- 博客(11)
- 资源 (3)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 DeepLinc 方法总结
这里总结一下DeepLinc，是一个利用Variational Graph Auto-Encoders计算cell - cell communication 的方法。2022年6月发表的。
2024-01-31 00:30:05
596
1
原创 Time course gene analysis--lmms 算法总结
总结一下lmms 算法，来着论文‘A Linear Mixed Model Spline Framework forAnalysing Time Course ‘Omics’ Data’。lmms 提供了一整套处理Time Course ‘Omics’ Data’的流程，包括quality control and filtering, modeling, clustering and differentila analysis.Filtering首先重点是: 这个方法是建立在我们的数据是包含：n个
2022-03-12 22:11:19
1847
原创 聚类算法基本思想总结（kmeans，层次，meanshift，SOM, DBSCAN）
我又挖坑了，明明上一篇的问题还没说完 - -!随便总结一下聚类算法的基本思想假设对矩阵X聚类，X有m个样本，n维, 聚成k类K-means随机生成k个点（n维）计算每一个样本到k个点的距离样本i数据离他最近的一个点的那个类计算这k个类的样本中心，成为新的k个点；repeat step 2 到 step 4 直至达到迭代次数或者新的点基本不动了Hierachical clustering计算所有样本之间的距离；合并两个距离近的, 成为一个新的样本（组）重新计算n-1个样本距离*，
2021-09-19 03:29:30
1762
原创 limma 算法总结
我这个人完全没办法在不了解算法的情况下用一个包，那样我会疯，可是网上居然完全找不到limma算法的讲解资料，全是介绍怎么用的。可能我太初级了，这么简单的算法大概不值得一提……于是搞了一天原文，和东拼西凑的统计学知识，把现在了解的先总结一下：limma是做差异表达的包，其算法核心在两个function上：lmfit（）以及eBays（）lmfit（）就是multiple linear regression假设我们有基因表达矩阵Y=[y1,y2,...y100]Y=[y_1,y_2,...y_{10
2021-04-29 20:30:49
7165
7
原创 史上最通俗易懂 pvalue
各种富集分析总是用到pvalue，而我的概率论知识和术语快忘完了，所以只能用小学生都能理解的方式和例子来重新缕一遍pvalue.承接上一篇文章：史上最通俗 Gene enrichment analysis 之 over representation analysis （ORA） 原理解释以上一篇的ORA为例。还是抽彩票问题。100张彩票中有10个有奖，如果我抽了20个，我想知道有4个彩票中奖这种情况有多稀有 。这个问题服从超几何分布。总体数量N = 100, 总体有奖彩票K = 10, 抽奖次数n=2
2021-04-16 22:13:10
2840
原创 史上最通俗 Gene enrichment analysis 之 over representation analysis （ORA） 原理解释
不把基因富集分析搞清楚不罢休，一直晕晕乎乎气死我了。1. 超几何分布根据维基百科，超几何分布描述了由有限个对象中抽出n个对象，成功抽出指定种类的对象的个数（抽出不放回 （without replacement））例如在有N个样本，其中K个是不及格的。超几何分布描述了在该N个样本中抽出n个，其中k个是不及格的概率：道理都懂，但公式为啥长这样？举个简单通俗好理解的栗子：100张彩票中有10个有奖，如果我抽了20个，求有4个彩票中奖的概率，怎么求？高中知识：有4个彩票中奖，就是从10个中奖的彩票里
2021-04-14 05:28:04
4224
2
原创 Spatial Shrunken Centroids (2) 之 Spatially aware & Spatially aware structure-adaptive clustering
上一篇总结了Spatial Shrunken Centroids Segmentation的基本算法原理，其中涉及到Spatially aware & Spatially aware structure-adaptive clustering这两个聚类算法。算法来自一篇2013年bioinformatics上的文章 Efficient spatial segmentation of large imaging mass spectrometry datasets with spatially awa
2021-04-05 23:07:00
330
原创 Spatial Shrunken Centroids Segmentation 小结 (1)
最近在做质谱数据分析，不得不说，从原始数据开始分析东西实在是太恶心了。数据预处理要逼疯我……对MALDI-MSI 的每个section聚类，可以用Spatial Shrunken Centroids 的方法。这个方法来自文章Probabilistic Segmentation of Mass Spectrometry (MS) Images Helps Select Important Ions and Characterize Confidence in the Resulting Segments，代
2021-04-05 03:16:21
437
原创 Naive bayes 简要总结
最近开始给一群搞生物的讲machine learning，所以决定有点什么感想就记录一下。语言毫无逻辑，希望以后还能看懂我在写啥。感觉我终于有点搞懂了朴素贝叶斯分类器；首先，分类器就是求P(Y|X)，这是一个关于Y的后验概率例如，男人和女人如果我知道这个世界上男人和女人的比例是1:1， 那么没有任何其他条件，随机抽一个人，是女的的概率是1/2 即P(Y)=1/2 （如果是正态分布，就是已...
2019-10-22 19:06:22
211
原创 2019-09-06 生物小白理解 WGCNA
计算机专业掉入生信坑真是心塞……WGCNA是个R 工具包， 用来分析gene数据的这是2008年发表在BMC BIO上的一篇文章，由于方法简单，便于理解，而且效果不错，一直深得生物学家们的喜爱。这里只谈论大概思想原理：首先，我们的数据一般是个样本（m个）*gene（n个）的矩阵。一般来说，n>>mWGCNA,的主要思想是（这里讨论unsigned）：1） 计算基因之间的相关...
2019-09-12 20:59:50
942
1
原创 win64下载python3.6上安装theano的血泪史2018-01-05
win64下载python3.6上安装theano的血泪史2018-01-05https://www.jianshu.com/p/cefbe6d02a67本来是为了用neupy,但是安装成功后运行example时报错。报错语句：from neupy import algorithms, environment报错内容：Compilation failed (return status=1...
2019-09-12 20:55:51
686
1
粒子群算法ppt
2015-06-22
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人