我的第一个生物基因软件

最新推荐文章于 2024-04-24 13:58:37 发布
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分类专栏： 数据库 La base de données webservice and ontology Java 文章标签： 生物 搜索引擎 java 语言 网络
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本文链接：https://blog.csdn.net/BuddyLampson/article/details/2329005
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第一次开发类似于生物化学的程序，基于网络服务，使用JAVA语言编写，昨天总算初步完成，我在国内看类似的东西好像不多，我贴几个我程序图片，欢迎同行点评。

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BuddyLampson
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专栏目录
Gen3D:用于构建3D基因组和染色体结构模型的工具-开源
04-29
Gen3D是旨在确定三维基因组和染色体模型的应用程序。 它使用染色体接触数据来构建三维构象。 该方法可以生成满足大部分染色体接触的三维染色体模型。 该软件由美国密苏里大学计算机科学系的程健林教授的生物信息学，数据挖掘和机器学习实验室开发。 该项目得到了美国国家科学基金会（授权号：DBI1149224）的支持。 如果您在研究中使用Gen3D，请引用：Nowotny，Jackson，Sharif Ahmed，Lingfei Xu，Oluwatosin Oluwadare，Hannah Chen，Noelan Hensley，Tuan Trieu，Cenzhi Cao和Jianlin Cheng。 “从染色体接触数据迭代重建人类染色体的三维模型。” BMC生物信息学16，第。 1（2015）：338。
DNAcompact:有/无参考基因组压缩算法（Linux/Windows）-开源
06-30
随着获取基因组序列技术的进步，大型基因组数据的存储和数据传输正成为生物医学研究人员关注的重要问题。 我们提出了一种两遍基因组压缩算法，该算法突出了互补上下文模型的合成和逻辑回归混合方法的引入，以提高压缩性能。 所提出的框架处理有和没有参考序列的基因组压缩，并证明了优于现有最佳算法的性能优势。 所提出的没有参考的方法导致细菌和酵母每个碱基的比特率分别为 1.720 和 1.838 位，这比最先进的算法高出大约 3.7% 和 2.6%。 关于性能参考，我们在第一个韩国个人基因组序列数据集上进行了测试，所提出的方法展示了 189 倍的压缩率，将原始文件大小从 2986.8 MB 减少到 15.8 MB。
常用生物数据分析软件
08-04
第 1 章 Unix/Linux操作系统介绍...........................................................................................................1 1.1 远程登陆...................................................................................................................................1 1.2 文件的复制、删除和移动命令................................................................................................7 1.3 目录的创建、删除及更改目录命令........................................................................................9 1.4 文本查看命令.........................................................................................................................11 1.5 文本处理命令.........................................................................................................................13 1.6 改变文件或目录的权限命令..................................................................................................16 1.7 备份与压缩命令.....................................................................................................................18 1.8 磁盘及系统管理.....................................................................................................................20 1.9 软件安装简介.........................................................................................................................22 1.10 其他......................................................................................................................................23 第2 章 数据的基本处理........................................................................................................................25 2.1 测序原理介绍..........................................................................................................................25 2.2 峰图转化 Phred ......................................................................................................................27 2.3 Phd2Fasta ...............................................................................................................................32 2.4 载体屏蔽 cross_match ........
BANNs:使用生物注释神经网络（BANN）的代码和仿真
05-25
生物注释神经网络（BANN） BANN是一类前馈贝叶斯模型，具有部分连接的体系结构，这些体系结构由预定义的SNP集注释指导。 安装和依赖项 我们使用三种不同的软件包来实现BANN。 前两个分别使用Tensorflow和numpy在Python中实现。 第三个版本在R中实现。可以在相应子目录的README中找到安装和运行BANN软件的每个版本所需的依赖关系和要求。 可以在“ BANN”目录中找到最优化的代码版本。 教程和范例 对于软件的每个版本，我们还提供示例代码和玩具数据集，以说明如何使用BANN和进行多尺度基因组推断。 背景 BANN框架仅需要个体水平的基因型/表型数据和SNP集注释的预定义列表（请参见下面的第一个示意图）。 这将转换为该软件的以下输入： X ：大小为N×P的基因型矩阵，其中N为个体数，P为SNP数。 y ：N行的表型文件，其中N是个体数，每行存储连续的表型值。
PRSice:PRSice（发音为“precise”）是一个用于计算、应用、评估和绘制多基因风险评分结果的软件包
06-23
PRSice：多基因风险评分软件 PRSice（发音为“precise”）用于计算、应用、评估和绘制多基因风险评分结果的软件包 出版： 软件： PRSice 版本： 1.2作者： - 杰克尤斯登 - Cathryn M. Lewis - Paul F. O'Reilly 网站： : 总结：多基因风险评分 (PRS) 是跨多个遗传位点的性状相关等位基因的总和，通常由全基因组关联研究 (GWAS) 估计的效应大小加权。 近年来，PRS 的应用有所增长，因为它们用于检测性状之间共享的遗传病因的效用越来越受到重视。 PRS 还可用于在动力不足的研究中建立遗传信号的存在，推断性状的遗传结构，用于临床试验中的筛选，并可作为表型的生物标志物。 在这里，我们展示了第一个专用 PRS 软件 PRSice（“精确”），用于计算、应用、评估和绘制多基因风险评分的结果。 PRSice 可以在大量阈值（“高分
linux下微生物软件,生物信息学3：微生物基因组学常用软件安装
weixin_39990660的博客
05-03 982
一、Linux 安装软件的常用方法：(1)将可执行程序加入环境变量一些软件包内包含的是可执行程序，不需要进行编译，这类程序可以在软件目录中通过终端“./主程序名”命令运行。所以可以将主程序所在的目录加入到环境变量中即可。常见的环境变量配置文件包括家目录下的“zshrc”、“bashrc”以及/etc目录下的“profile”。(2)创建可执行程序的软连接到已在环境变量的目录下可以视为方法一的另一种...
真核生物基因组的基因分析和预测
热门推荐
生物医学信息学博客
06-05 1万+
真核生物基因组的基因分析和预测 # 一、摘要 加深基因预测基本原理的理解（如 密码子的偏好性、内含子外显子剪切识别序列等）； 了解同源基因预测的意义所在； 熟悉已有的基因预测的使用（如GenScan、GeneWise等）； 二、材料和方法 1、硬件平台 处理器:Intel（R） Core（TM）i7-4710MQ CPU @ 2.50GHz 安装内存(RAM)：16.0...
MetaMIS:元基因组微生物相互作用模拟器-开源
04-29
MetaMIS是在宏基因组学领域自动推断微生物群落概况的微生物相互作用的第一个工具。 MetaMIS的最显着特征是它能够在生态互动网络中保留最大数量的稀有物种。 MetaMIS为没有编程技能的科学家提供了用户友好的交互式...
大豆GmWRI1a基因克隆及生物信息学分析 (2013年)
05-10
利用Phytozome数据库、NCBI网站等软件对大豆（Glycine max）基因组中WRI1同源基因进行生物信息学...进化树分析表明，GmWRI1a包含在第一个分支里，与AtWRI1距离较近，推断其与AtWRI1属于同源基因，具有相似的功能。对与
生物信息学研究中lncRNA分析中R编程的关键方法-研究论文
05-19
生物信息学是科学研究的一个多学科领域，它使用计算机科学知识来分析生物数据。 生物信息学通常在实验室中用于湿实验室实践。 该研究领域涵盖基因组学，蛋白质组学和代谢组学。 这些中的每一个都处理由世界著名组织（如NCBI，EMBL等）创建的各种数据库。各个级别的学生，院士，企业人员从诸如ENA，Ensembl，UniProt，PDB等著名数据库中提取信息。提取的数据需要进行转换以进行分析和图形绘制。 根据分析结果和图形结果，科学家和研究人员得出结论或做出重要决定，以建立某些生物学事实。 现在，从巨大的生物学数据库中提取生物学数据是一项艰巨的任务。 它需要一个非常有效的工具，该工具不仅可以提取信息，而且还可以提供数据分析和图形绘制便利。 在技​​术领域中，有许多编程工具可以利用它们的弱点和优点。 例如C，C ++，Perl，Ruby，JavaScript或PHP，Java，R，Python，Bash等语言工具。生物信息学的研究人员大致分为两类：第一类不想自己制作软件和其他人。 两者都将进行数据分析； 执行统计测试，绘制图表并使用其他程序员制作的生物信息学软件。 但是第二组可能有兴趣编写自己的脚本或构建供自己使用或帮助其他研究人员的软件。 对我来说，R编程将是上述两个小组的最佳选择。 因为它具有丰富的生物软件包集合，可支持在生物信息学研究领域对lncRNA进行深入分析。
小麦胁迫相关基因TaLEA2的克垄生物信息学及表达特性分析 (2014年)
06-15
[目的]克隆小麦Triticumaestivum晚期胚胎发育丰富蛋白基因并对其进行基因结构、蛋白特性及表达模式分析,为其耐盐性研究奠定理论基础。[方法]搜索小麦EST数据库,通过同源克隆分离并获得小麦晚期胚胎发育丰富蛋白基因,用生物信息学软件分析该基因结构及蛋白特性,荧光定量试验分析该基因的表达模式。[结果和结论]获得1条1100bp的核苷酸序列,该序列包含了1个981bp的开放阅读框,编码1个由326个氨基酸残基组成的蛋白,该蛋白含有2个LEA2结构域,属于第2组LEA蛋白,该蛋白命名为TaLEA2。生
宜搜科技死磕港交所上市：从搜索引擎到广告投放，业绩疲态凸显
beiduocaijing的博客
04-24 1218
不仅如此，宜搜科技的盈利能力也持续处于收窄状态，净利润由2021年的5001.1万元下滑至2022年的4444.8万元，并进一步降至2023年的2501.1万元，对应的净利率亦由2021年的11.5%降至2023年的4.5%。但在宜搜科技如今的四条业务线中，数字阅读推荐服务成为了其收入的主要来源。招股书显示，宜搜科技成立于2005年，围绕宜搜推荐引擎驱动网络平台，致力将该引擎应用于“数据与人连系”应用场景，包括数字阅读推荐、数字营销、网络游戏发行及其他数字内容，并计划发掘于其他场景应用宜搜推荐引擎的商机。
【项目实战】基于高并发服务器的搜索引擎
最新发布
m0_74215144的博客
04-24 905
基于高并发服务器的搜索引擎，引用了第三方库cpp-httplib,cppjieba
mybatisPlus使用MetaObjectHandler对字段进行更新
m0_56356631的博客
04-23 337
都是符合我们的预期的。
string模拟实现
m0_73969414的博客
04-23 1443
c++中string的模拟实现，面试必会知识点
实现自定义注解、实现自定义幂等性注解
qq_44721738的博客
04-23 605
添加 Spring AOP 依赖。创建自定义注解。创建一个新的 Java 注解类，通过@interface关键字来定义，并可以添加元注解以及属性。@Target(ElementType.METHOD) //表示作用于方法上@Retention(RetentionPolicy.RUNTIME) // 表示这个注解在运行时是可见的，这样 AOP 代理才能在运行时读取到这个注解编写 AOP 拦截（自定义注解）的逻辑代码。@Aspect@Component// 方法执行前的处理。
javaweb-SpringBoot基础
kussm_的博客
04-20 1342
Spring的官网(Spring的简介：Spring makes Java simple。Spring Boot 可以帮助我们非常快速的构建应用程序、简化开发、提高效率。创建一个子包controller。
第5 章 Consul服务注册与发现
a13763926743的博客
04-22 760
consul官网地址。
如何用三代测序数据组装出一个染色体级别的基因组
08-09
### 回答1： 要用三代测序数据组装出染色体级别的基因组，可以按照以下步骤进行： 1. 数据预处理：对三代测序数据进行质量控制和过滤，去除低质量和含有适配器的reads。 2. 组装：使用基因组组装软件对经过预处理的数据进行组装。由于三代测序数据具有较长的read长度和较高的错误率，因此需要使用适合处理这种数据的组装算法，如Flye、Canu、wtdbg2等。 3. 内部一致性校正：对组装结果进行内部一致性校正，去除矛盾的序列，提高组装准确性。 4. 粘连区域处理：在染色体级别组装过程中，常常会出现粘连区域，即存在多个不同的序列可以组装在一起。可以使用长读比对、Hi-C数据等方法进行粘连区域的处理，得到最终的染色体级别组装结果。 5. 评估和改进：对组装结果进行评估和改进，比较组装结果和已知参考基因组的差异，并使用其他数据如RNA-seq数据进行验证和改进。 以上是组装染色体级别基因组的一般步骤，具体实施中还需要结合具体的数据情况和组装软件的特点进行调整和优化。 ### 回答2： 染色体级别的基因组组装需要经过以下几个步骤： 1. 数据质控：首先对三代测序数据进行质控，包括去除低质量碱基、修剪末端序列、去除接头序列等处理，确保数据的准确性和完整性。 2. 参考基因组比对：使用相关物种的参考基因组作为参考，将测序reads与参考基因组进行比对。此步骤可使用一些开源的比对工具，如Bowtie、BWA等。 3. 去重和拼接：根据比对结果，对重复的读取进行去重，然后将比对上的reads进行拼接，生成更长的序列。常用的拼接工具有SPAdes、SOAPdenovo等。 4. 错误矫正：对拼接得到的长序列进行错误矫正，去除可能存在的测序错误。可使用Quiver、LoRDEC等工具进行错误矫正。 5. 碱基错误矫正：使用相关物种的其他基因组信息，如原核生物的拓扑结构、转录本序列等，进行碱基错误矫正，提高结果的准确性。可使用Pilon、Racon等工具进行碱基错误矫正。 6. 持续迭代：以上步骤可能需要多次迭代进行，直至获得较完整且准确的染色体级别基因组。 7. 结果评估：通过与已知基因组的比对、基因预测和注释等方式对组装结果进行评估，验证基因组的准确性和完整性。 总之，染色体级别基因组组装利用三代测序数据，通过质控、比对、拼接、错误矫正等多个步骤，最终得到较完整、准确的基因组序列。然而，组装结果仍需综合其他实验验证，才能确保基因组的完整性和准确性。 ### 回答3： 要组装一个染色体级别的基因组，首先需要收集足够的三代测序数据。三代测序技术包括Illumina，PacBio和Nanopore等，它们提供了高质量、长读长的测序数据。 第一步是建立一个参考基因组序列。可以使用辅助测序技术，如BioNano或Hi-C，来获得染色体的全长信息。这些信息将帮助将测序数据映射到参考基因组上。 接下来，将三代测序数据与参考序列进行比对。根据每个数据集之间的重叠区域，可以通过重叠改正和序列拼接方法将读取连接起来。通过比对多个数据集，可以提高准确性并填充序列间的空隙。 然后，进行读取错误矫正。三代测序技术由于其相对较高的错误率，可能需要采取矫正措施。可以使用PacBio和Nanopore提供的高质量排序读取来矫正Illumina数据集中的错误。 在得到组装的序列后，需要通过重叠区域检测和破碎区域映射来验证和填充序列。通过比对之前得到的长读取和映射的链接信息，可以检测到重叠和破碎区域，并进行修复和连接。 最后，继续进行序列校准和错误修复。可以使用基于概率的方法，如polish read or consensus correction，来矫正残留的序列错误。 通过这些步骤，我们可以逐渐组装出一个染色体级别的基因组。但需要明确的是，基因组组装是一个复杂的过程，可能涉及到很多细节和步骤。因此，在实际实施中，可能需要借助各种基因组组装软件和技术来完成任务。

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