蛋白模型质量评估

模型 PDB 文件分别上传至 SAVES v5.0 平台上 的 Verify3D 和 PROCHECK 进行在线评估
牛NAD(+)异柠檬酸脱氢酶生物信息学分析

sp|O77784.2|IDH3B_BOVIN RecName: Full=Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial; AltName: Full=Isocitric dehydrogenase subunit beta; AltName: Full=NAD(+)-isocitrate dehydrogenase subunit 1; Short=IDH1; AltName: Full=NAD(+)-specific ICDH subunit beta; Flags: Precursor
MAALSRVRWLTRALVAAPNPGAWRSLCTSTVAQASSRTQGEDVRVEGAFPVTMLPGDGVGPELMHAVKEV
FKAASVPVEFQEHHLSEVQNMASEEKLEQVLSSMKENKVAIIGKIHTPMEYKGELASYDMRLRRKLDLFA
NVVHVKSLPGYKTRHNNLDLVIIREQTEGEYSSLEHESARGVIECLKIVTRTKSQRIAKFAFDYATKKGR
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模型质量评估
SAVES v5.0 网址:https://servicesn.mbi.ucla.edu/SAVES/
Verify 3D 网址:https://servicesn.mbi.ucla.edu/Verify3D/
PROCHECK 网址:https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/PROCHECK/

SAVES v5.0 网址:https://servicesn.mbi.ucla.edu/SAVES/
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极端随机森林(Extreme Random Forest,ERF)是一种集成学习算法,它是随机森林的一种变体。在预测蛋白质-DNA绑定位点时,可以使用ERF模型,并通过调参来提高模型的性能。 以下是一些常见的调参方法和技巧: 1. 树的数量(n_estimators):增加树的数量可以提高模型的性能,但也会增加计算时间。可以通过交叉验证来选择合适的树的数量。 2. 树的最大深度(max_depth):树的最大深度控制了树的复杂度,过大的深度可能导致过拟合,而过小的深度可能导致欠拟合。可以通过网格搜索或交叉验证来选择合适的最大深度。 3. 特征子集大小(max_features):在每个节点上随机选择的特征子集大小可以控制模型的多样性。较小的特征子集大小可以减少模型的方差,但可能会增加偏差。可以通过交叉验证来选择合适的特征子集大小。 4. 最小叶子节点样本数(min_samples_leaf):最小叶子节点样本数控制了树的生长过程中停止分裂的条件。较小的最小叶子节点样本数可以增加模型的灵活性,但可能会导致过拟合。可以通过交叉验证来选择合适的最小叶子节点样本数。 5. 最大叶子节点数(max_leaf_nodes):最大叶子节点数限制了树的生长过程中的节点数量。较小的最大叶子节点数可以减少模型的复杂度,但可能会导致欠拟合。可以通过交叉验证来选择合适的最大叶子节点数。 6. 样本权重(class_weight):如果数据集中的类别不平衡,可以使用样本权重来平衡不同类别的重要性。 7. 其他参数:还有一些其他参数可以调整,如分裂节点的标准(criterion)、分裂节点时考虑的特征数量(max_features)、随机种子(random_state)等。 需要注意的是,调参是一个迭代的过程,需要根据实际情况进行多次尝试和调整。可以使用交叉验证来评估不同参数组合下模型的性能,并选择最佳的参数组合。

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