（化学信息学软件测评）分析专利好方便！鼠标悬停就显示化学名称的结构图！

一、化学家的痛苦：人脑真不能直接把化学名称转成结构图

作为一名的药物化学家，我最近被“锁”在电脑前阅读PI3K小分子新药专利，进实验室挥斥方遒的时间少了。

因为公司在进行PI3K某亚型抑制剂新药立项，我进行Patent busting和论文汇总，力求避开同行的专利护城河，并充分借鉴公开研究成果，快速设计出一系列有专利空间、有成药性的新化学结构。

众所周知，这些年，专利和论文都呈现爆发式增长，所以药物化学家的任务很艰巨，阅读专利时，经常有这样一个刻骨铭心的痛点：

很多专利的可读性很差，常常只显示化学名称，不显示结构图，化学家无法快速把化学名称，转成能人脑能理解的化学结构图；只好一个个把名称复制出来，再粘贴到InDraw或ChemDraw中，进行名称转结构图。

3-(4-(((2-((adamantan-1-ylamino)methyl)thiazol-4-yl)methyl)thio)-1-oxoisoindolin-2-yl)piperidine-2,6-dione

图1. 英文名称转结构式。药物化学所指的“名称”，可不简单！需要专业转换工具软件。动图演示操作过程；静图展示转换结果。

让人绝望的是，绝大多数情况下，这些专利的PDF文件，都是图片格式的，导致这些化学名称无法直接复制，只能一个个打字打出来，再粘贴到InDraw或ChemDraw中转结构式图，几百个结构都要这么做的话，会非常痛苦！这样导致阅读专利的效率极低，让化学家们直接抓狂！！！

当遇到中文名称时，化学家们直接就傻眼了，只好把邢其毅老师有机化学课本中IUPAC（国际纯粹与应用化学联合会标准）命名章节拿出来温习；花一天时间熟练后，根据中文名称、连接关系，一笔一画，手动绘制结构式……一晃，一个结构式花了20分钟，一埋头，3个小时（180分钟），只画了10来个分子的结构，连一篇专利都结束不了！还不容易检查正确性。当然，幸好后来InDraw软件支持中文名称转结构式，可以大大降低门槛、加快速度，但还是得逐个转换，工作量也同样巨大。

2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-氟异吲哚

图2. 中文名称转结构式。动图演示操作过程；静图展示转换结果。

化学家们做梦都想要的工具是，鼠标悬停到化学名称的时候，这个结构图直接显示出来。

真的能实现鼠标悬停到化学名称的时候，这个结构图真的显示出！！！亲测有效！

它是InPaper！

下面让我来为大家介绍一下！

二、什么是InPaper？

InPaper是一种文献结构化系统。目前是基于AI的专利/论文数据挖掘工具，旨在帮助化学、生物、材料等科学家们快速分析文献，实现从名称获取结构图、批量导出结构的 SMILES/Mol 文件、直接复制列表数据、组装构效关系等功能；用户能对多篇文献进行全文搜索、结构式搜索，能建立一个可搜索的文献数据库。

我遇到的希望化合物名称，鼠标悬停直接转结构图，InPaper就能实现！不仅支持英文名称直接转结构图，居然还支持中文名称直接转结构图，这可是世界级难题啊！！！

我试用了一番，结果图片如下：

图3.  

InPaper左侧栏：专利PDF原文标注，鼠标悬停就显示化学名称的结构图。

InPaper右侧栏：批量从专利中识别全部英文化学名称，并自动生成结构图、SMILES。

SMILES: Simplified molecular input line entry system，即简化分子线性输入规范，是一种用ASCII字符串明确描述分子结构的规范，从1980年代开始应用。

图4.  InPaper批量从专利中识别到的中文化学名称，及自动转换得到的结构。

无论一个化学名是英文还是中文，是在标题、摘要、介绍、方法、材料，还是表格或参考文献，InPaper都找出来了。神奇的是，直接转为结构图，而且可以批量导出图片和SMILES！而在InDraw for Excel中，可以直接将批量的SMILES，在Excel中转为结构图！如下图。

动图演示：InDraw For EXCEL进行批量SMILES转结构.gif

当然，InPaper还有其他多种功能，由于篇幅有限，笔者将会放在后面几期详细介绍。本文只贴几个功能图片，让大家一睹为快。

图5， InPaper批量从专利中识别到的化学结构式，并自动生成SMILES和中文IUPAC名称。

图6. InPaper批量从专利中识别化学反应式。

图7， InPaper批量从专利中识别和组装构效关系表（SAR）。

图8， InPaper批量从专利中识别其他重要数据表。

图9， InPaper批量转换名称/结构式/SMILES/Mol，计算理化性质。

三、总结：InPaper是药物化学家最想要的一款软件

如上所述，为了新药研发，药物化学家必须仔细研究大量专利。

海量的化合物名称和结构，成为药化学家的时间杀手。

对于药物化学家而言，此类工作难度不大，只是数量令人头疼；符合自动化大趋势。

因此，笔者断定InPaper是药物化学家最想要的专利处理软件。

四、使用方法

读者朋友们可以阅读上述“Integle鹰谷”原文《智能批量采集专利和期刊论文中的化学结构、生物活性和SAR数据，InPaper成功上线，限时免费试用！》。

笔者的试用体会（补充）：

虽然InPaper原始识别结果中还有个别的错误，但是可以通过“关注（相当于另存）”和修改，再导出准确的表格，快速完成专利识别整理工作。我打85分。

InPaper可以缩短“情报到产出”的路径，加快研发速度，带来倍增价值。

最后，祝大家得偿所愿！谢谢关注！

完