CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接(蛋白-蛋白、蛋白-多肽)
时间 |
名称 |
内容 |
第一天 上午 |
生物分子互作基础 |
1.生物分子相互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 |
蛋白数据库 |
1. PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资源 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 2.2 靶点蛋白结构序列下载 2.3 靶点蛋白背景分析 2.4 相关数据资源获取途径 2.4 批量下载蛋白晶体结构 |
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第一天 下午 |
蛋白结构分析 |
1. Pymol 软件介绍 1.1 软件安装及初始设置 1.2 基本知识介绍(如氢键等) 2.Pymol 软件使用 2.1蛋白小分子相互作用图解 2.2 蛋白蛋白相互作用图解 2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示 2.4蛋白及小分子结构叠加及比对 2.5绘相互作用力 2.6 Pymol动画制作 实例讲解与练习: (1)尼洛替尼与靶点的相互作用,列出相互作用的氨基酸,并导出结合模式图 (2)制作结合口袋表面图 (3)Bcr/Abl靶点的PDB结构叠合 (4)制作蛋白相互作用动画 (5)针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物,制作蛋白-蛋白相互作用 |
第二天上午 |
同源建模 |
1. 同源建模原理介绍 1.1 同源建模的功能及使用场景 1.2 同源建模的方法 |