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转载 RMSD和RMSF

(Xi(tj)-xi)就是t时刻某个原子的位置减去初始时刻它的位置(也是位置偏移量),然后取所有时刻(可以理解为50w个2fs)的偏移量的平方和,然后对时间T取平均,然后开方,就是这个原子在时间T内,相对于初始时刻的RMSF。δi就是某一帧的第i个原子的位置减去参考构象中它的位置(位置偏移量),然后取所有原子的偏移量的平方和,然后对原子数N取平均,然后开方,就是这一帧结构相对于参考构象的RMSD。在轨迹分析中,最经常用,最简单,也最有用的就是这两巨头,二者都是对位移的平方和再求平方根,最后求得均值。

2023-03-12 23:06:39 1269

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