简单实用的pandas技巧:如何将内存占用降低90%_python apply消耗资源太多

本文探讨了如何通过理解Pandas的内部数据结构和利用子类型优化,特别是针对数值列和object列,如使用pd.to_numeric()进行downcast,以及通过Categoricals类型减少object列的内存占用。通过这些方法,可以显著降低DataFrame的内存使用,提高数据处理效率。
摘要由CSDN通过智能技术生成
<class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
RangeIndex: 171907 entries, 0 to 171906
Columns: 161 entries, date to acquisition_info
dtypes: float64(77), int64(6), object(78)
memory usage: 861.6 MB

我们可以看到,我们有 171,907 行和 161 列。pandas 会自动为我们检测数据类型,发现其中有 83 列数据是数值,78 列是 object。object 是指有字符串或包含混合数据类型的情况。

为了更好地理解如何减少内存用量,让我们看看 pandas 是如何将数据存储在内存中的。

dataframe 的内部表示

在 pandas 内部,同样数据类型的列会组织成同一个值块(blocks of values)。这里给出了一个示例,说明了 pandas 对我们的 dataframe 的前 12 列的存储方式。

你可以看到这些块并没有保留原有的列名称。这是因为这些块为存储 dataframe 中的实际值进行了优化。pandas 的 BlockManager 类则负责保留行列索引与实际块之间的映射关系。它可以作为一个 API 使用,提供了对底层数据的访问。不管我们何时选择、编辑或删除这些值,dataframe 类和 BlockManager 类的接口都会将我们的请求翻译成函数和方法的调用。

在 pandas.core.internals 模块中,每一种类型都有一个专门的类。pandas 使用 ObjectBlock 类来表示包含字符串列的块,用 FloatBlock 类表示包含浮点数列的块。对于表示整型数和浮点数这些数值的块,pandas 会将这些列组合起来,存储成 NumPy ndarray。NumPy ndarray 是围绕 C 语言的数组构建的,其中的值存储在内存的连续块中。这种存储方案使得对值的访问速度非常快。

因为每种数据类型都是分开存储的,所以我们将检查不同数据类型的内存使用情况。首先,我们先来看看各个数据类型的平均内存用量。

for dtype in ['float','int','object']:
    selected_dtype = gl.select_dtypes(include=[dtype])
    mean_usage_b = selected_dtype.memory_usage(deep=True).mean()
    mean_usage_mb = mean_usage_b / 1024 ** 2
    print("Average memory usage for {} columns: {:03.2f} MB".format(dtype,mean_usage_mb))

Average memory usage for float columns: 1.29 MB
Average memory usage for int columns: 1.12 MB
Average memory usage for object columns: 9.53 MB

可以看出,78 个 object 列所使用的内存量最大。我们后面再具体谈这个问题。首先我们看看能否改进数值列的内存用量。

理解子类型(subtype)

正如我们前面简单提到的那样,pandas 内部将数值表示为 NumPy ndarrays,并将它们存储在内存的连续块中。这种存储模式占用的空间更少,而且也让我们可以快速访问这些值。因为 pandas 表示同一类型的每个值时都使用同样的字节数,而 NumPy ndarray 可以存储值的数量,所以 pandas 可以快速准确地返回一个数值列所消耗的字节数。

pandas 中的许多类型都有多个子类型,这些子类型可以使用更少的字节来表示每个值。比如说 float 类型就包含 float16、float32 和 float64 子类型。类型名称中的数字就代表该类型表示值的位(bit)数。比如说,我们刚刚列出的子类型就分别使用了 2、4、8、16 个字节。下面的表格给出了 pandas 中最常用类型的子类型:

一个 int8 类型的值使用 1 个字节的存储空间,可以表示 256(2^8)个二进制数。这意味着我们可以使用这个子类型来表示从 -128 到 127(包括 0)的所有整数值。

我们可以使用 numpy.i

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