Junbao_Zhang的博客

原创 关于nipype和fmriprep

最近把nipype和fmriprep的环境装好了，做一下笔记以防后面忘记。如果nipype官方提供的image不满足需求的话，可以用neurodocker创建个性化的影像数据分析的image。

原创 windows中用文本编辑器编写的linux脚本在linux环境下无法识别换行符的解决办法

1. 使用支持 Unix 换行符的文本编辑器，如 Visual Studio Code、Notepad++ 等，在保存脚本时选择使用 LF 作为换行符。2. 或者用下面的方法进行转换。

原创 Docker stuck on starting

问题描述：Docker desktop打开后，一直处于starting the docker engine...状态。

原创 在jupyter notebook中使用R

https://docs.anaconda.com/anaconda/navigator/tutorials/r-lang/

原创 Post Hoc Test

最初从图书馆的一本生物统计书里大概明白了post hoc，后来时间久了又不大记得了，今天在google上搜到一篇关于post hoc的文章，看完感觉挺有收获的。以防此链接日后失效，先把它截屏拷贝过来：用R做事后比较的时候，我用了一个glht函数（最初是参考这篇博文知道glht这个函数）：#方差分析fit=aov(total[,j]~age+edu+gender...

原创 Libsvm matlab 优化目标及输出结果

参考http://blog.sina.com.cn/s/blog_6646924501018fqc.html参考https://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/papers/libsvm.pdf因为原始推导的目标函数，维度通常表较高，通常去优化具有类似的效果的目标函数。当和函数是线性函数时，这种具有类似效果的目标函数的优化结果可以倒推得到超平面的参数；其他和函数的情况下无法倒推。问题：作图时的超平面如何画的，类似这种：https://blog.csdn.net/made

原创 关于Reorient

1.SPM12进行reorient(在Display中进行)。I.调整旋转角度。II.鼠标定位十字线位置（中心在AC点，同时再调整一下角度使十字线过PC点）。III.点击Set Origin。IV.点击Reorient...,选入需要调整位置信息的图像（此时可以选入多个图像，因此可以利用该功能把结构像调整的位置信息直接应用到功能像上，这一点比DPABI方便）。后续会弹出save reorient matrix对话框，可以选择保存一下，即使不保存，图像调整过的位置信息也已经保存了，这里只是把修

原创 关于DPABI头动参数问题

在单个被试文件夹中，以rp开头的TXT文件中头动转动参数的单位是弧度在HeadMotion文件夹中，头动转动参数的单位是角度（°）

原创 Docker 命令

$ docker ps // 查看所有正在运行容器 $ docker stop containerId // containerId 是容器的ID $ docker ps -a // 查看所有容器 $ docker ps -a -q // 查看所有容器ID $ docker stop $(docker ps -a -q) // stop停止所有容器 $ docker rm $(docker ps -a -q) // remove删除所有容器$docker restart containe.

原创 关于docker的安装和设置

目前每次安装后运行都会报错，比如‘error 'looking for vboxmanage.exe'’。解决办法：重新点击运行安装程序，只勾选‘virtual box’；之后还会报错，这时再：You can solve this reinstalling the VirtualBox, choosingrepairmode.C:\Program Files\Docker Toolbox\installers\virtualbox->virtualbox.exeenter image ...

原创 Wilcoxon rank sum test & Wilcoxon signed rank test

https://stats.stackexchange.com/questions/91034/difference-between-the-wilcoxon-rank-sum-test-and-the-wilcoxon-signed-rank-test1.You should use the signed rank test when the data arepaired.You'...

原创 R做post-hoc的常用函数

#emmeans 可以进行含交互项的多因子的post-hoclibrary(emmeans)fit.con=lmer(Signal~gender+age+edu+Group2*Emotion+(1|sub), data = dat.con.ROI)anova(fit.con,type = 'I')emmeans(fit.con,list(pairwise ~ Group2*Emotion...

原创 Repeated measures ANOVA with R

传统方法：lmer（）：How to do Repeated Measures ANOVAs in R线性混合模型（LMM）的核心思想是通过加入随机项，来控制掉抽样中的数据嵌套情形（无论是病人数据来自不同医生，此时把医生作为随机项；亦或是重复测量时，不同时间的测量来自同一个病人，此时把病人作为随机项）参考文章：INTRODUCTION TO LINEAR MIXED MOD...

转载 SPM Batch

SPM Batch

转载 SnPM

Statistical nonParametric Mapping

转载 Principles of multiple comparison correction

Principles of multiple comparison correction

转载 HUMAN BRAIN FUNCTION 2nd EDITION

HUMAN BRAIN FUNCTION 2nd EDITION

转载 Thresholding with random field theory

Thresholding with random field theoryDevelopments in Random Field Theory

转载 Introduction to SPM statistics

Introduction to SPM statistics目录Introduction to SPM statisticsIntroductionNaming of partsPET and fMRIAn example analysis in SPMStep one: getting the data from the imagesStep two: getting th...

原创 SPM 的一阶分析是如何计算每个体素的t值的

这篇文章有讲：Introduction to SPM statistics(以防链接丢失，后面又转载了一遍)General Linear Model：一般线性模型Generalized Linear Model：广义线性模型几乎所有的脑影像统计分析都涉及一般线性模型（general linear model，GLM）（而不是广义线性模型），包括任务态的一阶分析和几乎所有的基于体素或者基...

转载 Psychtoolbox刺激呈现方式

...

转载 CSDN如何转载别人的文章

...

原创 Python 和 MRI

nipy.orgWelcome to NIPY. We are acommunity of practicedevoted to the use of the Python programming language in the analysis of neuroimaging data. You can find us ongithub, as well as social media...

原创 Talairach 和 MNI 坐标转换

The MNI brain and the Talairach atlas（链接中提到的mni2tal.m以及Lancaster建立的优化的坐标转化方法在REST或restplus的函数库中有，可直接调用）以防链接丢失，以下为链接的截图：...

原创 R语言方差分析

原创 R语言常用的数据清洗函数

1.利用which()函数剔除某些行或列data1=data1[-which(((data1$TotalScore)/96)<0.2),]data1=data1[-which(((data1$TotalScore)/96)>0.8),]2.利用aggregate()函数进行数据初步整理（求和，求均值等）data1.sum=aggregate(Score~Name+Va...

原创 R语言编写、调用自定义函数

编写函数：myfunction <- function(arg1, arg2, ... ){statementsreturn(object)}调用函数：#source 函数文件source(FUNCfile)#调用函数result=myfunction(arg1, ...)

原创 从dicom文件读取slice order

使用MATLAB的dicominfo()函数读取dicom文件：%对于GE的机器，一个dicom文件对应一个slice，读取出来的信息中有Trigger Time一项，根据每个slice对应的Trigger Time来确定（dicom文件的命名是按照位置的増序，即从负到正，来排列的，并不是扫描的时间序列！！）dicominfo('IM0')dicominfo('IM1')dicomin...

转载 dicom中读取slice order的信息

 转自这篇文章1.关于slice order的基本知识普及，以西门子的数据为例 fromhttps://mri.radiology.uiowa.edu/fmri_images.htmlThe Siemens scanner has three types of image order that the user can select at the scanner console. T...

原创 Effect Size

在展示统计结果的时候，除了提供F，t，p values 之外，有时也需要提供effect size。effect size 与样本容量无关，反应的是总体之间的统计的效应量。effect size 有很多类型，常见的有cohen's d, eta-squared（）, 以及Hedges' g (the unbiased version of Cohen's d)。一、ANOVA的effect...

原创 R plot to PPT

主要package："officer", 说明文档：https://www.rdocumentation.org/packages/officer/versions/0.3.2导出vector graph时，需用到辅助packege："rvg"(提供 ph_with_vg() 函数)关于officer的使用一个非常详尽的文档：https://davidgohel.github.io/off...

原创 The Virtual Brain

The Virtual Brain，主要是用于brain simulation。

原创 moderation analysis

今天组会接触到了moderation analysis

原创 fMRI & R

R语言的统计功能如此强大，我在想能不能用R来分析fMRI数据，于是google了一下。有一个关于用R分析fMRI数据的课程：Neuroimaging Analysis within RR有一个叫做“fmri”的package。（具体怎么用，以后再说）R还有一个叫做“neurobase”的package。library(neurobase)setwd("~/Desktop/val...

原创 Logistic Regression

     logistic回归是一种广义线性回归（generalized linear model），因此与多重线性回归分析有很多相同之处。它们的模型形式基本上相同，都具有 w‘x+b，其中w和b是待求参数，其区别在于他们的因变量不同，多重线性回归直接将w‘x+b作为因变量，即y =w‘x+b，而logistic回归则通过函数L将w‘x+b对应一个隐状态p，p =L(w‘x+b),然后根据p ...