如何将cow的plink文件的二进制文件格式转化为普通格式？

首先 plink的二进制格式文件有三种：分别是.bed➕ .fam➕.bim

普通格式为： .map ➕.ped

 这些不同后缀的文件具体包含的信息我就不写了 大家可以看看别的帖子。

首先打开将plink在Git bash中运行，然后将需要转化的二进制文件和plink放在同一个文件夹中，以备plink识别。然后输入命令：

plink --cow --allow-extra-chr --bfile x（这个就是文件的名字，三个二进制文件必须命名为同一个名字） --recode --out x1（注意不能和前面二进制的文件名字相同）

举个例子吧

这里面我的二进制文件是ccx   输出的为ccx1

对了--allow-extra-chr 这个命令一般在染色体多余23以及有特殊染色体存在的时候使用！如果不用这个命令就会报错。给你们看看报错的样子你们就明白啦！

 看看 invalid chromosome，但是输入上面的命令就会成功啦！祝你们都能一次成功，谢谢。😄