Partitionfinder2安装踩坑-CSDN博客

本文链接：https://blog.csdn.net/Chlorophyl1/article/details/121635115

博主在使用Phylosuite中的Partitionfinder2时遇到速度慢的问题，决定安装Linux版本的Partitionfinder2。由于该软件基于Python2.7，因此创建了对应的Python环境，但在运行时遇到未知错误。尝试了不同版本后，最终成功运行了较早版本的Partitionfinder2。

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Phylosuite里面的Partitionfinder2运行实在是不够快，下了个Linux版本的来跑。

Partitionfinder2是基于Python2.7的所以新建了个python2的环境

conda create -n python2.7
conda activate python2.7
conda install python=2.7

#离开 conda deactivate

git clone https://github.com/brettc/partitionfinder.git
#下的是partitionfinder-2.1.1

cd partitionfinder
make

但是报这个错至今不知道为什么QAQ 如果有知道的好心人可以说一说

[root@localhost partitionfinder-2.1.1]# make
find ./tests -name analysis -and -d | xargs rm -rf
find: 警告: 您在非选项参数 -name 后定义了 -d 选项，但选项不是位置选项 (-d 影响在它之前或之后的指

find: 警告: 不赞成使用 -d 选项；请使用 -depth 代替，因为后者更符合 POSIX 特性。
find ./tests -name log.txt | xargs rm
rm: 缺少操作数
Try 'rm --help' for more information.
make: *** [clean-test] 错误 123

于是放弃了partitionfinder-2.1.1版本然后下载了早一点的版本

tar -zxvf partitionfinder-2.0.0.tar.gz
cd partitionfinder-2.0.0/

./PartitionFinder.py
#试一下 提醒要安装依赖包

pip install numpy pandas tables pyparsing scipy sklearn

chmod 775 *
#给权限

./PartitionFinder.py

(python2.7) [root@localhost partitionfinder-2.0.0]# ./PartitionFinder.py
INFO     | 2021-11-30 16:04:03,183 | Note: NumExpr detected 35 cores but "NUMEXPR_MAX_THREADS" not set, so enforcing safe limit of 8.
INFO     | 2021-11-30 16:04:03,184 | NumExpr defaulting to 8 threads.
Usage: python PartitionFinder.py [options] <foldername>

    PartitionFinder and PartitionFinderProtein are designed to discover optimal
    partitioning schemes for nucleotide and amino acid sequence alignments.
    They are also useful for finding the best model of sequence evolution for datasets.

    The Input: <foldername>: the full path to a folder containing:
        - A