EndeavourSyc的博客

原创 读取单细胞matrix.mtx时的离谱报错

由于教学演示需要，今天用STAR-solo给NCBI上随便找的一个smartseq数据集做了定量（PRJNA591860），在定量之后，得到了常规的三个文件，压缩后下载到本地，到这里一切正常。最后复习一下单细胞定量之后的mtx文件的含义，如上图，前两行是稀疏矩阵的固定格式，第三行中，前两个数字（36601和15）分别表示这一行出现的数字的上限，最后一个57328表示这个文件的总行数。我尝试了一下午，从mtx的行数检查到文末空格是否添加，以及重新做了一遍star的reference，这个报错就是纹丝不动。