累了丰富的经验。同时，我也是掘金、华为云、阿里云、InfoQ等平台的优质作者。通过长期分享和实战指导，我致力于帮助更多学生完成毕业项目和技术提升。 技术范围： 我熟悉的技术领域涵盖SpringBoot、Vue、SSM、HLMT、Jsp、PHP、Nodejs、Python、爬虫、数据可视化、小程序、安卓app、大数据、物联网、机器学习等方
运行VUE项目运行时候的报错汇总
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基于JavaWeb开发的Java+SpringMvc+vue+element实现驾校管理系统详细设计
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机遇与挑战始终并存。在开放的互联网平台面前，驾校预约管理系统的信息管理面临着巨大的挑战。传统的管理模式局限于简单数据的管理，无法适应不断变化的市场格局。在早期阶段，在将计算机技术和网络技术融入驾校预约管理系统数据管理方法之前，所有管理方式都通过人工操作完成了管理信息的。系统管理也都将通过计算机进行整体智能化操作，对于驾校预约管理系统所牵扯的管理及数据保存都是非常多的，举例像所有详细信息包括，管理员；首页、个人中心、学员管理、驾校教练管理、驾校车辆管理、预约管理、取消预约管理、驾校公告管理、系统管理。
vue上传预览CAD文件
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如果选择的是 Three.js，那么可以创建一个场景来加载和显示模型。如果是用特定的 CAD 查看器库，则按照其文档进行集成即可。根据具体需求和技术能力，可以选择最适合的解决方案来实现 CAD 文件的上传和预览功能。
基于Springboot+Vue的高校教室资源管理系统的设计与实现（含源码+数据库）
最新发布
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这个系统有三个角色：管理员、学生和教师。管理员可以在前台查看教室信息列表并进行预约，而在后台可以管理学生、教师、教室类型、教室信息、教室预约、系统公告和轮播图等模块，支持新增、查看、修改、删除和审核等操作。系统支持管理员后台登录，但不支持学生和教师后台登录，学生和教师则支持前台注册与登录，而管理员不支持前台登录和注册。数据库版本: mysql5.7或8.0。JDK版本: Java JDK1.8。开发系统:Windows10/11。数据库可视化工具: navicat。架构模式:MVC/前后端分离。
生信热图的数据怎样来的
07-27
生信热图的数据通常来自于高通量测序技术，如RNA-seq或ChIP-seq。这些技术可以用来研究基因表达、DNA甲基化或蛋白质结合等生物过程。 对于RNA-seq数据，研究人员首先收集生物样品，提取其中的RNA并进行测序。然后，使用生物信息学工具对测序数据进行预处理、比对到参考基因组，并进行基因表达量的计算。通过比较不同样品之间的基因表达量差异，可以获得一个基因表达矩阵。 对于ChIP-seq数据，研究人员首先使用特定的抗体来富集特定的DNA序列，如转录因子结合位点或染色质修饰位点。然后，富集的DNA片段进行测序。类似于RNA-seq，经过预处理和比对到参考基因组，可以得到一个染色质结合位点或修饰位点的矩阵。 在得到基因表达或染色质结合位点的矩阵后，研究人员通常会使用生信分析工具对这些数据进行进一步分析和可视化。其中热图就是一种常见的可视化方式，用来显示基因或位点在不同样品之间的表达或结合模式。热图的颜色可以表示基因表达量或结合强度的程度，从而帮助研究人员发现基因表达模式或染色质结合模式的差异。
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