教授专栏91 | 孙飞:用于编织可定制蜘蛛丝的蛋白质点击化学

香港科大内地办(北京)

于 2023-12-28 20:00:34 发布

阅读量311

点赞数

文章标签：人工智能

原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUxMTQwNTQ3OA==&mid=2247503343&idx=1&sn=e2326466e0d8fe1e3da985edf07f9da9&chksm=f82298199c839b18f83c2233cbcbd0ed8b8cd8d8f5b712fe375db0b0217500d675bdaaf1b6e9&scene=126&sessionid=0

版权

文 / 孙飞教授

蛋白质点击化学将由细菌产生的蜘蛛丝变为生物医学奇迹，技术为光纤光学、伤口愈合和组织再生方面带来创新突破。

几个世纪以来，蚕丝养殖占据了世界丝线的主导地位，蚕蛹上的丝线一直是古代人的需求品。现时，结合强度和柔韧物理特性的蜘蛛丝，也成为了人们需求的另一种材料。

不幸的是，要在短期内复制出类似蚕丝养殖场的大规模蜘蛛丝生产系统似乎不太可能。大规模生产蜘蛛丝不现实，可扩展性仍然是一个重大问题。

因为蜘蛛的天性是具攻击性和肉食性，所以蜘蛛养殖农场是不可实现的。然而，合成生物学的发展令研究人员找出不能大规模生产的蜘蛛丝在生物医学上的用途。

在一篇发表在《Advanced Functional Materials》的论文中，研究团队描述了一种运用细菌生产蜘蛛丝蛋白的新方法。这个过程不仅高效，还允许他们在丝线上放入各种不同的分子，以增强蜘蛛丝的天然属性，甚至能与活体组织反应。

新技术的网

为了造出“可定制的蜘蛛丝”，团队结合了两种基因和化学技术。第一种是重组DNA，一种合成生物学技术，让研究人员分离和操纵特定基因，甚至将它与另一种生物的基因组结合。

借助这项技术，蜘蛛丝基因将可以添加到大肠杆菌等细菌中，令细菌细胞转化为「蜘蛛丝蛋白工厂」。

接下来，该团队使用了来自合成化学领域的新方法——基因编码点击化学。简而言之，这是一种有效连接蛋白质分子（或「点」在一起）的技术，就像组合乐高积木一样。

该团队使用这种方法在蜘蛛丝蛋白上加了一个基因标签，该标签就成了其他标有相应捕捉特性分子的附着点。这将普通的蜘蛛丝转化为可以涂覆各种有用分子上的支架。

功能性丝线

在两个独立的实验中，该团队展示出这项新技术的能力。首先，团队在蜘蛛丝线上涂覆了做硅酸酶。这是海绵动物利用在转化硅酸为硅质的酶，是一种类似玻璃的结构，在海绵动物身体中使用的物质。

成果是一种涂覆在玻璃硅质上蜘蛛丝蛋白的有机与无机混合物。这不仅证明团队可以修改蜘蛛丝蛋白，我们还可能把其转化为光纤。

为了展示蜘蛛丝蛋白在生物医学用途的潜力，该团队随后在蜘蛛丝蛋白上涂覆细胞结合配体分子。顾名思义，这些分子附着在细胞表面，并在身体中用于各种用途，如伤口愈合和组织生长。

以涂覆两种不同配体中其中一种配体的蜘蛛丝蛋白作细胞培养平台，经过10天的生长后，得出涂覆配体的蜘蛛丝上覆盖了更多细胞，细胞也更长，这类似于生物体内的细胞，如血管系统等组织中的细胞生长和功能，表明这些蛛丝支架可以用于伤口愈合或再生组织。

这是一个有前景的概念验证。除了蜘蛛丝蛋白的强度、小尺寸和能够抵抗体内酶和蛋白质降解的优点外，一些报告更指出蜘蛛丝不会引发免疫系统反应。

现在，通过高效生产蜘蛛丝并转化为可定制支架的方式，潜在用途只受可以附着蜘蛛丝分子类型所限制。幸运的是，先进的人工智能也可以应用于这一领域。

现在，有了像AlphaFold这类强大的人工智能，程序可以预测分子和蛋白质的折叠、功能和附着方式，这使蜘蛛丝上的反应和最佳放置方式都能被可视化。研究团队再不需要猜测并进行实验来测试方式是否有效，已经可以直接预测所期望的结果，然后比较哪种蛋白质更能适用于特定的情况。

我们和合作团队现在正在研究功能化蛛丝蛋白的具体用途，如作为再生神经元或器官模型的平台。这是我们从自然中寻找灵感得出的解决方案。

研究人员希望利用生物系统生产材料，这些材料可以与我们的祖先已经做了几千年的事情相媲美，甚至超越它们。

*转载自Advanced Science News网站

孙飞教授简介

孙飞教授，香港科大化学与生物工程系副教授，香港科大生物工程研究生项目主任，芝加哥大学化学博士，在2014年加入科大之前，孙教授在加州理工学院担任博士后研究员。他于2012年获得芝加哥大学化学博士学位，2007年获得北京大学理学学士学位。他的主要研究兴趣包括蛋白质材料、蛋白质工程和合成生物学等。