序列比对之Needleman-wunsch算法的python实现

仅供有缘人参考

因为做项目遇到了beam search生成的序列的对齐问题，所以自己写了一个关于序列比对的needleman-wunsch算法的python代码，供有需要的有缘人参考。

算法原理可参考
Needleman-wunsch算法矩阵的计算
知乎上的对算法以及回溯的介绍

Needleman-Wunsch算法以及回溯对齐的Python代码

// needleman-wunsch 算法
def needleman_wunsch(label, pred):
    m=len(label)
    n=len(pred)
    dp=[[1]*n for i in range(m)]
    for i in range(m):
        if pred[0]!=label[i]:
            dp[i][0]=0
        else:
            break
    for j in range(n):
        if pred[j]!=label[0]:
            dp[0][j]=0
        else:
            break
            
    for i in range(1,m):