MPI分布式编程 (CPU环境) --【B-1/4】OpenMPI安装和基本使用

1. OpenMPI安装 (自动编译配置)

第一种方法:采用第三方源进行sudo apt-get install安装。

$ sudo apt-get install openmpi-bin openmpi-doc libopenmpi-dev

查询版本信息。

$ mpirun --version
mpirun (Open MPI) 1.10.2
$ mpiexec --version
mpiexec (OpenRTE) 1.10.2

2. OpenMPI安装 (手动编译配置)

第二种方法:采用官方软件包安装。首先,下载官方openmpiv4.0.1安装包

$ cd /home/joe/App/Openmpi
$ wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.0/openmpi-4.0.1.tar.gz
$ ls
openmpi-4.0.1.tar.gz

解压。

$ tar -xzvf openmpi-4.0.1.tar.gz

编译和安装。

$ cd /home/joe/App/Openmpi/openmpi-4.0.1
$ ./configure --prefix=$HOME/App/Openmpi
$ make all
$ sudo make install 

删除压缩包及其解压缩文件夹。

$ cd /home/joe/Ap
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是的,对于基于MPI的K-mean算法,可以采用多线程并行计算的方式进行优化。下面是一个使用C语言实现的基于MPI和OpenMP的K-means算法示例代码: ```c #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <mpi.h> #include <omp.h> #define DIM 3 // 数据维度 #define MAX_ITER 50 // 最大迭代次数 #define K 3 // 聚类簇数 // 计算两个向量之间的距离 double dist(double *a, double *b) { double sum = 0; for (int i = 0; i < DIM; i++) { sum += (a[i] - b[i]) * (a[i] - b[i]); } return sum; } int main(int argc, char *argv[]) { int rank, size; MPI_Init(&argc, &argv); MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank); MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size); // 生成随机数据 double data[1000][DIM]; if (rank == 0) { for (int i = 0; i < 1000; i++) { for (int j = 0; j < DIM; j++) { data[i][j] = (double) rand() / RAND_MAX; } } } // 广播数据 MPI_Bcast(data, 1000*DIM, MPI_DOUBLE, 0, MPI_COMM_WORLD); // 初始化聚类中心 double center[K][DIM]; if (rank == 0) { for (int i = 0; i < K; i++) { int idx = rand() % 1000; for (int j = 0; j < DIM; j++) { center[i][j] = data[idx][j]; } } } // 迭代计算聚类中心 for (int iter = 0; iter < MAX_ITER; iter++) { int count[K] = {0}; // 各聚类簇的点数 double sum[K][DIM] = {0}; // 各聚类簇的点坐标之和 // 计算每个点所属的聚类簇 #pragma omp parallel for for (int i = rank; i < 1000; i += size) { double min_dist = 1e9; int min_idx = -1; for (int j = 0; j < K; j++) { double d = dist(data[i], center[j]); if (d < min_dist) { min_dist = d; min_idx = j; } } count[min_idx]++; for (int j = 0; j < DIM; j++) { sum[min_idx][j] += data[i][j]; } } // 聚类中心更新 for (int i = 0; i < K; i++) { MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, sum[i], DIM, MPI_DOUBLE, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD); MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, &count[i], 1, MPI_INT, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD); for (int j = 0; j < DIM; j++) { center[i][j] = sum[i][j] / count[i]; } } } MPI_Finalize(); return 0; } ``` 该代码中使用了OpenMP多线程并行计算方式,将数据点的计算分配给不同的线程进行计算,从而提高计算效率。同时,由于使用MPI进行通信,可以将程序分布到不同的计算节点上进行并行计算,进一步提高程序的运行效率。

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