量化资源
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tengh
这个作者很懒,什么都没留下…
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在linux下安装gaussian09
<br />在linux下安装gaussian09高斯在linux下的安装很简单。首先把gaussian09的文件解压到目标文件夹。比如/home/zhuh/然后设置环境变量,如果是root用户,修改 /etc/profile文件,如果是一般用户,修改/home/.bashrc文件。添加以下几行:exportGAUSS_EXEDIR=/home/zhuh/g09/exportG09ROOT=/home/zhuh/g09/exportGAUSS_SCRDIR=/home/zhuh/tmp/g09/原创 2010-11-08 20:33:00 · 21053 阅读 · 6 评论 -
Using+GPU+with+Cuda
Hi, I'm trying to run molpro cuda version. So I configured it that way : $ ./configure -mpp -mppbase /usr/local/openmpi-1.6.i13/include/ -icc -ifort -j 16 -noopenmp -openmpi -cuda -nvcc -sm_20 -pref转载 2013-12-13 08:36:50 · 1103 阅读 · 0 评论 -
HPC解决方案
生命科学 理论推导和科学实验长期以来一直是人们研究和探索自然的两大方法,但随着高性能计算技术和应用的迅猛发展,计算模拟已成为科学研究中不可缺少的第三种方法。过去的几十年里研究人员在化学、生命科学、生物物理、生物化学、药物研究等微观领域的研究中,基于量子力学方法发展了大量而可靠的非相对论薛定谔方程和相对论迪拉克方程的近似解法,用来模拟微观世界中原子和分子的相互作用和行为转载 2013-12-12 23:25:03 · 2003 阅读 · 0 评论 -
常用集群负载管理系统
常用集群负载管理系统!Oracle Grid Engine (OGE) 6.2 Update 7PBS Professional 12.1Platform LSF 9.1Adaptive Computing Torque 2.5.13原创 2013-12-11 23:26:45 · 667 阅读 · 0 评论 -
关于MAUI和torque的一些学习
一直以来,集群都出现了明明有够用的计算资源,但提交的作业还是会等待的情况,这几天决定着手好好研究下,做一些笔记如下 : 花了好长的时间,才弄清楚MAUI和torque的关系,其实一个是调度策略,一个是调度器。这与要解决的问题关系不大,跳过。症状:明明有够用的计算资源,但提交一个小资源的作业还是会等待。解决过程:1.使用check -v jobid,看看作业不能在每个节点上运转载 2013-11-13 08:52:22 · 988 阅读 · 0 评论 -
基于CUDA的并行lammps编译及测试
运行环境:Centos 5.8 Final Cuda 5驱动及Toolkit Lammps-16Nov12fftw-2.1.5openmpi-1.4.5 硬件环境:Intel XEON E5 2640 128GB DDR3 1600 ECC WD 1TB HDD转载 2013-10-14 10:55:39 · 4212 阅读 · 1 评论 -
RA users Guide
RA users GuideThis guide has information about running on the CSMGolden Energy Computing OrganizationHPC resource RA.MINES.EDU. RA user AgreementUsage Policy File System Overview转载 2013-10-11 09:26:53 · 1215 阅读 · 0 评论 -
TORQUE安装笔记:
TORQUE安装笔记:Torque Resource Manager是一套OpenSource的软体,主要是用来控管丛集式电脑的工作排程,虽然是免费软体但功能还算蛮完整的,可以设定不同的工作类别,分配不同的资源,还可以设定工作完成时的e-mail通知...等等,我所知道的几座丛集式电脑上都有安装这个。 会重新安装这套软体(版本2.4.17,于RHEL4上)是因为各个节点间的版本不一样,造成转载 2013-09-25 09:19:35 · 3310 阅读 · 0 评论 -
Ganglia集成Nagios组合监视企业集群并设置邮件报警
Ganglia作为一款最常用的Linux环境中的监控软件,它擅长的的是从节点中按照用户的需求以较低的代价采集数据。但是Ganglia在预警以及发生事件后通知用户上并不擅长。最新的Ganglia已经有了部分这方面的功能。可我们为什么不找一个更擅长此道的人去做呢?Unix上的一个核心思想也是不要大而全的软件,通过把各种在某些方面擅长的软件组合起来来完成更多的工作。Nagios,就是一款精于预警、通知的转载 2013-10-09 16:03:59 · 2451 阅读 · 0 评论 -
16.3 Advanced Configuration
16.3 Advanced ConfigurationMaui's real power is unleashed when the defaults are replaced with more advanced configuration. Specifically, sites can map mission objectives into scheduling policies:转载 2013-10-08 09:21:10 · 1341 阅读 · 0 评论 -
maui配置
http://trac.cae.tntech.edu/infrastructure/browser/puppet/modules/maui/files/maui.cfg?rev=178# Managed by puppet -- manual changes may be lost2 # maui.cfg 3.2.6p193 4 SERVERHOST转载 2013-10-08 10:07:05 · 1850 阅读 · 0 评论 -
高性能计算相关资源
https://www.olcf.ornl.gov/wp-content/uploads/2010/03/AR2012_Final.pdfearly application experiences with the intel MIC Architecturehttp://www.olcf.ornl.gov/wp-content/training/electronic-structure-原创 2013-09-15 21:23:03 · 758 阅读 · 0 评论 -
torque maui 资源
http://docs.adaptivecomputing.com/torque/help.htmhttp://docs.adaptivecomputing.com/torque/Content/topics/1-installConfig/serverConfig.htm原创 2013-08-30 09:49:03 · 762 阅读 · 0 评论 -
NWChem
NWChemJump to: navigation, searchContents [hide] 1Overview1.1Official Documentation1.2Support1.3Tutorials2NWChem on Blue Gene/Q2.1Submission3NWChem on原创 2013-08-18 22:18:07 · 3485 阅读 · 0 评论 -
PLS 偏最小二乘
http://www.utdallas.edu/~herve/http://www.vsni.co.uk/software/genstat/htmlhelp/server/PLS.htmPLS procedureFits a partial least squares regression model (Ian Wakeling & Nick Bratche原创 2014-01-24 15:15:18 · 2462 阅读 · 0 评论 -
The Computational Chemistry List (CCL)
http://www.ccl.net/The Computational Chemistry List (CCL) was established on January 11, 1991, as an independent electronic forum for chemistry researchers and educators from around the world. If原创 2014-01-24 15:08:47 · 1324 阅读 · 0 评论 -
Virtual Computational Chemistry Laboratory
This site provides free on-line tools, which we hope you will find helpful in performing computational chemistry, ADME/T and chemoinformatics tasks including the building and visualisation of chemic原创 2014-01-24 15:09:37 · 687 阅读 · 0 评论 -
Centos 7 安装ganglia 客户端问题
最近新增加的计算节点安装了Centos7,安装gmond时出现以下错误:gmond: error while loading shared libraries: libpcre.so.0: cannot open shared object file开始以为是缺少库文件,安装后还是不行,发现lib64里有,执行下面命令:link libpcre.so.1.2.0 libpcr原创 2016-01-15 11:09:10 · 1319 阅读 · 0 评论 -
Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D
Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D原创 2014-08-14 15:28:19 · 2037 阅读 · 0 评论 -
windows 下AdNDP 安装使用
1、下载:http://ion.chem.usu.edu/~boldyrev/adndp.php2、原创 2014-05-23 11:30:12 · 1517 阅读 · 1 评论 -
centos安装g77编译器
centos默认没有安装g77编译器,使用ifort编译有问题,所以就把g77原创 2014-05-26 09:42:45 · 7749 阅读 · 2 评论 -
Amber11安装
5. 安装串行的AmberTools 1.5cd /home/soft/amber11/AmberTools/src./configure intelmake serial#这一步大约要10多分钟,比较耗时时间。测试一下cd ../testmake test#检查一下check.diff 文件看看有无错误出现,该文件位于:(/home/soft/amber11/Am原创 2014-04-03 22:32:29 · 840 阅读 · 0 评论 -
材料与工程学科相关软件
商业:· Materials Studio版本:6.1一代材料计算软件。模拟的方法包括量子力学的密度泛函理论、半经验的量化计算方法、分子力学、分子动力学以及介观模拟方法等· MedeA版本:2.1.3一个高效的材料设计平台,整合了多种高品质计算引擎、物性预测模块、数据库、网络管理技术等,使得材料模拟计算更为简单· Gaussian版本:09做半原创 2014-02-19 15:03:06 · 3208 阅读 · 0 评论 -
Install Monitoring Systems
Install Monitoring SystemsGangliaCompiling GangliaMake tarball to install on clientsInstall Ganglia ClientInstall Infiniband (optional)Install Disk Metrics (optional)转载 2014-03-01 10:11:19 · 833 阅读 · 0 评论 -
量化计算入门
http://www.chem.ccu.edu.tw/~hu/Web_Lib/QC_Tutorial/Tutorial for Quantum Chemical Calculation1. Gaussian 09 介紹與設定2. 座標系統與模型的建立3. 量化計算方法簡介4. 基底函數5. 原子性質計算6. 分子性質與結構最佳化7. 熱力學性質計算8. 過渡原创 2014-02-25 17:15:47 · 1386 阅读 · 0 评论 -
Pande Lab
We use computer simulation, statistical mechanics, and Bayesian statistics to tackle challenging problems in chemical biology, biophysics, and biomedicine.ProjectsWe wo原创 2014-02-13 11:01:59 · 746 阅读 · 0 评论 -
未來數學家的挑戰-計算量問題
未來數學家的挑戰計算量問題楊照崑;楊重駿一、前言二、計算量三、P 之外?四、古克定律與 NP-completeness五、NP-complete 問題之近似解六、NP-hardness 與圍棋七、結論 一、前言有數學家說過「一個好的問題勝過十個好解答」。 因转载 2014-02-12 08:14:30 · 813 阅读 · 0 评论 -
粒子群优化算法
粒子群优化算法属于群智能(swarm intelligence)优化算法。群智能分两种,一种是粒群优化,另一种是蚁群优化。群智能概念 假设你和你的朋友正在寻宝,每个人有个探测器,这个探测器可以知道宝藏到探测器的距离。你们一群人在找,每个人都可以把信息共享出去,就跟打dota时你可以有你队友的视野,你可以知道其他所有人距离宝藏的距离,这样,你看谁离宝藏最近,就向谁靠近,这转载 2014-02-12 09:46:23 · 1205 阅读 · 0 评论 -
团簇工作
-----------------------------Theoretical Study of Clusters-----------------------------D. J. Wales http://www-wales.ch.cam.ac.uk/J. P. K. Doye http://physchem.ox.ac.uk/~doye/R. S. Berry http转载 2013-08-02 17:03:20 · 2844 阅读 · 0 评论 -
nwchem 教程
https://wiki.alcf.anl.gov/images/b/bc/NWChem_tutorial.pdf原创 2013-07-27 16:15:46 · 2655 阅读 · 0 评论 -
InfiniBand OS 供应商支持
InfiniBand OS 供应商支持Mellanox InfiniBand 驱动程序、协议软件和工具由其各自的主要操作系统供应商和分布式系统收件箱提供支持,或在另有说明的情况下由 Mellanox 提供支持。Mellanox 还可支持所有主要处理器架构。Mellanox InfiniBand 驱动程序和 ULP 均已经过测试和验证,可支持操作系统矩阵中提及的所有前代和当代 HCA,并支持原创 2013-07-23 11:06:46 · 1932 阅读 · 0 评论 -
torque+maui问题-任务不运行
这次因停电服务器关机重启后发现pbs系统不能正常工作了,提上去任务显示Q状态,就是不运行。pbs_server进程、pbs_mom进程及trqauthd进程重启多次都无果,无意中使用了showq命令,提示~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ERROR: cannot send request to server logon:425原创 2013-07-03 23:03:00 · 5229 阅读 · 0 评论 -
win7找不到某些字体问题!
最近刚重装系统,win7下putty里找不到Fixedsys字体,以为系统没有,以前装系统时没遇到过,但是点击更多字体选项里发现是有Fixedsys字体的,为什么不显示,从网上找到了解决办法: 我的电脑--》打开控制面板--》所有控制面板项--》字体--》左边点击字体设置把根据语言设置隐藏字体的选项去掉。重启putty,可以找到Fixedsys字体了。putty中文显示设置:针原创 2012-09-01 16:10:15 · 1980 阅读 · 0 评论 -
Chemistry Software Vendors
http://altair.chonnam.ac.kr/~chem/organic/link5.htmChemistry Software Vendors [Molecular Modeling Software]/[Quantum Chemistry Software]/[Molecular Graphic Software][NMR So原创 2012-08-16 15:15:36 · 5503 阅读 · 0 评论 -
PES模拟
http://iopenshell.usc.edu/downloads/ezSpectrum 3.0Try ezSpectrum online version here! ezSpectrum computes stick photoelectron/photodetachment spectra for polyatomic molecules within the原创 2012-07-29 22:09:10 · 614 阅读 · 0 评论 -
过渡态资源
http://chemwiki.ucdavis.edu/Physical_Chemistry/Kinetics/Complex_Reactions/Transition_State_Theoryhttp://web.virginia.edu/Heidi/javascript/not_sure.htmlhttp://web.virginia.edu/Heidi/chapter16/chp16原创 2012-07-19 16:46:17 · 1898 阅读 · 0 评论 -
E3 V2配置实物
http://itbbs.pconline.com.cn/diy/15196070.htmlCPU: INTEL E3 1230散V2版 1390 散热: 九洲风神玄冰 60 主板: 技嘉Z77P-D3 850内存: CORSAIR 8G 1600复仇者套装350 硬盘: 西数500 蓝盘 430 显卡: 技嘉GTX560TI 1520机箱: 唯纳智 黑暗转载 2012-07-12 10:59:41 · 904 阅读 · 0 评论 -
AMBER12 QM/MM: is d-orbital code going to be parallelized?
his message: [ Message body ] [ More options (top, bottom) ]Related messages: [ Next message ] [ Previous message ] [ In reply to ] [ Next in thread ] [ Replies ]Contemporary messages sorted原创 2012-05-10 21:15:25 · 1656 阅读 · 0 评论 -
几个资源 dft
http://www.scc.acad.bg/articles/library/http://www.cscs.ch/fileadmin/user_upload/customers/CSCS_Application_Data/Files/http://penev.objectis.net/research/presentationshttp://penev.objectis.net原创 2012-03-11 15:52:27 · 554 阅读 · 0 评论 -
Global minimum
http://jblevins.org/mirror/amiller/global.f90MODULE global_minimum! This is translated from the code of:! Dr. Tibor Csendes! Dept. of Applied Informatics, Jozsef Attila University! H-6701 S原创 2012-03-08 22:59:30 · 958 阅读 · 0 评论