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RSS订阅原创 蛋白质Pdb文件的氨基酸接触网络矩阵生成
的药靶相互作用预测方法，该方法将氨基酸contact map作为机器学习、训练的原始数据之一。首先从PDB中获得每个蛋白质的三维原子坐标，如果Ca原子之间的距离小于10°A，则在两个节点之间添加一条边。认为两个氨基酸有相互接触，大于10埃则没有相互作用，假如蛋白质有n个氨基酸，那么通过距离计算，将会产生n*n维的接触矩阵。上述代码获得了任意一个氨基酸与其他氨基酸的距离矩阵，氨基酸CA原子之间距离大于10埃，视为没有接触，记为0，小于10埃视为有接触，将距离值保存。
2023-08-08 10:15:57
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空空如也
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