Eva042的博客

原创 考研英一单词整理Day1

原创 1. 写程序 `formatFasta-2.py`, 读入 test2.fa，把每条 FASTA 序列分割成 80 个字母一行的序列

使用 while True的结构，更加值得学习的一种格式。第一次写的，还debug了好久，逻辑理解起来有点困难。

原创 12.简化的短序列匹配程序 (map.py) 把short.fa中的序列比对到ref.fa, 输出短序列匹配到ref.fa文件中哪些序列的哪些位置

要求： * 输出格式 (输出格式为bed格式，第一列为匹配到的染色体，第二列和第三列为匹配到染色体序列的起始终止位置（位置标记以0为起始，代表第一个位置；终止位置不包含在内，第一个例子中所示序列的位置是(199,208](前闭后开，实际是chr1染色体第199-206的序列，0起始). 第4列为短序列自身的序列.)。* 附加要求：可以只匹配到给定的模板链，也可以考虑匹配到模板链的互补链。这时第5列可以为短序列的名字，第六列为链的信息，匹配到模板链为'+'，匹配到互补链为'-'。

原创 11. 写程序 `collapsemiRNAreads.py`转换smRNA-Seq的测序数据

解决TypeError: SeqRecord (id=ACT_2_x2) has an invalid sequence.

原创 #10. 写程序 `reverseComplementary.py`计算序列 `ACGTACGTACGTCACGTCAGCTAGAC`的反向互补序列

没想到replace虽然一次只能替换一个字符，但是可以叠加，好看了很多。用笨办法是可以做，但是好多行看着头大。非常简单，只要用replace就行。

原创 9.写程序 `transferMultipleColumToMatrix.py` 将文件(multipleColExpr.txt)中基因在多个组织中的表达数据转换为矩阵形式

因为是小白一个，折腾了很久用了个笨办法解决，还请各位不要见笑。用的是笨办法估计数据量大了以后就做不动了，后续再优化吧。* 输入格式(只需要前3列就可以)用的是python的pandas。

原创 ROSALIND Python

print("".join(b[34:41]))#加点料就正常了，join方法可以拼接字符串list的内容，对于int行需要用print（" ".join(str(i) for i in lists)）来解决。print(b[34:41]) #输出是一次性输出来了，但是还是做不到以非list的形式呈现。#实操--问题：输出无法做到一个高通量，只能自己手动输入想要的数字。#方式：以遍历的方式展现出了一句字符串的所有字符（分割）b[22] #获得第22位的字符。#ROSALIND练习3。