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RSS订阅原创 RepeatMasker的安装与使用（一）
文章目录文章目录文章目录一、前言二、软件安装1.RMBlast序列搜索引擎2.TRF(Tandem Repeat Finder)搜寻串联重复序列3.RepeatMasker程序4.Repbase数据库5.配置RepeatMasker依赖关系一、前言RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释，并分类统计的软件，几乎用于所有物种。是研究基因组、非编码RNA、转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件。本文安装参考一：RepeatMasker（一）——安装及使用本文安装参考二：Repeat
2022-05-19 11:55:34
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原创 RNA-seq测序流程一：数据下载
目录文章目录目录前言一、NCBI官方的 SRA Toolkit 进行下载二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结前言如果有公司提供的测序数据，包含fastq测序文件，便可直接进行公共数据库下载数据：EBI数据下载DDBJ数据下载NCBI下载SRA数据有四种方法：NCBI官方的 SRA Toolkit 进行下载aspera 工具下载wget, curl 命令直接下载grabseqs 工具下载一、NCBI官方的 SRA Toolkit 进行下载获取GEO编号，比如GSE1009
2022-05-05 18:41:54
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原创 ChIPQC——对ChIP-seq的质量评估
第4篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）——phantompeakqualtools学习目标：探讨ChIP-seq数据质量低的来源理解链交叉相关性（ strand cross-correlation）使用phantompeakqualtools计算交叉相关性和其他相关的质控度量值评估交叉相关图参考一：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）——phantompeakqualtools文章目录第4篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）——p
2022-04-06 16:58:22
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空空如也
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