27 个Python数据科学库实战案例 (附代码)_库里python代码

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OpenCV

3、Scikit-image

scikit-image是基于scipy的图像处理库,它将图片作为numpy数组进行处理。例如,可以利用scikit-image改变图片比例,scikit-image提供了rescale、resize以及downscale_local_mean等函数。

from skimage import data, color, iofrom skimage.transform import rescale, resize, downscale_local_mean
image = color.rgb2gray(io.imread('h89817032p0.png'))
image_rescaled = rescale(image, 0.25, anti_aliasing=False)image_resized = resize(image, (image.shape[0] // 4, image.shape[1] // 4),                       anti_aliasing=True)image_downscaled = downscale_local_mean(image, (4, 3))plt.figure(figsize=(20,20))plt.subplot(221),plt.imshow(image, cmap='gray'),plt.title('Original')plt.xticks([]), plt.yticks([])plt.subplot(222),plt.imshow(image_rescaled, cmap='gray'),plt.title('Rescaled')plt.xticks([]), plt.yticks([])plt.subplot(223),plt.imshow(image_resized, cmap='gray'),plt.title('Resized')plt.xticks([]), plt.yticks([])plt.subplot(224),plt.imshow(image_downscaled, cmap='gray'),plt.title('Downscaled')plt.xticks([]), plt.yticks([])plt.show()

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Scikit-image

4、PIL

Python Imaging Library(PIL) 已经成为 Python 事实上的图像处理标准库了,这是由于,PIL 功能非常强大,但API却非常简单易用。但是由于PIL仅支持到 Python 2.7,再加上年久失修,于是一群志愿者在 PIL 的基础上创建了兼容的版本,名字叫 Pillow,支持最新 Python 3.x,又加入了许多新特性,因此,我们可以跳过 PIL,直接安装使用 Pillow。

5、Pillow

使用 Pillow 生成字母验证码图片:

from PIL import Image, ImageDraw, ImageFont, ImageFilter
import random
# 随机字母:def rndChar():    return chr(random.randint(65, 90))
# 随机颜色1:def rndColor():    return (random.randint(64, 255), random.randint(64, 255), random.randint(64, 255))
# 随机颜色2:def rndColor2():    return (random.randint(32, 127), random.randint(32, 127), random.randint(32, 127))
# 240 x 60:width = 60 * 6height = 60 * 6image = Image.new('RGB', (width, height), (255, 255, 255))# 创建Font对象:font = ImageFont.truetype('/usr/share/fonts/wps-office/simhei.ttf', 60)# 创建Draw对象:draw = ImageDraw.Draw(image)# 填充每个像素:for x in range(width):    for y in range(height):        draw.point((x, y), fill=rndColor())# 输出文字:for t in range(6):    draw.text((60 * t + 10, 150), rndChar(), font=font, fill=rndColor2())# 模糊:image = image.filter(ImageFilter.BLUR)image.save('code.jpg', 'jpeg')

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验证码

6、SimpleCV

SimpleCV 是一个用于构建计算机视觉应用程序的开源框架。使用它,可以访问高性能的计算机视觉库,如 OpenCV,而不必首先了解位深度、文件格式、颜色空间、缓冲区管理、特征值或矩阵等术语。但其对于 Python3 的支持很差很差,在 Python3.7 中使用如下代码:

from SimpleCV import Image, Color, Display# load an image from imgurimg = Image('http://i.imgur.com/lfAeZ4n.png')# use a keypoint detector to find areas of interestfeats = img.findKeypoints()# draw the list of keypointsfeats.draw(color=Color.RED)# show the  resulting image. img.show()# apply the stuff we found to the image.output = img.applyLayers()# save the results.output.save('juniperfeats.png')

会报如下错误,因此不建议在 Python3 中使用:

SyntaxError: Missing parentheses in call to 'print'. Did you mean print('unit test')?

7、Mahotas

Mahotas 是一个快速计算机视觉算法库,其构建在 Numpy 之上,目前拥有超过100种图像处理和计算机视觉功能,并在不断增长。使用 Mahotas 加载图像,并对像素进行操作:

import numpy as npimport mahotasimport mahotas.demos
from mahotas.thresholding import soft_thresholdfrom matplotlib import pyplot as pltfrom os import pathf = mahotas.demos.load('lena', as_grey=True)f = f[128:,128:]plt.gray()# Show the data:print("Fraction of zeros in original image: {0}".format(np.mean(f==0)))plt.imshow(f)plt.show()

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Mahotas

8、Ilastik

Ilastik 能够给用户提供良好的基于机器学习的生物信息图像分析服务,利用机器学习算法,轻松地分割,分类,跟踪和计数细胞或其他实验数据。大多数操作都是交互式的,并不需要机器学习专业知识。

9、Scikit-Learn

Scikit-learn 是针对 Python 编程语言的免费软件机器学习库。它具有各种分类,回归和聚类算法,包括支持向量机,随机森林,梯度提升,k均值和 DBSCAN 等多种机器学习算法。使用Scikit-learn实现KMeans算法:

import time
import numpy as npimport matplotlib.pyplot as plt
from sklearn.cluster import MiniBatchKMeans, KMeansfrom sklearn.metrics.pairwise import pairwise_distances_argminfrom sklearn.datasets import make_blobs
# Generate sample datanp.random.seed(0)
batch_size = 45centers = [[1, 1], [-1, -1], [1, -1]]n_clusters = len(centers)X, labels_true = make_blobs(n_samples=3000, centers=centers, cluster_std=0.7)
# Compute clustering with Means
k_means = KMeans(init='k-means++', n_clusters=3, n_init=10)t0 = time.time()k_means.fit(X)t_batch = time.time() - t0
# Compute clustering with MiniBatchKMeans
mbk = MiniBatchKMeans(init='k-means++', n_clusters=3, batch_size=batch_size,                      n_init=10, max_no_improvement=10, verbose=0)t0 = time.time()mbk.fit(X)t_mini_batch = time.time() - t0
# Plot resultfig = plt.figure(figsize=(8, 3))fig.subplots_adjust(left=0.02, right=0.98, bottom=0.05, top=0.9)colors = ['#4EACC5', '#FF9C34', '#4E9A06']
# We want to have the same colors for the same cluster from the# MiniBatchKMeans and the KMeans algorithm. Let's pair the cluster centers per# closest one.k_means_cluster_centers = k_means.cluster_centers_order = pairwise_distances_argmin(k_means.cluster_centers_,                                  mbk.cluster_centers_)mbk_means_cluster_centers = mbk.cluster_centers_[order]
k_means_labels = pairwise_distances_argmin(X, k_means_cluster_centers)mbk_means_labels = pairwise_distances_argmin(X, mbk_means_cluster_centers)
# KMeansfor k, col in zip(range(n_clusters), colors):    my_members = k_means_labels == k    cluster_center = k_means_cluster_centers[k]    plt.plot(X[my_members, 0], X[my_members, 1], 'w',            markerfacecolor=col, marker='.')    plt.plot(cluster_center[0], cluster_center[1], 'o', markerfacecolor=col,            markeredgecolor='k', markersize=6)plt.title('KMeans')plt.xticks(())plt.yticks(())
plt.show()

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KMeans

10、SciPy

SciPy 库提供了许多用户友好和高效的数值计算,如数值积分、插值、优化、线性代数等。SciPy 库定义了许多数学物理的特殊函数,包括椭圆函数、贝塞尔函数、伽马函数、贝塔函数、超几何函数、抛物线圆柱函数等等。

from scipy import specialimport matplotlib.pyplot as pltimport numpy as np
def drumhead_height(n, k, distance, angle, t):    kth_zero = special.jn_zeros(n, k)[-1]    return np.cos(t) * np.cos(n*angle) * special.jn(n, distance*kth_zero)
theta = np.r_[0:2*np.pi:50j]radius = np.r_[0:1:50j]x = np.array([r * np.cos(theta) for r in radius])y = np.array([r * np.sin(theta) for r in radius])z = np.array([drumhead_height(1, 1, r, theta, 0.5) for r in radius])

fig = plt.figure()ax = fig.add_axes(rect=(0, 0.05, 0.95, 0.95), projection='3d')ax.plot_surface(x, y, z, rstride=1, cstride=1, cmap='RdBu_r', vmin=-0.5, vmax=0.5)ax.set_xlabel('X')ax.set_ylabel('Y')ax.set_xticks(np.arange(-1, 1.1, 0.5))ax.set_yticks(np.arange(-1, 1.1, 0.5))ax.set_zlabel('Z')plt.show()

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SciPy

11、NLTK

NLTK 是构建Python程序以处理自然语言的库。它为50多个语料库和词汇资源(如 WordNet )提供了易于使用的接口,以及一套用于分类、分词、词干、标记、解析和语义推理的文本处理库、工业级自然语言处理 (Natural Language Processing, NLP) 库的包装器。NLTK被称为 “a wonderful tool for teaching, and working in, computational linguistics using Python”。

import nltkfrom nltk.corpus import treebank
# 首次使用需要下载nltk.download('punkt')nltk.download('averaged_perceptron_tagger')nltk.download('maxent_ne_chunker')nltk.download('words')nltk.download('treebank')
sentence = """At eight o'clock on Thursday morning Arthur didn't feel very good."""# Tokenizetokens = nltk.word_tokenize(sentence)tagged = nltk.pos_tag(tokens)
# Identify named entitiesentities = nltk.chunk.ne_chunk(tagged)
# Display a parse treet = treebank.parsed_sents('wsj_0001.mrg')[0]t.draw()

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NLTK

12、spaCy

spaCy 是一个免费的开源库,用于 Python 中的高级 NLP。它可以用于构建处理大量文本的应用程序;也可以用来构建信息提取或自然语言理解系统,或者对文本进行预处理以进行深度学习。

import spacy
  texts = [
      "Net income was $9.4 million compared to the prior year of $2.7 million.",
      "Revenue exceeded twelve billion dollars, with a loss of $1b.",
  ]
  nlp = spacy.load("en_core_web_sm")
  for doc in nlp.pipe(texts, disable=["tok2vec", "tagger", "parser", "attribute_ruler", "lemmatizer"]):
      # Do something with the doc here
      print([(ent.text, ent.label_) for ent in doc.ents])

nlp.pipe 生成 Doc 对象,因此我们可以对它们进行迭代并访问命名实体预测:

[('$9.4 million', 'MONEY'), ('the prior year', 'DATE'), ('$2.7 million', 'MONEY')][('twelve billion dollars', 'MONEY'), ('1b', 'MONEY')]

13、LibROSA

librosa 是一个用于音乐和音频分析的 Python 库,它提供了创建音乐信息检索系统所必需的功能和函数。

# Beat tracking exampleimport librosa
# 1. Get the file path to an included audio examplefilename = librosa.example('nutcracker')
# 2. Load the audio as a waveform `y`#    Store the sampling rate as `sr`y, sr = librosa.load(filename)
# 3. Run the default beat trackertempo, beat_frames = librosa.beat.beat_track(y=y, sr=sr)print('Estimated tempo: {:.2f} beats per minute'.format(tempo))
# 4. Convert the frame indices of beat events into timestampsbeat_times = librosa.frames_to_time(beat_frames, sr=sr)

14、Pandas

Pandas 是一个快速、强大、灵活且易于使用的开源数据分析和操作工具, Pandas 可以从各种文件格式比如 CSV、JSON、SQL、Microsoft Excel 导入数据,可以对各种数据进行运算操作,比如归并、再成形、选择,还有数据清洗和数据加工特征。Pandas 广泛应用在学术、金融、统计学等各个数据分析领域。

import matplotlib.pyplot as pltimport pandas as pdimport numpy as np
ts = pd.Series(np.random.randn(1000), index=pd.date_range("1/1/2000", periods=1000))ts = ts.cumsum()
df = pd.DataFrame(np.random.randn(1000, 4), index=ts.index, columns=list("ABCD"))df = df.cumsum()df.plot()plt.show()

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Pandas

15、Matplotlib

Matplotlib 是Python的绘图库,它提供了一整套和 matlab 相似的命令 API,可以生成出版质量级别的精美图形,Matplotlib 使绘图变得非常简单,在易用性和性能间取得了优异的平衡。使用 Matplotlib 绘制多曲线图:

# plot_multi_curve.pyimport numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltx = np.linspace(0.1, 2 * np.pi, 100)y_1 = xy_2 = np.square(x)y_3 = np.log(x)y_4 = np.sin(x)plt.plot(x,y_1)plt.plot(x,y_2)plt.plot(x,y_3)plt.plot(x,y_4)plt.show()

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Matplotlib

16、Seaborn

Seaborn 是在 Matplotlib 的基础上进行了更高级的API封装的Python数据可视化库,从而使得作图更加容易,应该把 Seaborn 视为 Matplotlib 的补充,而不是替代物。

import seaborn as snsimport matplotlib.pyplot as pltsns.set_theme(style="ticks")
df = sns.load_dataset("penguins")sns.pairplot(df, hue="species")plt.show()

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seaborn

17、Orange

Orange 是一个开源的数据挖掘和机器学习软件,提供了一系列的数据探索、可视化、预处理以及建模组件。Orange 拥有漂亮直观的交互式用户界面,非常适合新手进行探索性数据分析和可视化展示;同时高级用户也可以将其作为 Python 的一个编程模块进行数据操作和组件开发。使用 pip 即可安装 Orange,好评~

$ pip install orange3

安装完成后,在命令行输入 orange-canvas 命令即可启动 Orange 图形界面:

$ orange-canvas

启动完成后,即可看到 Orange 图形界面,进行各种操作。

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Orange

18、PyBrain

PyBrain 是 Python 的模块化机器学习库。它的目标是为机器学习任务和各种预定义的环境提供灵活、易于使用且强大的算法来测试和比较算法。PyBrain 是 Python-Based Reinforcement Learning, Artificial Intelligence and Neural Network Library 的缩写。我们将利用一个简单的例子来展示 PyBrain 的用法,构建一个多层感知器 (Multi Layer Perceptron, MLP)。首先,我们创建一个新的前馈网络对象:

from pybrain.structure import FeedForwardNetworkn = FeedForwardNetwork()

接下来,构建输入、隐藏和输出层:

from pybrain.structure import LinearLayer, SigmoidLayer
inLayer = LinearLayer(2)hiddenLayer = SigmoidLayer(3)outLayer = LinearLayer(1)

为了使用所构建的层,必须将它们添加到网络中:

n.addInputModule(inLayer)n.addModule(hiddenLayer)n.addOutputModule(outLayer)

可以添加多个输入和输出模块。为了向前计算和反向误差传播,网络必须知道哪些层是输入、哪些层是输出。这就需要明确确定它们应该如何连接。为此,我们使用最常见的连接类型,全连接层,由 FullConnection 类实现:​​​​​​​

from pybrain.structure import FullConnectionin_to_hidden = FullConnection(inLayer, hiddenLayer)hidden_to_out = FullConnection(hiddenLayer, outLayer)

与层一样,我们必须明确地将它们添加到网络中:

n.addConnection(in_to_hidden)n.addConnection(hidden_to_out)

所有元素现在都已准备就位,最后,我们需要调用.sortModules()方法使MLP可用:

n.sortModules()

这个调用会执行一些内部初始化,这在使用网络之前是必要的。

19、Milk

MILK(MACHINE LEARNING TOOLKIT) 是 Python 语言的机器学习工具包。它主要是包含许多分类器比如 SVMS、K-NN、随机森林以及决策树中使用监督分类法,它还可执行特征选择,可以形成不同的例如无监督学习、密切关系传播和由 MILK 支持的 K-means 聚类等分类系统。使用 MILK 训练一个分类器:

import numpy as npimport milkfeatures = np.random.rand(100,10)labels = np.zeros(100)features[50:] += .5labels[50:] = 1learner = milk.defaultclassifier()model = learner.train(features, labels)
# Now you can use the model on new examples:example = np.random.rand(10)print(model.apply(example))example2 = np.random.rand(10)example2 += .5print(model.apply(example2))

20、TensorFlow

TensorFlow 是一个端到端开源机器学习平台。它拥有一个全面而灵活的生态系统,一般可以将其分为 TensorFlow1.x 和 TensorFlow2.x,TensorFlow1.x 与 TensorFlow2.x 的主要区别在于 TF1.x 使用静态图而 TF2.x 使用Eager Mode动态图。这里主要使用TensorFlow2.x作为示例,展示在 TensorFlow2.x 中构建卷积神经网络 (Convolutional Neural Network, CNN)。

import tensorflow as tf
from tensorflow.keras import datasets, layers, models
# 数据加载(train_images, train_labels), (test_images, test_labels) = datasets.cifar10.load_data()
# 数据预处理train_images, test_images = train_images / 255.0, test_images / 255.0
# 模型构建model = models.Sequential()model.add(layers.Conv2D(32, (3, 3), activation='relu', input_shape=(32, 32, 3)))model.add(layers.MaxPooling2D((2, 2)))model.add(layers.Conv2D(64, (3, 3), activation='relu'))model.add(layers.MaxPooling2D((2, 2)))model.add(layers.Conv2D(64, (3, 3), activation='relu'))model.add(layers.Flatten())model.add(layers.Dense(64, activation='relu'))model.add(layers.Dense(10))
# 模型编译与训练model.compile(optimizer='adam',              loss=tf.keras.losses.SparseCategoricalCrossentropy(from_logits=True),              metrics=['accuracy'])history = model.fit(train_images, train_labels, epochs=10,                     validation_data=(test_images, test_labels))

21、PyTorch

PyTorch 的前身是 Torch,其底层和 Torch 框架一样,但是使用 Python 重新写了很多内容,不仅更加灵活,支持动态图,而且提供了 Python 接口。

# 导入库import torchfrom torch import nnfrom torch.utils.data import DataLoaderfrom torchvision import datasetsfrom torchvision.transforms import ToTensor, Lambda, Composeimport matplotlib.pyplot as plt
# 模型构建device = "cuda" if torch.cuda.is_available() else "cpu"print("Using {} device".format(device))
# Define modelclass NeuralNetwork(nn.Module):    def __init__(self):        super(NeuralNetwork, self).__init__()        self.flatten = nn.Flatten()        self.linear_relu_stack = nn.Sequential(            nn.Linear(28*28, 512),            nn.ReLU(),            nn.Linear(512, 512),            nn.ReLU(),            nn.Linear(512, 10),            nn.ReLU()        )
    def forward(self, x):        x = self.flatten(x)        logits = self.linear_relu_stack(x)        return logits
model = NeuralNetwork().to(device)
# 损失函数和优化器loss_fn = nn.CrossEntropyLoss()optimizer = torch.optim.SGD(model.parameters(), lr=1e-3)
# 模型训练def train(dataloader, model, loss_fn, optimizer):    size = len(dataloader.dataset)    for batch, (X, y) in enumerate(dataloader):        X, y = X.to(device), y.to(device)
        # Compute prediction error        pred = model(X)        loss = loss_fn(pred, y)
        # Backpropagation        optimizer.zero_grad()        loss.backward()        optimizer.step()
        if batch % 100 == 0:            loss, current = loss.item(), batch * len(X)            print(f"loss: {loss:>7f}  [{current:>5d}/{size:>5d}]")

22、Theano

Theano 是一个 Python 库,它允许定义、优化和有效地计算涉及多维数组的数学表达式,建在 NumPy 之上。在 Theano 中实现计算雅可比矩阵:

import theanoimport theano.tensor as Tx = T.dvector('x')y = x ** 2J, updates = theano.scan(lambda i, y,x : T.grad(y[i], x), sequences=T.arange(y.shape[0]), non_sequences=[y,x])f = theano.function([x], J, updates=updates)f([4, 4])

23、Keras

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