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RSS订阅转载 转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释
目的：在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。作业：截图几个基因的IGV可视化结构！还可以下ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识。载参考基因组# 解压文件tar -zxvf chromFa.tar.gz# 把所有...
2019-12-10 17:54:16
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转载 转录组入门3：了解fastq测序数据（补遗）
fastqc 检测测序文件质量创建一个文件夹mkdir fastqc/创建一个fastqc.sh脚本-o: 输出路径-t: 线程数，和电脑配置有关，每个线程需要250MB 的内存质量解读html 格式用浏览器打开基本信息Enconding: 测序平台版本号Total Sequence: reads 的数量Sequence length: 总的序列数%GC GC比，这个指标...
2019-12-10 16:09:22
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原创 转录组入门3：了解fastq测序数据
目的：用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量。作业：理解测序reads，GC含量，质量值，接头，index，fastqc的全部报告，搜索中文教程一. SRA Toolkit官方文档https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_docF...
2019-11-07 16:26:46
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原创 RNA-Seq入门（2）：从NCBI下载高通量数据
1.Paper：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034Link：https://www.nature.com/articles/ncomms13347read methods and ...
2019-11-05 18:18:14
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原创 RNA-seq基础入门作业（1）：计算机环境的准备
System Preparation: Ubantu 16.04Software Installation:1.anacondaget root authoritysudo passwd root su rootinstall anaconda python 3.7mkdir src biosoftcd srcwget https://repo.anaconda.com/arc...
2019-11-02 16:02:28
482
空空如也
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