HDOJ1080 基因序列相似度（动态规划）

题目链接：http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=1080

题目大意：基因序列里面有四个字符ACTG，对于个基因序列，从中插入“-”符号让两个基因序列一样长。对于ACGT-这五个符号，任意两个符号都有一个对应的得分，给定一个对应符号的得分矩阵，求两个基因序列插入-符号以后得分的最大值。

例如：AGTGATG和GTTAG这两个基因序列，插入-符号使两个基因序列等长，AGTGAT-G和-GT--TAG是其中一种方案，在这种方案中，A对应-，G对应G，T对应T，G对应-，A对应-。。。。。。。根据对应元素的矩阵计算总得分。我们的目标是计算得分的最大值。

本题如果暴力解，列出所有可能插入-符号的情况，计算量非常大，根本行不通，而且会产生大量的子问题的重复计算。所以本题选用动态规划的方法来做。

首先，动态规划问题都是做出某种选择（一般通过遍历来确定哪种选择是最优的选择），确定了规模更小的子问题。通过子问题构建和原问题的递推关系式，进而求解原问题（一般采取自底向上的方法）。

我们以TAGCTAG和ATTGC这两个基因序列为例，设f[i][j]表示第一个序列前i个元素和第二个序列前j个元素的最大得分，我们的目标是求f[7][5]。当插入-符号两个序列等长以后，最后一个元素只有三种可能：

1、G对应C，此时产生子问题f[6][4]。此时f[7][5]=GC对应的分数+f[6][4]

2、G对应-