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Medical Named Entity Recognition implement using bi-directional lstm and crf model with char embedding.CCKS2018中文电子病例命名实体识别项目,主要实现使用了基于字向量的四层双向LSTM与CRF模型的网络.该项目提供了原始训练数据样本(一般项目,出院情况,病史情况,病史特点,诊疗经过)与转换版本,训练脚本,预训练模型,可用于序列标注研究.把玩和PK使用.
项目地址:https://github.com/liuhuanyong/MedicalNamedEntityRecognition
项目介绍
电子病历结构化是让计算机理解病历、应用病历的基础。基于对病历的结构化,可以计算出症状、疾病、药品、检查检验等多个知识点之间的关系及其概率,构建医疗领域的知识图谱,进一步优化医生的工作.
CCKS2018的电子病历命名实体识别的评测任务,是对于给定的一组电子病历纯文本文档,识别并抽取出其中与医学临床相关的实体,并将它们归类到预先定义好的类别中。组委会针对这个评测任务,提供了600份标注好的电子病历文本,共需识别含解剖部位、独立症状、症状描述、手术和药物五类实体。
领域命名实体识别问题自然语言处理中经典的序列标注问题, 本项目是运用深度学习方法进行命名实体识别的一个尝试.
实验数据
一, 目标序列标记集合
O非实体部分,TREATMENT治疗方式, BODY身体部位, SIGN疾病症状, CHECK医学检查, DISEASE疾病实体,
二, 序列标记方法
采用BIO三元标记
self.class_dict ={
'O':0,
'TREATMENT-I': 1,
'TREATMENT-B': 2,
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