cuda数组的拷贝

      原来看了GPU编程觉得挺简单的，后面自己动手发现毛病不少啊。简单描述一下自己要做的事情：（1）CPU三维的vector--->（2）CPU三维数组--->（3）转换到GPU中的三维数组--->（4）转换到CPU中的三维数组，而其中问题主要出在第3、4步。主要是没有理解一个问题，那就是“cuda的各种拷贝一定要是内存连续的”。而自己在申请三维数组的时候用的是new或者malloc，这种在申请一维数组的时候是连续的，但是在申请多维数组就会出现不连续，因此在这里犯了致命错误。

      http://hpcbbs.it168.com/thread-7366-1-1.html这个帖子给了很好的建议，“vector<vector<float> > 并不是二维数组吧，它只是实现了二维数组的操作（比如[][]).内存是不连续的。要用cudaMemcpy还是得定义 float 2darray[N][M] 或者 直接 float *2darray = new float(M*N);”。反正就是这样，纸上得来终觉浅，自己多亲身力为一下。

下面给出一个连续成功的例子：

#include "example1.cuh"
#include "Struct.h"
/************************************************************************/
/* 转换成设备可以识别的                                                 */
/************************************************************************/
void InitCPUData(DataMatrix &datamatrix,std::vector<std::vector<std::vector<float > > > vec3D1,
				 std::vector<std::vector<std::vector<float > > > vec3D2,int width,int height,int depth)
{
	int i,j,k;
	for (i=0;i<depth;i++)
	{
		for (j=0;j<height;j++)
		{
			for (k=0;k<width;k++)
			{
				datamatrix.Mat3D1[i][j][k]=vec3D1[i][j][k];
				datamatrix.Mat3D2[i][j][k]=vec3D2[i][j][k];
			}
		}
	}
}

/************************************************************************/
/* 分配并且赋值                                                         */
/************************************************************************/
__host__ void AllocDataAndVal(DataStruct &datastruct,DataMatrix datamatrix,int width,int height,int depth)
{
	//分配内存
	cudaExtent extent=make_cudaExtent(sizeof(float)*6,7,8);
	cutilSafeCall(cudaMalloc3D(&(datastruct.Vec3D1),extent));
	cutilSafeCall(cudaMalloc3D(&(datastruct.Vec3D2),extent));
	//赋值
	cudaMemcpy3DParms Parms3D1={0};
	cudaMemcpy3DParms Parms3D2={0};
	Parms3D1.dstPtr=datastruct.Vec3D1;
	Parms3D2.dstPtr=datastruct.Vec3D2;
	Parms3D1.srcPtr=make_cudaPitchedPtr((void*)datamatrix.Mat3D1,width*sizeof(float),width,height);
	Parms3D2.srcPtr=make_cudaPitchedPtr((void*)datamatrix.Mat3D2,width*sizeof(float),width,height);
	Parms3D1.extent=extent;
	Parms3D2.extent=extent;
	Parms3D1.kind=cudaMemcpyHostToDevice;
	Parms3D2.kind=cudaMemcpyHostToDevice;
	cudaMemcpy3D(&Parms3D1);
	cudaMemcpy3D(&Parms3D2);
}


/************************************************************************/
/* 核函数                                                               */
/************************************************************************/
__global__ void kernel(DataStruct datastruct,int width,int height,int depth) //实现类中两个数组的相加，保持到第一个数组中
{
	char* devPtr1=(char*)datastruct.Vec3D1.ptr; //起始地址
	char* devPtr2=(char*)datastruct.Vec3D2.ptr;
	int pitch=datastruct.Vec3D1.pitch; //pitch，相当于宽度
	int SlicePitch=pitch*height; 
	//用线程
	int xid=threadIdx.x;
	int yid=threadIdx.y;
	int zid=threadIdx.z;
	if (xid<width&&yid<height&&zid<depth)
	{
		((float*)((char*)(devPtr1+zid*SlicePitch)+yid*pitch))[zid]=((float*)((char*)(devPtr1+zid*SlicePitch)+yid*pitch))[zid]+
			((float*)((char*)(devPtr2+zid*SlicePitch)+yid*pitch))[zid];
	}
}

/************************************************************************/
/* 返回到主机上                                                         */
/************************************************************************/
__host__ void GPU2CPU(DataStruct &datastruct,DataMatrix datamatrix, int width,int height,int depth)
{
	cudaExtent extent=make_cudaExtent(sizeof(float)*6,7,8);
	cudaMemcpy3DParms Parms3D1={0};
	cudaMemcpy3DParms Parms3D2={0};
	Parms3D1.srcPtr=datastruct.Vec3D1;
	Parms3D2.srcPtr=datastruct.Vec3D2;
	Parms3D1.dstPtr=make_cudaPitchedPtr((void*)datamatrix.Mat3D1,width*sizeof(float),width,height);
	Parms3D2.dstPtr=make_cudaPitchedPtr((void*)datamatrix.Mat3D2,width*sizeof(float),width,height);
	Parms3D1.extent=extent;
	Parms3D2.extent=extent;
	Parms3D1.kind=cudaMemcpyDeviceToHost;
	Parms3D2.kind=cudaMemcpyDeviceToHost;
	cudaMemcpy3D(&Parms3D1);
	cudaMemcpy3D(&Parms3D2);

}

主函数：

// 说明：在cu中host和device的虽然写在一起,但是是分开编译的，这个在一起只是形式上的。如果函数前面有__global__由主机调用设备执行，__device__设备调用设备执行，__host__主机调用主机执行。其分别对应三种形式为核函数、核函数中的函数、一般函数。

#include <iostream>
#include <vector>
#include <algorithm>
#include "example1.cuh"
#include "Struct.h"

int main()
{
	int i,j,k;
	int width=6;
	int height=7;
	int depth=8;
	std::vector<std::vector<std::vector<float > > > vec3D1(width); //建立6*7*8的三维数组，范文depth-height-width
	std::vector<std::vector<std::vector<float > > > vec3D2(width);

	vec3D1.resize(depth);
	vec3D2.resize(depth);
	for (i=0;i<depth;i++)
	{
		vec3D1[i].resize(height);
		vec3D2[i].resize(height);
			for (j=0;j<height;j++)
			{
				vec3D1[i][j].resize(width);
				vec3D2[i][j].resize(width);
				for (k=0;k<width;k++)
				{
					vec3D1[i][j][k]=i+j+k;
					vec3D2[i][j][k]=i*j*k;
				}
			}
	}

	//
	//将数据转换成设备可以接受的形式，为赋值做准备，这个是在主机上进行
	DataMatrix datamatrix;
	InitCPUData(datamatrix,vec3D1,vec3D2,width,height,depth);
	
	//
	//给设备分配内存并且赋值，这个是在设备上进行
	DataStruct datastruct;
	AllocDataAndVal(datastruct,datamatrix,width,height,depth);

	//
	//调用核函数
	dim3 dimBlock(8,7,6);
	kernel<<<1,dimBlock>>>(datastruct,width,height,depth); 

	//
	//返回到主机，并显示出来
	GPU2CPU(datastruct,datamatrix,width,height,depth);
	for (i=0;i<depth;i++)
	{
		for (j=0;j<height;j++)
		{
			for (k=0;k<width;k++)
			{
				printf("%f  ",datamatrix.Mat3D1[i][j][k]);
			}
			printf("\n");
		}
			printf("\n");
			printf("\n");
	}


	//释放空间
	cudaFree(&(datastruct.Vec3D1));
	cudaFree(&(datastruct.Vec3D2));

}