手动安装 mpi4py

手动安装 mpi4py

使用 conda 安装的 mpi4py 默认是基于 mpich 构建的，而且使用的编译器是 gcc。想要基于 openmpi 来构建则必须要手动安装。假定 openmpi 安装在 /path/to/openmpi 下（即编译 openmpi 时的 prefix），且编译器使用 intel 的 icc，则手动安装 mpi4py 的方法如下：

*1. 下载 mpi4py，地址是 https://bitbucket.org/mpi4py/mpi4py.git

*2. 修改 mpi.cfg 文件，找到 [openmpi] 标签，将之后的内容改为

[openmpi]
mpi_dir              = /path/to/openmpi
mpicc                = %(mpi_dir)s/bin/mpicc
mpicxx               = %(mpi_dir)s/bin/mpicxx
include_dirs         = %(mpi_dir)s/include
libraries            = mpi
library_dirs         = %(mpi_dir)s/lib
runtime_library_dirs = %(library_dirs)s

*3. 声明环境变量

export CC="icc -I/path/to/openmpi/include -L/path/to/openmpi/lib -lmpi"

*4. 执行

python setup.py build

开始编译。如果遇到最后一步 gcc 链接错误，可以执行

alias gcc=icc

从而强制使用 icc 。重新编译即可消除链接错误。

*5. 执行

python setup.py install

进行安装。进入 ipython，如果执行

import mpi4py

没有报错，则说明安装成功。

Enjoy!