数学建模（6）-DNA限制性图谱的绘制

最新推荐文章于 2024-09-18 20:33:32 发布

孤剑

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分类专栏：编程交流文章标签：生物算法 c

本文链接：https://blog.csdn.net/AloneSword/article/details/104662

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本文介绍了DNA限制性图谱的绘制，包括传统部分消化方法（PDP）和简化的部分消化方法（SPDP）。SPDP避免了在任意两个位点切开DNA分子的难题，利用两组数据重构限制性位点顺序。文章提出了求解SPDP问题的算法，并针对两个实例进行了分析，同时讨论了测量误差对算法效果的影响。

摘要由CSDN通过智能技术生成

DNA限制性图谱的绘制

绘制DNA限制性图谱是遗传生物学中的重要问题。由于DNA分子很长，目前的实验技术无法对其进行直接测量，所以生物学家们需要把DNA分子切开，一段一段的来测量。在切开的过程中，DNA片段在原先DNA分子上的排列顺序丢失了，如何找回这些片段的排列顺序是一个关键问题。

为了构造一张限制性图谱，生物学家用不同的生化技术获得关于图谱的间接的信息，然后采用组合方法用这些数据重构图谱。一种方法是用限制性酶来消化DNA分子。这些酶在限制性位点把DNA链切开，每种酶对应的限制性位点不一样。对于每一种酶，每个DNA分子可能有多个限制性位点，此时可以按照需要来选择切开某几个位点（不一定连续）。DNA分子被切开后，得到的每个片段的长度就是重构这些片段的原始顺序的基本信息。在多种获取这种信息的实验方法中，有一种广泛采用的方法：部分消化（the partial digest, PDP）方法。

在PDP中，采用一种酶，通过实验得到任意两个限制性位点之间片段的长度。假设与使用的酶对应的限制性位点有n个，通过大量实验，可得到n+2个点（n个位点加上两个端点）中任意两点之间的距离，共个值。然后用这个距离来重构n个限制性位点的位置(解不一定唯一，两个端点对应于最长的距离)。若