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原创 CentOS服务器重装系统

最近服务器的CentOS操作系统出了点问题,显示器黑屏,只能看见光标,怀疑是操作系统的问题。打算重装系统,这里记录一下过程。机型为Dell precision 7920,操作系统版本为CentOS 7.9。

2023-10-25 22:17:21 3379 1

原创 VASP+Multiwfn+VMD绘制静电势图

分子周围某一点的静电势通常被定义为将一个单位正电荷从无穷远处移动到这一点所需做的功。简单地讲,如果不考虑其他因素,当分子周围空间某一点静电势为正值时,意味着这一点对正电荷是排斥的;相反,如果某一点静电势为负值时,则意味着这一点对正电荷是吸引的。表面静电势是指在分子周围某个曲面上静电势的分布, 通常我们会使用电子密度的等值面。本文以H2O为例演示根据VASP的输出文件用Multiwfn+VMD绘制静电势图。

2023-08-22 21:32:19 9249 3

原创 用intermol和lammps拓扑文件制作gromacs拓扑文件

在已有分子或者离子的lammps格式的拓扑文件的情况下,可以使用intermol快速生成gromacs格式的拓扑文件。intermol是一个python包,可以对多种分子动力学模拟软件使用的拓扑文件进行相互转化,请访问官网获取更多信息。本文以LiTFSI/PEO电解质体系为例,演示如何在linux下用intermol将lammps拓扑文件转化为可以使用的gromacs拓扑文件。

2023-05-14 19:34:41 1249

原创 pycharm远程连接linux运行代码

python项目需要在linux系统中部署,直接在linux下做开发效率太低,直接在windows上开发再部署到linux下又会出现代码不兼容的问题,最好的解决方案是在windows上使用pycharm做开发,在linux下运行,结果再输出到windows端。本文演示如何使用pycharm远程连接linux运行代码,所用pycharm版本为2022.3.2专业版。

2023-05-07 12:17:46 2189 2

原创 linux与windows文件共享

场景一:项目资料很多,在微信里传来传去很不方便,如何建立一个文件共享空间,让项目组的所有人都可以实时地查看和编辑?场景二:windows上的磁盘空间快满了,但是linux服务器上的磁盘空间还很大,如何在windows上像利用本地磁盘空间一样利用linux服务器上的磁盘空间?Samba服务是在linux与windows之间共享文件的最佳选择,可以轻松解决以上场景的问题。

2023-05-06 22:53:28 5131 2

原创 linux向windows传文件自动化

linux脚本使用scp命令可以直接传文件到windows下的指定目录,这需要linux和windows都开启ssh服务。当有大量分散的文件需要从linux服务器下载到windows本地时,使用脚本可以高效完成任务。然而windows默认是没有ssh服务的,因此需要安装OpenSSH软件。本文linux系统为CentOS7.9,windows系统为win10。windows端可以直接从设置-应用-可选功能里添加OpenSSH服务器,由于实在太慢,这里采用手动安装的方法。

2023-04-22 14:30:39 3341 1

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