RNA-seq可视化[1]——如何绘制美观的火山图（附R代码）

背景

火山图是基于RNA-seq差异分析后对于表达量变化存在显著性差异后绘制的图像，其横纵坐标分别是P value和Foldchange。能够对于差异化的结果进行很好的可视化，显著观察到发生显著变化的基因。

原理

基于RNA-seq的实验方法就不过多赘述，本文主要阐述火山图的绘制方法。

更多具体的原理参考：Wolf JB. Principles of transcriptome analysis and gene expression quantification: an RNA-seq tutorial.Mol Ecol Resour. 2013;13(4):559-572.

正文

1.数据准备
1）测序返回原始结果（.fastq文件），或者从NCBI，TCGA等数据库下载原始测序数据。
2）序列比对及表达定量。原始的测序结果文件，需要比对到参考基因组上，再进行定量。
3）上面的步骤主要是对于转录组的绝对定量。因为存在测序深度的差异，所以我们要对数据进行标准化，再进行差异分析。主要的数据分析可以参考：RNA-seq分析流程。

2.数据筛选
数据筛选主要通过pvalue和foldchange。一般的筛选条件为plue小于0.05，log2foldchange的绝对值大于1.5。大家可以根据自己的需要进行更改。但是p值的选择还是以0.05为界。分析原理参照：