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RSS订阅原创 分子动力学模拟（MD）Amber无脑教程，复制粘贴即可使用
作为刚接触分子动力学（Molecular Dynamics，简称MD）的纯纯小白，我真的被这套流程"虐"到怀疑人生😭相信很多和我一样的新手，都会被同一系列难题卡壳：PyMOL是啥？Amber又是啥？为啥还要上什么云服务器？命令行里那些天书一样的代码到底在说什么？我明明只是想看看蛋白和小分子结合后动起来的样子，为什么要经历这么多"磨难"！熬过整整N天的踩坑、试错、查遍全网、对着黑乎乎的终端发呆，我终于整理出一套。
2026-04-01 22:32:07
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原创 caver蛋白质通道结构分析，网页版超简单教程
CAVER3.0是一款分析蛋白质通道的在线工具，适合新手快速上手。本文详细介绍了CAVER Web版的使用流程：从输入PDB编号开始，到选择活性位点作为通道起点，设置关键参数（建议新手使用默认值），再到分析计算结果并导出可视化数据。重点说明了如何解读通道瓶颈半径、长度等关键指标，以及常见的计算失败原因和解决方法。最后提供了PyMOL数据导出和论文引用等实用技巧。整个操作无需安装软件，通过浏览器即可完成蛋白质通道分析，是初学者研究蛋白质结构的便捷工具。
2026-03-31 11:40:38
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原创 PrankWeb 蛋白质配体结合位点预测，超简单使用教程
PrankWeb是一个基于P2Rank算法的免费在线工具，用于预测蛋白质配体结合位点。用户可通过PDB编号、上传本地文件或UniProt ID三种方式提交蛋白质结构，系统将预测潜在结合口袋并可视化3D结构。该工具提供序列视图、3D结构视图和口袋信息面板，支持多种着色方式和结果导出，无需安装软件。其预测准确性优于同类工具，且完全免费开放商用。建议新手从示例PDB代码3AD5开始体验，勾选保守性分析可获得更准确结果。
2026-03-30 22:52:02
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原创 AlphaFold蛋白建模，0基础使用教程
⚠️ 重点提醒：新注册的账号有概率被封号，我就中招了！别慌，直接用下面这个申诉模板发邮件，基本两天内就能解封：
2026-03-29 22:16:14
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原创 modeller蛋白同源建模最简单教程，复制粘贴即可使用
Modeller同源建模小白入门指南 本文为Modeller初学者提供了完整的同源建模解决方案。首先详细介绍了软件安装过程，包括Windows版本选择和许可证密钥获取。针对新手常见问题，作者整理了一套"一键式"建模流程，只需准备5个基本文件： template.pdb（模板文件） target.ali（目标序列） 01_align2d.py（比对脚本） 02_model.py（建模脚本） run_all.bat（执行批处理） 教程包含两种建模方式：使用本地模板文件和直接从PDB数据库下载
2026-03-29 12:15:59
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空空如也
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