Andren112的博客

转载 RMSD和RMSF

（Xi(tj)-xi）就是t时刻某个原子的位置减去初始时刻它的位置（也是位置偏移量），然后取所有时刻（可以理解为50w个2fs）的偏移量的平方和，然后对时间T取平均，然后开方，就是这个原子在时间T内，相对于初始时刻的RMSF。δi就是某一帧的第i个原子的位置减去参考构象中它的位置（位置偏移量），然后取所有原子的偏移量的平方和，然后对原子数N取平均，然后开方，就是这一帧结构相对于参考构象的RMSD。在轨迹分析中，最经常用，最简单，也最有用的就是这两巨头，二者都是对位移的平方和再求平方根，最后求得均值。