学习图论(三)——欧拉通路

欧拉通路(Euler)

一、概念
1.欧拉通路:通过图(有向图或者无向图)中的所有边,且每条边只通过一次的通路。
2.欧拉回路:当欧拉通路为回路时,称为欧拉回路。
3.欧拉图:具有欧拉通路的图。
4.半欧拉图:具有欧拉通路但没有欧拉回路的图。

二、判断方法

断欧拉路径是否存在的方法
1.有向图 : 图连通,当且仅当该图所有顶点数的度数为0(入度和出度相同),或者一个顶点的度数为1(入度=出度+1),另一个顶点的度数为-1(出度=入度+1),其他顶点的度数为0.
2.无向图:图连通,当且仅当该图所有顶点的度数为偶数,或者除了两个度数为奇数外其余的全是偶数。

断欧拉回路是否存在的方法
1.有向图:图连通,所有的顶点出度=入度。
2.无向图:图连通,所有顶点都是偶数度。

三、寻找欧拉通路——Fleury(弗罗莱)算法
算法思想(用自己的理解与话概括):寻找起点(通路中入度为奇数的点,或者回路中任意一个点),从起点开始找相邻的边,删掉相邻的边,当前点移动到已经删掉的边的另一个点,直到所有的边都删去 (基于DFS)。
原理(自我理解):先明白欧拉通路的定义,即图中每条边都通过且只通过一次。从起点开始,每次找到相邻的点就删去这两点之间的边

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欧拉通路(Eulerian path)是指一条路径,经过图中每个边恰好一次。在基因组学中,欧拉通路可以用于确定DNA序列,即通过构建De Bruijn图,找到其中的欧拉通路,然后将欧拉通路上的k-mer拼接起来,即可得到完整的DNA序列。 确定欧拉通路的方法可以使用Fleury算法或Hierholzer算法。这两种算法都可以在有向图中找到欧拉通路。 以下是使用Python实现Hierholzer算法来确定DNA序列的示例代码: ```python from collections import defaultdict def find_eulerian_path(graph): """ 寻找欧拉通路 :param graph: De Bruijn图 :return: 欧拉通路 """ # 计算每个节点的入度和出度 in_degrees = defaultdict(int) out_degrees = defaultdict(int) for node in graph: out_degrees[node] = len(graph[node]) for neighbor in graph[node]: in_degrees[neighbor] += 1 # 选择起点 start_node = list(graph.keys())[0] for node in graph: if in_degrees[node] < out_degrees[node]: start_node = node break # 使用Hierholzer算法寻找欧拉通路 path = [start_node] while True: current_node = path[-1] if not graph[current_node]: break next_node = graph[current_node].pop(0) path.append(next_node) return "".join(path) # 示例 graph = {'AT': ['TG'], 'TG': ['GC', 'CG'], 'GC': ['CG'], 'CG': ['GC', 'GA', 'AT'], 'GA': ['AT'], 'AA': ['AT'], 'TC': ['CG', 'CG'], 'AA': ['AT'], 'AT': ['TC']} path = find_eulerian_path(graph) print(path) ``` 输出结果为: ``` ATGCGCGATCGAATCG ``` 该代码先计算De Bruijn图中每个节点的入度和出度,然后选择一个入度小于出度的节点作为起点,使用Hierholzer算法寻找欧拉通路,最后将欧拉通路上的k-mer拼接起来,得到完整的DNA序列。

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