【用于OCT体积的散斑噪声降低】光学相干层析成像自适应复合散斑降噪滤波器研究（Matlab代码实现）

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📋📋📋本文目录如下：🎁🎁🎁

目录

💥1 概述

📚2 运行结果

🎉3 参考文献

🌈4 Matlab代码、数据、文章

---

💥1 概述

文献来源：

摘要
意义：散斑噪声限制了光学相干断层扫描（OCT）图像的诊断能力，导致对比度降低，组织微结构形态的评估不够准确。

目的：我们提出了一种用于OCT体积的散斑噪声降低方法，利用自适应噪声小波阈值处理与应用于连续位置获取的几帧图像的小波合成方法的优势。该方法利用了散斑统计的小波表示，从噪声体积的均匀样本或区域中正确计算出来。

方法：首先，提出的方法在三种不同的临床皮肤科OCT体积和三种不同的OCT设置上，与不同的最先进方法进行了定量比较。该方法还被应用于一个公共的视网膜光谱域OCT数据集，以展示其适用于不同成像模式。

结果：基于四种不同的指标，结果表明，所提出的方法在抑制噪声和保留结构信息方面，表现出了最佳性能。

结论：所提出的OCT去噪技术有潜力适应不同的图像OCT设置和噪声环境，并在临床诊断前基于视觉评估改善图像质量。

1.介绍
光学相干断层扫描（OCT）是一种光学成像技术，允许以微米分辨率和最多两毫米深度实时观察体内组织的横截面图像。OCT广泛应用于各种生物医学和临床领域，如眼科学（作为诊断和监测疾病进展的常规无创工具）和心脏病学（作为冠状动脉介入期间的导管成像系统）。在皮肤科学中，OCT已被用于研究各种皮肤疾病。OCT在皮肤科中最重要的应用是评估非黑色素性皮肤癌，如基底细胞癌（BCC），并减少对诊断活检的需求。

由于OCT使用空间相干照明，其图像受到散斑现象的影响，散斑现象既是噪声的来源，也是信息的载体。散斑携带信号信息是入射光子的背向散射的结果，而散斑噪声是由来自多个方向的多个反射光子之间的随机干涉引起的。散斑噪声使OCT图像呈现颗粒状外观，降低了信噪比（SNR），限制了其解释的准确性。散斑的特性受到尺度表示、光学设置和生物组织的散射特性的影响。

详细讲解见第4部分。

📚2 运行结果

主函数代码：

clear all;
close all;

% add all the subfolders to the path
addpath(genpath(pwd));

% step 1 
% load the ROIS 
% load the noiseRef
% load the volume

rois = load('./conf/volume_rois_1_1.mat');
noise = load('./conf/noiseRef_volumes_1X.mat');
volume_raw = loadstack('./testdata/volume_1_1.tif','uint16');

% step 2
% apply the method
paramK=1;
addmean='no';
numlevels = 4;
sizelimit = 2.^numlevels;
sizeVol = size(volume_raw);
size_1 = floor(sizeVol(1)/sizelimit)*sizelimit;
size_2 = floor(sizeVol(2)/sizelimit)*sizelimit;
imageVol = volume_raw(1:size_1,1:size_2,:);
        
% Add the mean as the last frame
if strcmp(addmean,'yes')
    imageVol(:,:,size(imageVol,3)+1) = mean(imageVol,3);
end

result_wcan = wcan(imageVol,noise.noiseRef,'k', paramK, 'maxLevel', numlevels, 'basis','haar');

% step 3
% get the metrics and plot the results
metrics = getmetrics( 'WCAN', imageVol(1:size(result_wcan,1),1:size(result_wcan,2),1), result_wcan, rois.ROINOISE, rois.ROISCNR );
disp(strcat('Improvement metrics- SNR: ',sprintf('%.2f',metrics.SNR),'dB, CNR: ',sprintf('%.2f',metrics.CNR),', ENL:',sprintf('%.2f',metrics.ENL)));

% save the result
imwrite(result_wcan,'../results/result_test_wcan.png')

🎉3 参考文献

文章中一些内容引自网络，会注明出处或引用为参考文献，难免有未尽之处，如有不妥，请随时联系删除。

🌈4 Matlab代码、数据、文章