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RSS订阅原创 R语言学习--’filter’函数：
表示逻辑非）进行组合。例如，要筛选出数据框`df`中`age`大于 30 且`gender`为 "male" 的行，可以使用`dplyr::filter(df, age > 30 & gender == "male")`。* `sides` ：当`method = "convolution"`时，指定滤波器的类型，取值为`1`表示单边滤波（默认值），`2`表示双边滤波。* `circular` ：当`sides = 2`时，指定是否将时间序列视为循环数据，取值为`TRUE`或`FALSE`（默认值）。
2025-08-16 20:48:18
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原创 R代码学习----dplyr 包提供的“列选择函数”
（2）如果列里有非数值列，`as.matrix()` 会把所有列变成字符矩阵，后续数值运算会出错 → 先用 `select()` 去掉非数值列，或 `mutate(across(where(is.character), as.numeric))` 转换。（1） 一旦用 `column_to_rownames()` 把列变成行名，这些列就不再存在于数据框，此时再用 `select(-ID, -type)` 就会报错。R 里，select() 是 dplyr 包提供的“列选择函数”，语法非常灵活。
2025-08-15 21:02:12
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原创 R语言学习笔记-ComBat函数的使用
ComBat 是 R 中用于校正批次效应（batch effect）的强大工具，尤其在组学数据（如代谢组学、转录组学）分析中广泛应用。解决方案：检查交叉表 table(batch, group)，确保各分组在所有批次中均有分布。消除因实验批次（不同时间、不同操作员、不同仪器等）引入的技术变异，保留真实的生物学差异。长度需等于样本数，建议用因子。（默认）同时校正均值和方差。将其他批次对齐至此批次。
2025-08-07 20:32:49
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原创 CSV和XLSX在数据处理中的选择
用R处理时优先CSV：R的核心优势是数据计算，CSV的纯文本特性可减少格式干扰，且base R的`read.csv()`/`write.csv()`函数无需额外依赖，读取速度更快。用Excel处理时优先XLSX：当需要保留格式（如表头高亮）、使用公式（如计算均值）、拆分多工作表（如按年份分表）时，必须用XLSX，避免格式丢失。多工作表拆分：若XLSX含多个工作表，导出为CSV时需拆分为多个文件（如"数据_表1.csv"、"数据_表2.csv"），避免数据混在一起。
2025-08-06 19:44:50
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原创 PCA学习笔记及代谢组学应用
PCA图是质控的必要非充分条件，必须配合：1. 统计检验（PERMANOVA/Permutation test）2. 距离验证（BC/Jaccard距离）3. 替代降维（tSNE/UMAP对比）4. 量化指标（解释方差、Silhouette Score）这种多角度验证策略能有效避免单一方法的盲区，尤其适合监管提交或高分论文要求。
2025-08-05 20:54:47
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原创 代谢组/微生物组分析中最常用的距离矩阵
代谢组数据分析需要根据数据结构以及分析目标选择最适用的分析公式，这样结果才能准确，可用，以下总结了代谢组/微生物组分析中最常用的距离矩阵以及使用情景。：需先 scale / log 转换，否则量纲差异会主导结果。：仅基于相对丰度（比例），对“总量”不敏感；：计数 / 非负丰度数据（如 16S、代谢组计数）：度量方向差异（即“比例形状”），忽略长度。：强调相对差异，对接近 0 的值敏感。：成分数据，含 0 时需加伪计数。相对差异，对接近 0 的值敏感。：连续/计数均可（含 0）：稀疏、含 0 的计数数据。
2025-08-04 21:42:26
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原创 R报错处理：Warning: package ‘xxx’ is not available for R version yyyy
出现该情况说明默认下载目标不适配于当前使用的R版本，需要手动下载，步骤如下。
2025-08-03 21:58:17
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原创 R语言——R包的管理＆初次使用时的配置
R语言的用途因为R包的存在变得多样，在使用过程中常有R包的调用，更新，安装，删除......随着丰富的R包装入library，管理这项工作也变得至关重要，用户需要清楚R环境的储存路径，避免调试代码时无从下手，也避免电脑不断地被冗余的老旧文件沾满内存。工作路径`getwd()``setwd("路径")` 或 RStudio 菜单：Session > Set Working Directory包下载位置`.libPaths()` 查看包路径。
2025-08-02 22:24:50
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原创 R语言：MetaboAnalystR包的下载（使用GitHub获取r包；适用于R 4.3.3）
访问 Git 官网：https://git-scm.com/download/win - 下载并安装 Git（默认选项即可） - 安装完成后重启 RStudio。如果显示类似 `git version 2.x.x` 的信息，说明安装成。把 token 存进系统的 git credential store。根据提示粘贴复制的token。
2025-08-01 21:37:44
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原创 save workspace image to ~/.data的作用及选择
在R中，`save workspace image to ~/.data` 这一提示通常出现在你退出R或RStudio时，表示系统正在尝试将当前工作环境（包括变量、函数、历史记录等）保存到一个名为 `.RData` 的文件中，并存储到 `~/.data` 目录下。
2025-08-01 13:02:50
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原创 家目录与根目录
示例路径 `/usr/bin`, `/etc/passwd` | `/home/alice/Documents`混淆 `/` 与 `/root`：`/` 是根目录，而 `/root` 是 root 用户的家目录。内容：包含系统的核心目录（如 `/bin`、`/etc`、`/usr`、`/var` 等）。快捷表示：用 `~` 或 `$HOME` 指代当前用户的家目录（如 `cd ~`）。路径：`/home/用户名`（普通用户）或 `/root`（root 用户）。
2025-08-01 12:52:44
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原创 更改R包路径
确保路径格式正确（Windows用 `/` 或 `\\`，如 `D:/R/library` 或 `D:\\R\\library`）。安装新包时，R会自动使用 `.libPaths()` 中的首选路径。现象：迁移后提示 `package ‘xxx’ not found`。> 验证：重启后运行 `.libPaths()`，新路径应出现在首位。确保新路径（如 `D:/R/library`）的写入权限开放。现象：安装包时提示 `Permission denied`。路径示例：`D:/R/library`
2025-08-01 11:49:37
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