2012年10月_morningCV

12月 11月 10月 09月

原创 perl应用：DNA序列酶切图谱的创建

程序里面有很多小的知识点，大家要认真的看，才能发现：a.fasta的DNA序列如下：> sample dna | (This is a typical fasta header.) agatggcggcgctgaggggtcttgggggctctaggccggccacctactgg tttgcagcggagacgacgcatggggcctgcgcaatagg

2012-10-30 23:09:10 2745 2

原创年轻人，你何必着急

博士第二年，其实博士生涯开始也没多久，我突然想放弃了，为此挣扎起来，虽然挣扎的时间并不长，但是这个想法就像伊甸园的苹果，不断诱惑我，刺激我，左右着我的情绪。但是到了现在，逐渐淡了，我想我会继续坚持下去，拿到博士学位。我把我的这段心路历程记录下来，也许以后迷茫的时候，可以再翻翻。得益于发达的网络媒体，这个时代比以往任何时候都更充满诱惑，看到以前的同学往返于国内外，周末出去游山玩水，喝

2012-10-27 09:11:08 1788 7

原创使用子程序的优点

子程序的作用： 1 降低复杂性：使用子程序的最首要原因是为了降低程序的复杂性，可以使用子程序来隐含信息，从而使你不必再考虑这些信息。 2 避免代码段重复：无可置疑，生成子程序最普遍的原因是为了避免代码段重复。 3 限制改动带来的影响：由于在独立区域进行改动，因此，由此带来的影响也只限于一个或最多几个区域中。要把最可能改动的区域设计成最容易改动的区域。最可能被改动的区域包括：硬件依赖部

2012-10-24 16:43:55 8743

原创 perl应用：六框阅读翻译DNA序列

生物学知识：1.六框翻译因为DNA为双链, 平时从NCBI等里面得到的只是其中的一条链,还有一个互补链没有结出. 先从一条链讲起, 如此链为ACGATGCCG....则现在有以下三种读法：第一种，ACG/ATG/CCG.... 第二种，把A看做前面的部分，则为A/CGA/TGC/CG..... 第三种，把AC看做是前面的部分，则为AC/GAT/GCC/G...

2012-10-24 16:17:35 5566 2

原创 perl应用：ＤＮＡ互补序列的获取

sub revcom{ # A subroutine to compute the reverse complement of DNA sequence # 一个获取DNA互补序列的子程序 my($dna)=@_; print $dna."\n"; my ($revcom)=reverse($dna); $revcom=~tr/ACGTacgt/TGCAtgca/; return

2012-10-24 16:06:58 5597 1

原创 perl应用：DNA序列翻译（下）：从fasta格式中读取序列，然后输出蛋白质序列，以及fasta格式的介绍

use strict; use warnings; my $dna =''; my $protein =''; my @file_data=( ); my @filedata; @filedata = get_file_data();$dna = extract_sequence_from_fasta_data(@filedat

2012-10-23 22:45:43 12153 3

原创你必须非常努力，才能看起来毫不费力

有一群人，他们积极自律，每天按计划行事，有条不紊；他们不张扬，把自己当成最卑微的小草，等待着人生开出花朵的那天。他们早晨5点多起来健身，你在睡觉；7点开始享受丰盛的早餐，蛋白质维生素淀粉粗纤维样样俱全，为新的一天起了一个好头，当他们收拾妥当准备开始一整天的工作时，你还在睡觉；他们用上午的高效时间完成了一个又一个任务，甚至发现的新的商机，发现了有可能给人生带来改观的机遇，当午餐时间临

2012-10-22 21:47:48 1892 3

原创 vim代码折叠indent折叠，maker折叠

indent折叠方法在.vimrc文件中添加设置: set foldmethod=indent这个就是以缩进进行折叠indent折叠命令indent方式，vim会自动利用缩进进行折叠，我们可以使用现成的折叠成果．以大括号进行折叠我们可以在折叠处输入以下命令：zc 折叠zC 对所在范围内所有嵌套的折叠点进行折叠zo 展开折叠zO 对所在范围

2012-10-22 20:51:51 3157 2

原创 perl：编码规范；严格要求自己

PERL编码规范目录目录目录...................................................................................................................................................III1

2012-10-22 20:22:37 3010

原创 perl应用：DNA序列翻译为蛋白质的完整程序（中）

use warnings;use strict;my $dna='cgacgtcttcgtacgggactagctcgtgtcggtcgc';my $protein=' ';my $codon;for(my $i=0; $i<(length($dna)-2);$i+=3){ $codon=substr($dna,$i,3); $protein.=codon2aa($codon)

2012-10-22 20:17:46 6301

原创 perl：DNA序列翻译成氨基酸序列的若干方法，直接法，简并法，哈希法，以及perl中的uc和lc函数（上）

1.直接转换法use warnings;use strict;#利用perl来进行DNA序列到氨基酸序列的翻译,我们来介绍一下几种方法：#第一种方法：#DNA序列和氨基酸序列通过密码子来联系，密码子一共有61个，蛋白质有20个#第一种方法也就是最简单的方法，就是建立一一对应的关系# A subroutine to translate a DNA 3-character

2012-10-22 18:48:23 10236

转载欲望、外界、标签、天才、时间、经历、人生目标、后悔、和现实。转自特种兵—AK47

今天是 22 岁的最后一天。几个月前，我从沃顿商学院毕业，用文凭上“最高荣誉毕业”的标签安抚了已经年过半百的老妈，然后转头辞去了毕业后的第一份工作，跟一家很受尊敬的公司、还有 150 万的年薪道了别，回到了上海，加入了“刚毕业就失业”俱乐部，开始了一天三顿盒饭的新生活，中间许多精彩剧情暂时略过。　　我肯定不是第一个做过这样事的人，也肯定不会是最后一个。所以在说自己的一些有趣故事前，我想借用大家(包

2012-10-20 10:59:24 1975

原创 vim正则表达式

1. / （搜索）命令2.:s/正则表达式/替换字符串/选项3.元字符： .匹配任意一个字符[abc]匹配方括号中的任意一个字符。可以使用-表示字符范围，如[a-z0-9]匹配小写字母和阿拉伯数字。[^abc]在方括号内开头使用^符号，表示匹配除方括号中字符之外的任意字符。\d匹配阿拉伯数字，等同于[0-

2012-10-20 10:00:56 1456

原创 window 命令行常用命令总结，为了使用的时候方便（边使用边补充）

1.清理屏幕：CLS2.

2012-10-20 09:52:10 1793 3

原创 perl哈希要点，哈希与数组的关系以及相互转化，哈希结构的转化（键值转换），测试关键字，

use strict;use warnings;my %movies;my $film;my %reverse_result;my $director;my @data;%movies =( 'The Shining' => 'Kubrick', 'Ten Commandments' => 'DeMille', 'Goonies' =>

2012-10-19 23:04:48 7385

转载 Perl风格：各有所爱

＊风格问题很容易变成信仰问题。＊我要告诉你们的绝大部分是个人意见。其中既有泛泛之论，也有指路明灯。＊警告：我不一定总是按自己说的做！：）＊我并不期望你们永远和我保持一致。选择一种风格，坚持下去。连贯性才是最重要的！＊K&P, K&R, S&W, Rob Pike, 和Larry Wall的基础性工作对本文有间接贡献。Jon Orwant, Mark-Jason Dominus,

2012-10-19 10:20:16 3357

原创指定长度，生成一个随机的DNA序列

use strict;use warnings; #进行定义my @dna;my $dna_length;my $newbase;my $i=0;print "please input the DNA length\n";chomp($dna_length=<>);while($i<$dna_length){ #从四个碱基中

2012-10-17 20:41:50 9531

原创关于随机模拟ＤＮＡ突变的反思

在上一篇文章中，我们随机选取了DNA的一个位置，然后从四个碱基中随机选取了一个碱基，然后用我们随机选取的碱基对DNA某一个位置上碱基进行替换。我们来考虑一下，这个过程中有没有什么问题存在。突变是否真的产生了？大家可以从上一篇文章中观察到其中的几行的输出结果是一样的。是什么造成了这种结果：我们来想一想，我们选取的DNA序列中碱基和我们从四个碱基中选取的碱基，在我们的程序中没有进行特别

2012-10-17 19:14:25 2270

原创 perl应用：生物突变的随机模拟程序

use strict;use warnings; #随便找一个比较好识别的序列my $DNA="AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA\n";my $i;my $mutant;srand(time|$$);$mutant=mutate($DNA);print "Mutate \n"

2012-10-16 23:03:34 1831

原创 vim常用命令总结；方便自己查看，大家可以自己开个帖子，把自己常用的，或者经常忘的贴在上面方便自己的查找（不断补充中）

我学习到这些都是从《vi improved》中，这本书分成两大部分，第一部分，从头开始讲些了vim的使用方法。第二部分，从更详细的角度来学习和探究，比如什么是一个单词，单词是怎么定义的，行首又包括第一个字符，和第一个非空字符两种含义，并介绍了更多的命令，供我们选择学习。1.自动补全： ctrl+n2.选中整个文本：ggVG3.撤销： u

2012-10-16 21:47:01 1567

原创 perl的srand（）函数使用，time的各个函数的使用

srand（）提供供rand()使用的随机数种子，rand（）产生随机数生成器。、如果你在第一次调用rand()之前没有调用srand()，那么系统会为你自动调用srand()。使用同种子相同的数调用srand()会导致相同的随机数序列被生成。举例如下：srand(26);$number1=rand(100);print "$number1\n";sran

2012-10-15 19:19:20 3513

原创 vim自动补全，vim自动补全括号等总结及应用

将以下代码，复制粘贴到~/.vimrc中，然后保存，关闭所有的vim，然后打开就OK 了。这里输入以后，光标在括号内部。:inoremap ( ()i:inoremap ) =ClosePair(')'):inoremap { {}i:inoremap } =ClosePair('}'):inoremap [ []i:inoremap ] =ClosePair(']'):ino

2012-10-15 10:47:11 8730 3

原创利用perl对比两个文件，并对数据进行筛选，涉及到哈希的应用和perl编程风格的改变

my %scyjm;open (CONTACT,"f:\\perl\\f.txt")||die("can not open the file!"); while (){ next if /^#/;#if($_=~/^#/的简写 chomp; my @information =split;# my @information=split/\s+/,$_;的简写 next if(($inf

2012-10-12 19:35:17 2493

原创利用perl从大量数据中筛选我们我们需要的数据，核心思想就是根据格式的一致性，将每一行利用split转换成数组，然后输出对应的数组

#这里我们看到这样的一组数据##reference=file:///home/wl/Data/data/yeast/ref/S288C_R64.fasta##source=SelectVariants#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT d90_2_1_Clean d90_2_2_Clean d90_2_4_Clean d90_2_6_Cl

2012-10-10 21:56:13 2836

原创 perl关于qw以空格为分隔符的问题以及若干替代方案+学会变通+split函数的使用

我们在创建数组的时候，可以使用到qw,这是一个非常方便的简写，省去了我们书写大量引号的麻烦。但是有这样一个问题。如果们要创建有20个人名组成的数组，并且每个人的名字是这种形式的"Join smith" "Harry Potter"也就是每一个名字既包含姓也包含名。这样的话，我们的qw就不能起作用了。因为qw是用空格作为分隔符。我们只能想一些替代的方案来解决。方案一：用最原始的方案，也就

2012-10-08 22:00:54 2144

原创 perl 中一个随机编故事的程序（rand随机函数的应用举例）+好的程序本身就是注释

use strict;use warnings;#定义变量my $count;my $input;my $number;my $sentence;my $story;#定义四个数组#定义了人物数组my @nouns=( 'Dad', 'TV', 'Mom', 'Groucho', 'Rebecca', 'Harpo', 'Robin Hood', 'Joe

2012-10-08 19:54:30 2054

原创统计一行中字符串字符的个数的三种方法：利用excel，利用perl（length函数，tr//），利用vim。统计引物中引物的碱基数目必用

大家在设计引物以后，假如说设计了100个，公司的订单要求提供每一个引物的碱基个数！我们怎么快速的把这100个引物中每个引物中碱基的个数统计出来呢？方法一：Excel中提供了很好的函数，来帮助我们实现这一功能。这里我们可以从图中看到我们用了一个函数“=LEN（B2）”。这也就是一个求指定单元格中字符的多少的。方法二：利用perl，统计每一行中字符串的个数。在这里，我们把引

2012-10-07 16:27:07 6621 3

perl-support模块修改\ii\io

perl-support 模版修改，\io \ii

2013-05-12

TeXmacs-chinese-fonts.tar.gz

输入中文的地方需要设置格式如果全文是中文文档，可以选择菜单栏：Document->Language->Chinese 如果是部分文本需要设为中文，选择菜单栏：Format->Language->Chinese （也许不需要设置语言？例如，最近版本, v1.0.7.19 在Ubuntu 12.10上，只要直接设置 Format -> Name -> CJK -> MicroHei 即可。） Trouble shooting：官方的texmacs源版本依然比较旧，支持中文输入会有问题而在Ubuntu上和Archlinux上的经验来看，最新的版本 v1.0.7.17 是没有问题的（v1.0.7.16都会存在问题）。而最新的版本需要源代码编译安装（可以在gitorious下载最新的.tar.gz包并解压缩）。如果你看到的Chinese菜单项处于灰色不可用状态，说明没有安装TeXmacs没有找到合适的字体。简单的解决办法是，下载fireflysung字体： http://www.study-area.org/apt/firefly-font/fireflysung-1.3.0.tar.gz 解压缩后，将其中的.ttf文件复制到 ~/.TeXmacs/fonts/truetype 目录下之后命令行执行 texmacs --delete-font-cache 再次打开TeXmacs后，就应该看到菜单项已变为可用。

2013-04-28

空空如也

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