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RSS订阅原创 病毒contig宿主预测工具iPHoP安装使用
iPHoP集成了目前所有可用的病毒-宿主关系预测方法，并构建了一个机器学习框架，以获取病毒的全面宿主预测。iPHoP 代表 integrated Phage Host Prediction。它是一种自动化命令行管道，用于根据基因组序列预测新型噬菌体和古病毒的宿主属。管道可以分为 6 个主要步骤：答：第 1 步：运行单个主机预测工具B：第 2 步：收集基于主机的工具的所有分数和所有命中之间的距离 * 两个潜在主机之间的距离，即给定工具和给定查询病毒的两次命中，基于 GTDB 树 （GTDB: an ongoi
2024-07-06 16:54:44
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原创 使用PhaGCN2（v2.2）对病毒重叠群进行物种分类注释
PhaGCN2 是一个基于 GCN 的模型，它可以通过深度学习分类器学习物种掩蔽特征，用于新的病毒分类注释。要使用 PhaGCN2，您只需将重叠群输入程序即可。PhaGCN2 数据库现已根据最新的进行了更新。
2024-07-05 19:35:37
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原创 通过CoverM（v0.7.0）计算Contig 的RPKM值
CoverM 旨在成为可配置、易于使用和快速的 DNA 读取覆盖率和 相对丰度计算器专注于宏基因组学应用。CoverM 计算基因组/MAG（）或个体的覆盖率 重叠群（通过读取映射计算覆盖率，其输入可以 可以是按参考排序的 BAM 文件，也可以是各种格式的原始读长和参考基因组。安装。
2024-07-05 16:42:47
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空空如也
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