医学影像数据集（肺 胸 心脏 大肠 眼睛 等） -器官数据集-相关论文都包含

本项目的目标是整理一个医学影像方向数据集的列表，提供每个数据集的基本信息，。项目按照数据集模态或关注的器官分类。当前共收录约 20 个方向的 80+ 个数据集

医学影像数据集众多多且专业性强，众人拾柴火焰高！

前言
目录
肝脏
LiTS
Sliver07
3D-IRCADB
CHAOS
TCGA-LIHC
MSD肝脏血管分割
肺
MSD肺癌分割
LoLa11肺叶分割
StructSeg2019
肺部多病智能诊断
CheXpert
NIHChest Xray
QIN Lung CT
4D-Lung
NSCLC-Radiomics
vessel12 肺部血管分割
肺结核
Shenzhen Hospital X-ray Set
Montgomery County X-ray Set
肺炎
Ieee8023
covid19-ct-scans
COVID-CT
Figure1-COVID-chestxray-dataset
RSNA肺炎检测
CovidX
Flyai Covid
covid19-radiography-database
COVID-19-AR
CT Images in COVID-19
肺结节
LIDC-IDRI
LUNA16
天池肺部结节
LNDB
Lung Nodule Malignancy
Data Science Bowl 17
Lung-PET-CT-Dx
气胸
SIIM-ACR Pneumothorax Segmentation
胸
CBIS-DDSM
QIN Breast
Rider Breast MRI
ACRIN 6688
BraTS2013
BraTS2015
BraTS2021
脑
MSD脑瘤分割
MSD海马体分割
Iseg2019
ABIDE
ADNI
CQ500
脑出血
RSNA Intracranial Hemorrhage Detection
肾脏
Kits19
肠
CT COLONOGRAPHY
MSD肠道分割数据集
心脏
EchoNet
MMWHS
MSD心脏分割
主动脉
冠状动脉分割
眼睛
DRIVE
ODIR-5k
FIRE 视网膜图像数据
STARE
CHASE_DB1
IDRiD
前列腺
PANDA
MSD前列腺分割
QIN-PROSTATE-Repeatability
胰腺
MSD胰腺分割
PDMR-833975-119-R
皮肤
SIIM-ISIC Melanoma Classification
镜检
细胞
Data Science Bowl 18
血细胞涂片分类
ISBI细胞跟踪
穿刺
BCNB乳腺癌穿刺活检
骨骼
MURA-1.1
RSNA Bone Age
磁共振图像脊柱结构多类别三维自动分割
膝盖
MRNet
脊椎
Verse大规模脊椎分割数据集
VQA
PathVQA
内窥镜
SARAS-MESAD
SARAS-MESAD
数字病理
CAMELYON
心电图
CAMELYON
交流群
医学影像数据库
参考项目/列表
贡献者
Release Note

肝脏
LiTS
名称标注内容类型模态数量标签格式文件格式LicenseLiTS肝脏/肝脏肿瘤分割CT131+700/1标签niiCC BY-NC-ND 4.0

LiTS数据集包含131组训练扫描和70组测试扫描，其中70组测试数据标签不公开。LiTS训练集中包含3DIRCADB中的所有数据，所以不要合并这两个数据集。Medical Segmentation Decathlon中肝脏分割的数据集就是LiTS。

肝脏

LiTS

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
LiTS	肝脏/肝脏肿瘤	分割	CT	131+70	0/1标签	nii	CC BY-NC-ND 4.0

LiTS数据集包含131组训练扫描和70组测试扫描，其中70组测试数据标签不公开。LiTS训练集中包含3DIRCADB中的所有数据，所以不要合并这两个数据集。Medical Segmentation Decathlon中肝脏分割的数据集就是LiTS。

分割结果可以在线提交进行评估，在线提交方法参考。 在线提交地址

数据集论文：The Liver Tumor Segmentation Benchmark (LiTS)

相关项目： 基于Paddle的肝脏CT影像分割

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Sliver07

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
Sliver07	肝脏	分割	CT	20+10	0/1标签	MetaImage	Other

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这个数据集比较老了，现在用的也比较少，一些研究会将sliver和lits合起来，这样基本上就是所有常用的关于肝脏分割的公开数据了。mhd格式可以用 SimpleITK 读，在medseg项目中有转换成nii的脚本

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3D-IRCADB

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
3D-IRCADb 01 02	肝脏/肝肿瘤	分割	CT	20+2	surface mesh	dcm	CC

3D-IRCADb是比较早的一个数据集，有两个子集，分别包含20组和2组CT片子。

CHAOS

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
CHAOS	肝/肾/脾	分割	CT+MRI	40CT+120MRI	0/1标签	dcm	CC 4.0

CHAOS是一个多脏器，多模态分割数据集。

TCGA-LIHC

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
TCGA-LIHC	肝		CT/MR/PT	97患者/237套	无标签	dcm	Other

MSD肝脏血管分割

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
MSD肝脏血管分割	肝脏血管	分割	CT	443	0/1	nii	CC-BY-SA 4.0

肺

MSD肺癌分割

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
MSD肺癌分割	肺脏	分割	CT	96	0/1	nii	CC-BY-SA 4.0

LoLa11肺叶分割

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
LoLa11	None	分割	CT	55	None	Metaimage	Other

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LoLa11 包含55套CT数据，未发现任何公开标注信息

StructSeg2019

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
StructSeg2019

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肺部多病智能诊断

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
肺部多病智能诊断			CT

CheXpert

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
CheXpert							Other

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介绍论文： CheXpert: A Large Chest Radiograph Dataset with Uncertainty Labels and Expert Comparison

相关项目

NIHChest Xray

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
NIHChest Xray	14种肺部疾病/部分病灶位置	分类/检测	CXR	112,120	csv	png	CC0: Public Domain

​编辑 介绍论文： ChestX-ray8: Hospital-scale Chest X-ray Database and Benchmarks on Weakly-Supervised Classification and Localization of Common Thorax Diseases

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QIN Lung CT

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
QIN Lung CT	非小細胞癌		CT	47		dcm	Other

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4D-Lung

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
4D-Lung	非小細胞癌		CT		20	dcm	Other

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NSCLC-Radiomics

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
NSCLC-Radiomics	非小细胞癌	分割	CT	422		dcm

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vessel12 肺部血管分割

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
vessel12 肺部血管分割	肺部血管	分割	CT	20		raw

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肺结核

Shenzhen Hospital X-ray Set

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
Shenzhen Hospital X-ray Set	肺结核/正常	分类	CXR	662	类别	图片

深圳第三医院收集的肺结核胸透数据集，包含326张正常扫描和336张不正常的扫描。

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Montgomery County X-ray Set

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
Montgomery County X-ray Set	肺结核/正常	分类	CXR	138	类别	图片

蒙哥马利市收集的肺结核胸透数据集，包含80张正常的扫描和58张不正常的扫描。

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肺炎

Ieee8023

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
Ieee8023	肺脏	分类	CT	20		nii

持续搜集公开的新冠CT扫描，目前有20个病例。

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covid19-ct-scans

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
covid19-ct-scans	左右肺/新冠感染	分割	CT	20		nii

数据来自Ieee8023，对20组扫描进行了左右肺和感染区的标注。基于这个数据集和另外几个数据集，大佬们做了一个新冠分割的 benchmark

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COVID-CT

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
COVID-CT		分类	CT	349		图片

包含216名新冠患者的349张胸部CT图片，从相关paper中收集。

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Figure1-COVID-chestxray-dataset

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
Figure1-COVID-chestxray-dataset		分类	CXR	48		图片

DarwinAI收集的一些新冠CT的图片，是CovidX数据集的一部分。持续更新，使用前可以先pull。

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RSNA肺炎检测

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
RSNA肺炎检测	是否肺炎 肺炎区域BB	分类 检测	CXR	26684+3000		图片	Custom

北美放射学会在Kaggle上组织的一个比赛数据集，数据来自NIH。包含26684张训练数据，有图片的分类和肺炎区域的边界框。

CovidX

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
CovidX	新冠/其他肺炎/正常	分类	CT	13569+231		图片

CovidX数据集是DarwinAI训练CovidNet做的一个数据集，本身没有新的数据，是Ieee8023，Figure1和RSNA组合成的一个数据集。

Flyai Covid

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
Flyai Covid

Flyai举办的一个新冠分类比赛。

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covid19-radiography-database

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
covid19-radiography-database	新冠/其他肺炎/正常	分类	CT	219+1314+1345		图片

跟CovidX一样是一个组合数据集，数据来自论文图片和RSNA。

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COVID-19-AR

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
COVID-19-AR						dcm

Chest Imaging with Clinical and Genomic Correlates Representing a Rural COVID-19 Positive Population (COVID-19-AR)

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CT Images in COVID-19

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
CT Images in COVID-19	无标签	分类/分割	CT 平扫	771	无	nii

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Aistudio下载 相关论文：

• Artificial intelligence for the detection of COVID-19 pneumonia on chest CT using multinational datasets
• Generalized chest CT and lab curves throughout the course of COVID-19

肺结节

LIDC-IDRI

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
LIDC-IDRI	肺部肿瘤	目标检测	CT	1012	xls	dcm

介绍论文： The Lung Image Database Consortium (LIDC) and Image Database Resource Initiative (IDRI): A Completed Reference Database of Lung Nodules on CT Scans

The public cancer radiology imaging collections of The Cancer Imaging Archive

Aistudio下载 Part1 Part2

LUNA16

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
LUNA16

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天池肺部结节

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
天池肺部结节	肺部结节	检测	低剂量肺部CT	1000(初赛) + 2000(复赛)	位置+直径	mhd	Custom

LNDB

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
LNDB	直径大于3mm的肿瘤分割标注/小于3mm肿瘤和非肿瘤标记中心	分割/分类	CT	294	XML	MetaImage

介绍论文： LNDb: A Lung Nodule Database on Computed Tomography

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Lung Nodule Malignancy

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
Lung Nodule Malignancy	肺结界良恶性	分类	CT	4165+2526		tif

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Data Science Bowl 17

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
Data Science Bowl 17

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Lung-PET-CT-Dx

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
Lung-PET-CT-Dx	肺癌	目标检测	CT	363	xml	dcm

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气胸

SIIM-ACR Pneumothorax Segmentation

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
SIIM-ACR Pneumothorax Segmentation

胸

CBIS-DDSM

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
CBIS-DDSM	正常/良性/恶性	分类	CT	2620

介绍论文： Deep Learning to Improve Breast Cancer Early Detection on Screening Mammography A curated mammography data set for use in computer-aided detection and diagnosis research

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QIN Breast

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
QIN Breast 0102			MRI	67

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Rider Breast MRI

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
Rider Breast MRI			MRI

ACRIN 6688

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
ACRIN 6688			CT	83

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脑

BraTS2013

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
BraTS2013

BraTS2015

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
BraTS2015

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BraTS2021

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
BraTS2021

MSD脑瘤分割

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
MSD Brain Tumor Segmentation	胶质瘤/肿瘤/水肿	分割	MRI	484 Train + 266 Test	0/1	nii	CC-BY-SA 4.0

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MSD海马体分割

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
MSD Hippocampus Segmentation	海马体	分割	MRI	394	0/1	nii	CC-BY-SA 4.0

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Iseg2019

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
Iseg2019

ABIDE

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
ABIDE	是否有自闭症	分类	MRI	539+573

自闭症患者的头部MRI扫描，包含539例自闭症患者和573个正常扫描对照组。 介绍论文： The autism brain imaging data exchange: towards a large-scale evaluation of the intrinsic brain architecture in autism.

下载地址

ADNI

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
ADNI

介绍论文： Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative (ADNI)

CQ500

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
CQ500		分割		CT	491组扫描		by-nc-sa 4.0

介绍论文:Development and Validation of Deep Learning Algorithms for Detection of Critical Findings in Head CT Scans

脑出血

RSNA Intracranial Hemorrhage Detection

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
RSNA Intracranial Hemorrhage Detection			CT

肾脏

Kits19

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
Kits19	肾脏/肾肿瘤	分割

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肠

CT COLONOGRAPHY

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
CT COLONOGRAPHY			CT

包含没有结肠息肉，有6-9mm息肉和大于10mm息肉的数据。

MSD肠道分割数据集

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
MSD肠道分割数据集	结肠癌原发病灶	分割	CT	126训练+64测试			CC-BY-SA 4.0

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心脏

EchoNet

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
EchoNet	心脏	分割	MRI	10300	0/1

介绍论文： EchoNet-Dynamic: a Large New Cardiac Motion Video Data Resource for Medical Machine Learning

MMWHS

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
MMWHS	心脏	分割	CT / MRI	20CT、20MRI	类别	nii

mmwhs是心脏分割数据集，共有8类，MRI和CT两种模态 相关项目： Hybrid Loss Guided Convolutional Networks for Whole Heart Parsing

MSD心脏分割

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
MSD心脏分割	左心房	分割	MRI	20(训练)+10(测试)			CC-BY-SA 4.0

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主动脉

冠状动脉分割

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
Automated Segmentation of Coronary Arteries	冠状动脉	分割	CTA	40+20			Custom

Grand Challenge下载

眼睛

DRIVE

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
DRIVE	眼底血管	分割	眼底照片	40	0/1	图片

DRIVE数据集是一个糖尿病病人眼底血管分割数据集。

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ODIR-5k

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
ODIR-5k	正常和7种疾病	分类	眼底彩色照片	5000		图片

ODIR-5K包括5000名患者的年龄，双眼的彩色眼底照片和医生的诊断关键词。该数据集是上工医疗技术有限公司从中国不同医院/医疗中心收集的“真实”患者信息。在这些机构中，眼底图像由市场上的各种相机捕获，例如Canon，Zeiss和Kowa，因此导致各种各样的图像分辨率。病人的识别信息会被移除。注释由经过培训的人类读者进行标记，并具有质量控制管理。患者分为8个标签，包括正常（N），糖尿病（D），青光眼（G），白内障（C），AMD（A），高血压（H），近视（M）和其他疾病/异常（O）。

FIRE 视网膜图像数据

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
FIRE 视网膜图像数据		分类	视网膜图像	129

FIRE 是一个视网膜眼底图像数据集，包含 129张 眼底视网膜图像，由不同特征组合成 134对 图像组合。这些图像组合根据特质被划分为3类。眼底图像由 Nidek AFC-210 眼底照相机采集，分辨率为2912x2912，视觉仰角为40度。图像由 Papageorgiou Hospital 医院和Aristotle University of Thessaloniki大学共同构建，由于Thessaloniki 大学采集自39名患者。. 数据包括以下几部分内容： 1.成对的视网膜图像。 2.彩色ROI掩模（作为二值图像）。 3.特征ROI掩模（作为二值图像）。 4.每个图像对应的标注点。

STARE

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
STARE	眼底血管	分割	眼底照片	400	照片	照片	无

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STructured Analysis of the Retina数据集包含400张眼底照片，作者团队对这些数据进行了多种诊断，并对部分数据的血管进行了标注

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CHASE_DB1

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
CHASE_DB1	眼底血管	分割	眼底照片	28	png	png	无

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Kinston大学公开的一个小规模眼底分割数据集，包含28张眼底照片及对应的分割标签。

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IDRiD

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
IDRiD	常见DR病灶、视盘、DR病变等级等	分类、检测、分割	眼底照片	*	tif/csv	jpg	CC BY 4.0

Indian Diabetic Retinopathy Image Dataset (IDRiD)

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前列腺

PANDA

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
PANDA	前列腺癌分级		镜检图片	10616张镜检	分类	tiff

MSD前列腺分割

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
MSD前列腺分割	前列腺中央腺体及外周区域	分割	多模态核磁	32(训练)+16(测试)			CC-BY-SA 4.0

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QIN-PROSTATE-Repeatability

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
QIN-PROSTATE-Repeatability	前列腺癌		MRI	15		dcm

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胰腺

MSD胰腺分割

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
MSD胰腺分割	胰腺肿瘤	分割	CT	282(训练)+139(验证)	0/1	nii	CC-BY-SA 4.0

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PDMR-833975-119-R

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
PDMR-833975-119-R	胰腺癌		MRI	20		dcm

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皮肤

SIIM-ISIC Melanoma Classification

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
SIIM-ISIC Melanoma Classification	皮肤癌病变类别	分类	皮肤镜	88.3K张图片	类别	dicom

目前最大的皮肤镜图像集合，用来在皮肤病变图像中之别黑色素瘤，图片以DICOM格式提供，同时包含图像元数据，有的图像也以JPEG和TFRecord格式提供，TFRecords格式的图像已被调整为统一的1024x1024

镜检

细胞

Data Science Bowl 18

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
Data Science Bowl 18	细胞核	分割		841张/37333个细胞核	0/1	图片

细胞核分割数据集

介绍论文： Nucleus segmentation across imaging experiments: the 2018 Data Science Bowl

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血细胞涂片分类

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
血细胞涂片分类	四种血细胞类型	分类	镜检	12500	-	图片

血细胞分类数据集包含12500张四种血细胞的照片。图片是从大的血细胞涂片照片上截下来的，数据集经过增广。图片都很小，训练时注意IO瓶颈。

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ISBI细胞跟踪

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
ISBI细胞跟踪	细胞像素级别位置	跟踪	镜检			图片

在镜检视频中像素级跟踪细胞位置

Aistudio下载 2D+Time Datasets

穿刺

BCNB乳腺癌穿刺活检

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
BCNB	乳腺癌肿瘤	分类		1058	excel	JPG Excel	Custom

Early Breast Cancer Core-Needle Biopsy WSI (BCNB) Dataset，早期乳腺癌患者的穿刺活检WSI。在早期乳腺癌患者的病理WSI中，标注了部分的肿瘤区域，并提供了一些临床信息（age, tumor size, tumor type, ER, PR, HER2, HER2 expression, histological grading, surgical, Ki67, molecular subtype, number of lymph node metastases, label）

骨骼

MURA-1.1

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
MURA-1.1	正常/非正常	分类	x-ray	40561

介绍论文： MURA: Large Dataset for Abnormality Detection in Musculoskeletal Radiographs

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RSNA Bone Age

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
RSNA Bone Age

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磁共振图像脊柱结构多类别三维自动分割

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
磁共振图像脊柱结构多类别三维自动分割	椎骨和椎间盘	分割	MRI T2WI	172	0/1	nii	Custom

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膝盖

MRNet

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
MRNet

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脊椎

Verse大规模脊椎分割数据集

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
VerSe	脊椎	分割					CC BY-SA 4.0

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VQA

PathVQA

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式
PathVQA			图片	4998图片/32799问答		图片

介绍论文： PathVQA: 30000+ Questions for Medical Visual Question Answering

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内窥镜

SARAS-MESAD

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
SARAS-MESAD	24种动作	静态背景动作识别	内窥镜	4(真实手术)+5(模拟手术)			CC BY-NC-SA 4.0

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SARAS-MESAD

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
SARAS-ESAD	21种手术动作	静态背景动作识别	内窥镜	22,601(训练)+4,574(测试)	图片	BB	CC BY-NC-SA

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数字病理

CAMELYON

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
CAMELYON16，17			镜检		图片	BB	CC0

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心电图

CAMELYON

名称	标注内容	类型	模态	数量	标签格式	文件格式	License
TUH EEG信号	癫痫类别	分类	心电图	发作数 2377	癫痫发作类别	edf	can be used for both research and commercialization purposes