Day3 - 小鱼

linux环境下的软件安装

了解linux的应用商店——conda

1. conda的作用：应用商店。日常生信使用的是Miniconda
2. conda的安装

• conda的来源：镜像“miniconda 清华”

链接：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
步骤：进入清华镜像网站后，找到最新版的miniconda最新版，右键复制下载链接

• conda的下载

#进入存放软件的文件夹
cd biosoft
#下载sh脚本
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

#运行脚本，中间会出现许多版权信息，按q跳过，如果跳过不了，就输入yes
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

#当出现“Thank you for installing Miniconda3”就表明安装成功了

#激活conda
source ～/.bashrc

• conda配置镜像

# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

3. 使用conda

#查看conda上的软件
conda list

# 安装软件
conda install fastqc -y
conda install bedtools -y
# 安装固定版本
conda instal fastqc=0.11.7 -y
# 查看安装软件的版本
conda list bedtools

4. conda的工作环境

# 查看工作环境有哪些
conda info --envs（前面带着*的表示当前激活的）
# 创建一个工作环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc -y
# 激活新的工作环境
conda activate rna-seq
#退出工作环境
conda deactivate

学习资料来源于花花老师提供的资料，感谢花花老师提供的优质资料