序列比对之Needleman-wunsch算法的python实现

最新推荐文章于 2025-04-23 11:38:43 发布

Python大魔王李相赫

最新推荐文章于 2025-04-23 11:38:43 发布

阅读量2.4k

点赞数 3

分类专栏： Narcissus的算法文章标签：算法动态规划 python 机器学习

本文链接：https://blog.csdn.net/Faker_Skt_K1/article/details/107411220

版权

本文分享了在项目中遇到序列对齐问题后，使用Python实现的 Needleman-Wunsch 算法，包括算法原理及回溯对齐的详细代码，可供学习参考。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

仅供有缘人参考

因为做项目遇到了beam search生成的序列的对齐问题，所以自己写了一个关于序列比对的needleman-wunsch算法的python代码，供有需要的有缘人参考。

算法原理可参考
Needleman-wunsch算法矩阵的计算
 知乎上的对算法以及回溯的介绍

Needleman-Wunsch算法以及回溯对齐的Python代码

// needleman-wunsch 算法
def needleman_wunsch(label, pred):
    m=len(label)
    n=len(pred)
    dp=[[1]*n for i in range(m)]
    for i in range(m):
        if pred[0]!=label[i]:
            dp[i][0]=0
        else:
            break
    for j in range(n):
        if pred[j]!=label[0]:
            dp[0][j]=0
        else:
            break
            
    for i in range(1,m):

最低0.47元/天解锁文章