数学建模(6)-DNA限制性图谱的绘制

原创 2004年09月14日 21:27:00

<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" />

DNA限制性图谱的绘制

?

绘制DNA限制性图谱是遗传生物学中的重要问题。由于DNA分子很长,目前的实验技术无法对其进行直接测量,所以生物学家们需要把DNA分子切开,一段一段的来测量。在切开的过程中,DNA片段在原先DNA分子上的排列顺序丢失了,如何找回这些片段的排列顺序是一个关键问题。

为了构造一张限制性图谱,生物学家用不同的生化技术获得关于图谱的间接的信息,然后采用组合方法用这些数据重构图谱。一种方法是用限制性酶来消化DNA分子。这些酶在限制性位点把DNA链切开,每种酶对应的限制性位点不一样。对于每一种酶,每个DNA分子可能有多个限制性位点,此时可以按照需要来选择切开某几个位点(不一定连续)。DNA分子被切开后,得到的每个片段的长度就是重构这些片段的原始顺序的基本信息。在多种获取这种信息的实验方法中,有一种广泛采用的方法:部分消化(the partial digest, PDP)方法。

PDP中,采用一种酶,通过实验得到任意两个限制性位点之间片段的长度。假设与使用的酶对应的限制性位点有n个, 通过大量实验,可得到n+2个点(n个位点加上两个端点)中任意两点之间的距离,共<?xml:namespace prefix = v ns = "urn:schemas-microsoft-com:vml" />个值。然后用这个距离来重构n个限制性位点的位置(解不一定唯一,两个端点对应于最长的距离)。若是线段上的点集中所有点之间距离的集合,PDP就是给定。下图给出了一个例子。

?

???????? 2??????? 3?????????? 4???????????? 5???? ???????2

?

???????

?A?????? a????????? b??????????? c?????????????? d?????? B

1.?? A,BDNA分子的两个端点。 abcd是限制性位点。? 通过实验可以得到 ={2,3,4,5,2,5,9,14,16,7,12,14,9,11,7}. 再通过来求,对应于上图的={0,2,5,9,14,16}是一种解。

?

上述方法要把DNA分子在任意的两个限制性位点处切开,这对于当前的实验技术来说有相当难度,而且,还要对实验数据进行处理,也很复杂。最近研究人员提出了一种新的方法,称为简化的部分消化方法(SPDP)。这个方法与PDP的不同就在于它避免了在任意两个位点切开DNA分子的难题和处理重复数据的困难。仍假设与使用的酶对应的限制性位点有n个。首先DNA分子被复制成n+1份,前n个复制品中的每一个在一个限制性位点处被切开,最后一个复制品在所有的限制性位点处被切开。这样我们分别得到2n个片段长度(称为第一组数据)和n+1个片段长度(称为第二组数据)。在没有误差的前提下,第一组数据中2n个长度可以分成n对,每对的和都等于DNA分子的总长度;第二组数据中n+1个长度的和也等于DNA分子的总长度。 SPDP问题是如何利用这两组数据重构出这n+1个片段在DNA分子上的排列,使得这个排列在n个位点切开后得到的2n个片段长度与实验得到的2n个长度相等。下图给出了一个例子。

?(a)

2?????? 6???????? 1?????? 4?????? 3

?


(b)

?????????? 2?????????????????? 14

?


???????????????? 8????????????????? 8

?


???????????????? 9??????????????????? 7

?


???????????????????? 13??????????????????? 3

?


?????????

2???? 1???????? 4?????????? 3????????????? 6

?

?


2.? 这个例子对应的位点有4个。(a) 就是我们希望重构的顺序。 (b)中的前4对为第一组数据,它通过切开一个位点得到,每对长度的和都是16,剩下的为第二组数据,含5个片段长度,它通过切开所有位点得到,它们的长度总和也是16 但实验结果只告知每段的长度,不知道它们在DNA分子上的排列顺序。

?

现对上述SPDP问题,建立数学模型,并研究以下问题:

(1)???? 设计求解该问题的算法, 并评估该算法的效率和效果。对下述2个实例给出答案:

实例1 第一组数据:2148897133

第二组数据:21436

?

实例2:? 第一组数据:1141237896114123132510

第二组数据:112122123

?

(2)??? 讨论在实验中测量片段长度时的误差,将在多大程度上影响算法的效果,当误差到多大程度时,限制性图谱的重构将无法进行。

版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载。

科学知识图谱绘制方法、步骤及工具

科学知识图谱(简称知识图谱)是现实科学知识发展进程与结构关系的一种图形[1]。其作用是使研究者对学科结构、研究内容、学科关系和研究热点有清晰的把握,并可预测学科发展前沿和趋势。但在当前科研数据总量庞大...
  • qq_20913021
  • qq_20913021
  • 2016年11月02日 17:08
  • 1881

知识图谱+Recorder︱中文知识图谱API与工具

本文为一些知识图谱相关的内容记录。 . 一、一些API与实验室1、复旦大学GDM实验室中文知识图谱CN-DBpedia相应的API,http://kw.fudan.edu.cn/cndbpedi...
  • sinat_26917383
  • sinat_26917383
  • 2017年03月26日 12:09
  • 2973

用python做正弦信号的时域波形和频谱图

用python中的 numpy.fft 完成正弦波形的傅里叶变换并作出时域图和频谱图。
  • matrix_google
  • matrix_google
  • 2017年03月09日 18:05
  • 1960

数学建模_国2000A——DNA序列问题中的数据处理

2000年A题 DNA序列 中的数据处理具体针对的是题目数据中的Nat-model-data.txt,数据量较大,我不贴了,放个链接感受下。link那么如何进行数据处理才能让这个数据为我们所用呢?我的...
  • S_gy_Zetrov
  • S_gy_Zetrov
  • 2017年07月15日 23:59
  • 477

2015年“深圳杯”数学建模夏令营-B题:DNA序列的k-mer index 问题

这是一个山科大的同学给我的一个问题,向我询问一下思路,对于数学建模,我没太多的了解,所以只能用计算机程序的方法来解答。 这是具体的问题: 这个问题来自 DNA序列的k-mer index问题。 给定...
  • mayuko2012
  • mayuko2012
  • 2015年05月12日 11:40
  • 2074

数学建模有关DNA序列k-mer index的问题

原问题是这样的: 给定一个DNA序列,这个系列只含有4个字母ATCG,如 S =“CTGTACTGTAT”。给定一个整数值k,从S的第一个位置开始,取一连续k个字母的短串,称之为k-mer(如k= ...
  • liyayu123
  • liyayu123
  • 2015年05月17日 16:02
  • 1722

2015深圳杯数学建模-DNA序列k-mer index问题

2015深圳杯数学建模--B题。
  • ShineLeeLS
  • ShineLeeLS
  • 2015年05月05日 16:19
  • 1530

数学建模实例DNA序列分类

  • 2008年11月13日 15:38
  • 43KB
  • 下载

2000年全国大学生数学建模优秀论文A题DNA序列的类别

  • 2012年07月16日 22:29
  • 87KB
  • 下载

数学建模常用Matlab/Lingo/c代码总结系列——Matlab图形绘制函数汇总

基本绘图和图形 box 坐标轴边界 errorbar 沿曲线绘制误差条 hold 在图形窗口中保留当前图形 ...
  • xiangshimoni
  • xiangshimoni
  • 2011年11月20日 00:16
  • 4175
内容举报
返回顶部
收藏助手
不良信息举报
您举报文章:数学建模(6)-DNA限制性图谱的绘制
举报原因:
原因补充:

(最多只允许输入30个字)