R语言散点图分类、配色、添加趋势线

今天遇到一个可视化问题，关于散点图的分类、以及如何添加趋势线？需要操作内容有数据导入、转化、整合、可视化；

一、可视化结果查看

结果基本满足我的要求，但还有不足的地方：
1.拟合直线不平滑（不直）；
2.没有直接显示直线公式、R2及p值。

二、数据导入

已经习惯数据导入用csv格式。

TDwx0505 <- read.csv("C:/Users/D.csv);head(TDwx0505)##导入数据
TDwx0505$plot <- as.factor(TDwx0505$plot)#转换数字型为因子型
TDwx0505$rep <- as.factor(TDwx0505$rep)
str(TDwx0505)#查看数据格式（数字型、因子型）
class(TDwx0505)#查看数据格式（数据框、向量、矩阵）
head(TDwx0505)#数据排列形式
 >  plot variety Treatment rep    TDW  TDAG    DWr   DWs   DWp TWDseed    
1 7914   DD199       NTD   1    842.6 719.6 123.00 418.9 300.7  295.2
2 7916   DD199       NTD   2    540.4 461.6  78.75 250.4 211.3  231.1 
3 7918   DD199       NTD   3    655.5 564.5  90.99 280.5 284.0  223.8
4 7923   DD199      NTDR   1    586.3 500.6  85.70 310.1 190.5  181.7 
5 7921   DD199      NTDR   2    524.8 441.4  83.42 255.3 186.1  200.0
6 7919   DD199      NTDR   3    619.6 506.2 113.37 248.1 258.1  221.4
##

三、数据整合（宽转长）

library(reshape2)
TDwx0505_DW <- melt(data = TDwx0505[c(5:9)],##数据整合将TDW...DWp合为一列
                    ID=c("plot","variety","Treatment","rep"),
                    variable.name = "Biogroup",
                    value.name = "Biomass")
TDwx0505_DW$TWDseed <- matrix(rep(TDwx0505$TWDseed,5))##将TWDseed复制5次，整合到原来数据框中，目的保证数据的一一对应
> str(TDwx0505_DW)
'data.frame':	120 obs. of  7 variables:
 $ plot     : Factor w/ 24 levels "7901","7902",..: 14 16 18 23 21 19 2 4 6 11 ...
 $ variety  : Factor w/ 2 levels "DD199","YG2009": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Treatment: Factor w/ 4 levels "NTD","NTDR","TD",..: 1 1 1 2 2 2 3 3 3 4 ...
 $ rep      : Factor w/ 3 levels "1","2","3": 1 2 3 1 2 3 1 2 3 1 ...
 $ Biogroup : Factor w/ 5 levels "TDW","TDAG","DWr",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Biomass  : num  843 540 655 586 525 ...
 $ TWDseed  : num [1:120, 1] 295 231 224 182 200 ...
> head(TDwx0505_DW)
  plot variety Treatment rep Biogroup Biomass TWDseed
1 7914   DD199       NTD   1      TDW  842.64  295.17
2 7916   DD199       NTD   2      TDW  540.39  231.08
3 7918   DD199       NTD   3      TDW  655.47  223.79
4 7923   DD199      NTDR   1      TDW  586.32  181.67
5 7921   DD199      NTDR   2      TDW  524.82  200.01
6 7919   DD199      NTDR   3      TDW  619.62  221.42

四、ggplot2作图

library(ggplot2)
library(ggpmisc)
TDwx0505_DW$Biogroup <- factor(TDwx0505_DW$Biogroup,ordered = TRUE,
                               levels = c("TDW","TDAG","DWs","DWp","DWr"))##顺序排列

TDwx0505 <- subset(TDwx0505,Treatment!="TT")##去除TT处理
TDwx0505_DW <- subset(TDwx0505_DW,Treatment!="TT")

ggplot(data = TDwx0505_DW,aes(x=Biomass,y=TWDseed,color=Biogroup,shape=Biogroup,fill=Biogroup))+
  geom_point(size=2)+
  geom_smooth (method = lm,linetype=1,se=FALSE,span=1)+
  scale_shape_manual(values = c(21:25))+
  scale_fill_manual(values = c('red','green', 'blue', 'orange', 'purple'))+
  scale_color_manual(values = c('red','green', 'blue', 'orange', 'purple'))+
  ylab(expression(paste("SW "," ( ","g"," ",m^-2," )")))+
  xlab(expression(paste("DW"," ( ","g"," ",m^-2," )")))+
  expand_limits(y=c(150,450))+
  scale_y_continuous(breaks=c(150, 250,350,450))+
  mytheme##（mytheme是自己设定的） 

##线性回归检验           
fit <- lm(TWDseed~DWr+TDAG,data = TDwx0505)
summary(fit)
fit$coefficients

看完如果对你有帮助，感谢点赞支持！

如果你是电脑端，看到右下角的 “一键三连” 了吗，没错点它[哈哈]