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原创 生科赛代码分析——基于EAA分钟的DNA甲基化差异特征分析
本研究基于表观遗传年龄加速(EAA)分组,对健康青年男性外周血DNA甲基化数据进行系统分析。通过批次校正、差异甲基化位点筛选、区域注释、甲基化水平分析及转录组关联分析等步骤,建立完整分析流程。重点包括三组两两DMP分析、GDMR区域注释、甲基化-转录组相关性分析以及Reactome通路富集。研究采用R语言实现,需ChAMP等包支持,建议8GB以上内存环境。分析流程涵盖从原始数据到功能注释的全过程,为理解表观遗传衰老的甲基化调控机制提供数据支持。
2026-05-05 00:40:03
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原创 MR微观因果推断分析
本研究构建了一套完整的孟德尔随机化(MR)分析流程,通过11个核心R脚本实现从分子特征到表观遗传年龄加速度(EAA)的因果推断。采用LDclump筛选独立工具变量(P<1e-5),结合多种MR方法进行验证,定义权重weight=|β|×(-log10(p))量化效应强度。创新性地开发了因果路径搜索算法,以MOFA权重前50特征为起点,计算综合评分Score=AEP×√SL×√TW/steps。流程支持32核并行计算,实现批量自动化处理,包含严格质控和多维可视化功能,可输出Cytoscape兼容网络文件
2026-05-02 19:27:08
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原创 生命科学竞赛代码分享--实验记录基于EAA分组的临床生化指标差异分析
本文介绍了一个基于R语言的全国大学生生命科学竞赛临床指标差异分析完整解决方案。该方案包含数据预处理、统计检验、可视化呈现和趋势分析全流程,可自动处理样本分组信息,执行t检验进行组间比较,并判断指标变化趋势。系统要求输入临床数据和分组信息两个Excel文件,输出包括统计分析结果、趋势分析报告、可视化图表(PNG和PPT)等多种格式。方案特别设计了趋势判断规则,将指标变化分为上升、下降、混合和无显著差异四类,为生物医学数据分析提供了一套标准化、自动化的解决方案。
2026-04-15 19:51:10
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原创 实验记录2:基于Horvath时钟的衰老加速度分层
本工作参加全国大学生生命科学竞赛(科学探究类),所有分析代码均为原创,现开源分享,供评委审阅及同行交流。
2026-03-26 18:07:27
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原创 【生命科学竞赛代码分享】表观遗传时钟分析:从数据预处理到非线性关联挖掘
本文分享了参加全国大学生生命科学竞赛(科学探究类)的原创分析代码,包含4个核心R脚本,分别对应实验记录的4个分析步骤:数据预处理、相关性分析、特征点识别和分段验证。代码要求R版本≥4.2.0,依赖dplyr、tidyr等常用包。所有代码已开源,供评审和交流使用。
2026-03-20 19:40:19
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空空如也
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