生物信息学
文章平均质量分 71
OpenHero
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
BLAST+中blastn参数详解
【转】BLAST+中blastn参数详解2012-05-22 13:25转载自 lidaof最终编辑 lidaof与之前的blast相比,新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来,对各个命令的参数定制更加方便个人在使用blastn的过程中总结了一些自认为常用的参数,总结如下:blastn -db database_name -query input_file转载 2012-05-22 13:23:49 · 50904 阅读 · 4 评论 -
blast数据库含义
Databasesblast的数据库里面有这几个数据库,每一个的具体含义:https://ncisf.org/index.php?q=software-databases/blast-databasesA list of the databases available on the cluster, including information about the database, it's so翻译 2013-08-27 14:39:28 · 6086 阅读 · 0 评论 -
NCBI SRA数据预处理
SRA数据的的处理流程大概如下一、SRA数据下载、NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式。下载以后就是以SRA为后缀名。这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据。1.通过http方式,2.通过ftp方式,3.通过AsperaAspera可以在NCBI网站上下载。参阅:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47540/二、SRA格式转换成FASTQ格式./原创 2013-08-25 22:32:01 · 22353 阅读 · 4 评论 -
【G-BLASTN 1.0正式发布】
【G-BLASTN 1.0正式发布】G-BLASTN使用GPU来加速NCBI-BLAST里的BLASTN模块,单块GTX780比四核CPU平均快6倍。原创 2013-08-23 02:04:33 · 5153 阅读 · 7 评论 -
HKBU Job Opening
Post-doctoral Research Fellow I Applicants should possess a PhD Degree in Bioinformatics, Computational Biology, or other relevant disciplines, and demonstrate abilities to conduct high-impact researc原创 2012-11-09 09:43:17 · 1755 阅读 · 0 评论 -
BLAST Command Line Applications User Manual
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1763/BLAST Command Line Applications User ManualChristiam Camacho, Thomas Madden, George Coulouris, Ning Ma, Tao Tao, and Richa Agarwala.Author InformationCreated:转载 2012-08-15 00:55:51 · 10945 阅读 · 0 评论 -
BLAST how to use blastn
http://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=BLASTBLASTBLASTTo download find the latest files here: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/Making your own blast databases to blast转载 2012-08-15 00:53:49 · 2101 阅读 · 0 评论 -
和机器学习和计算机视觉相关的数学
和机器学习和计算机视觉相关的数学 (转载) http://blog.renren.com/blog/221579461/723942980来源: 吴松涛的日志1. 线性代数 (Linear Algebra):我想国内的大学生都会学过这门课程,但是,未必每一位老师都能贯彻它的精要。这门学科对于Learning是必备的基础,对它的透彻掌握是必不可少的。我在科大一年级的时候就学习了这门课,后来到了香港后转载 2012-07-02 01:09:54 · 3717 阅读 · 1 评论 -
Mendeley 一款不错的整理论文的软件
在做学术研究的时候,想发表论文的时候,大多数的引用文章,整理起来很麻烦,有时候自己看过的文章也会忘记,如果只按照论文的名字排列,很难整理好,尤其是在看过成百上千篇paper以后,会经常弄乱文档,找不到那些是那些,那些看过,那些没看过,尤其是是按照名字存储的文档。在boss的见一下,再比对了 各种列列举的类似的文档整理软件的,要么收费,要么界面不友好。从wiki上比对了此类软件:http://en.原创 2012-06-27 00:33:57 · 11392 阅读 · 0 评论 -
G-BLASTN: Accelerating Nucleotide Alignment by Graphics Processors论文提供下载
G-BLASTN的github地址 https://github.com/OpenHero/gblastn sourceforge地址http://sourceforge.net/projects/gblastn/ 主页:http://www.comp.hkbu.edu.hk/~chxw/software/G-BLASTN.html两年没日没夜的工作,终于收到回报了,K. Zhao and X.-原创 2014-01-25 15:56:41 · 6336 阅读 · 0 评论