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RSS订阅原创 基因家族扩张收缩分析
里面的信息是鉴定出的各物种的基因家族数量，这个还可以导入R里去绘制一个Upset的plot。在利用这个tsv前，我们需要对其进行一些筛选，因为做基因家族的扩张收缩分析使用的软件是CAFE5，对于某些基因家族，如果和其它基因家族之间的数量差距过大，会导致该软件报错，因此需要对过于大的基因家族数量进行过滤，我这里使用的是笨方法，直接对过大的过滤。还需要准备一个文件就是带分化时间的进化树，这个详情请看我的另一个推文，使用前需要稍微处理一下，过滤一下不需要的信息。实际的数量可以根据你的基因家族数量来设定。
2025-10-15 11:12:04
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原创 利用Orthofinder构建系统发育进化树
新建一个文件夹Angiospermae，在里面准备好需要分析物种的蛋白序列，然后运行orthofinder -t 16 -f Angiospermae/ -S blast，这里建议在分析的蛋白序列做一个可辨识的ID重命名，方便后续的分析。最终得到all.fa，作为下一步的输入，此时的all.fa的命名是乱的，我们需要把每个物种的序列都进行标准的命名，这就是开头建议的原因，如果开头不重命名，在该步骤就会很麻烦。得到的结果导入Figtree可视化即可。然后就可以利用raxml构建进化树。接着预测最佳蛋白模型。
2025-10-15 11:00:00
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原创 构建带分化时间的系统发育进化树
通过该步骤能得到all.fa.raxml.support文件，这是一个无根树，需要导出到iTOL网站修改为有根树，将构建物种树最长的分支作为根分支，并忽略分支长度，导出。1:seq like;这里面有个坑，带分化时间的插入一定确保要正确，在最后得到结果后可以通过看你自行插入的分化时间是否正确，如果不正确，需要重新run。这里的all.phy是通过一个python脚本转换的，详情见Orthofinder的推文。18代表了物种数，1固定不变，在第二行的树信息中添加了确定的物种分化时间。
2025-10-15 10:48:35
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空空如也
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