Linux-pyg安装记录（如果一直不成功，报错搜不到可以重开服务器账号）

配置GEFA环境记录

1.创建、激活环境

conda create -n pyg python=3.7.0

source activate pyg

2.安装torch（torch版本1.10.1 cuda版本11.1）

pip install torch==1.10.1+cu111 torchvision==0.11.2+cu111 torchaudio==0.10.1 -f https://download.pytorch.org/whl/cu111/torch_stable.html

3.手动安装四个依赖

进入pyg官网的版本对应依赖界面http:// https://data.pyg.org/whl/

我的是torch版本1.10.1 cuda版本11.1https://data.pyg.org/whl/torch-1.10.1%2Bcu111.html

对应下载1.torch-scatter 2.torch-sparse 3.torch-cluster 4.torch-spline-conv 

找到cp37（环境的python版本） 服务器下载（-linux_x86_64.whl）

同一个python3.7的依赖关于cluster可能有两个版本，随便选择一个版本就好

下载到本地后传输到服务器的文件中，确保存在即可

4.进行pip安装

顺序1.torch-scatter 2.torch-sparse 3.torch-cluster 4.torch-spline-conv 5.torch_geometric

pip install torch_scatter-2.0.9-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl
 
pip install torch_sparse-0.6.12-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl

pip install torch_cluster-1.6.0-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl

pip install torch_spline_conv-1.2.1-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl

pip install torch_geometric==2.0


#直接pip install torch_geometric会报错 版本问题
#TypeError: Expected 'Iterator' as the return annotation for `__iter__` of SMILESParser, but found typing.Any

5.会出现报错

OSError: libcusparse.so.11: cannot open shared object file: No such file or directory

缺失文件libcusparse.so.11

    （1）.去网上下载一个然后上传到服务器的虚拟环境的 lib 文件夹

虚拟文件夹的位置/home/你的用户名/anaconda3/envs/虚拟环境名/lib

    （2）.如果仍然报错，则在 /home/user/.bashrc 文件最下面一般就在文件那一栏的下方，加入下述一行

vi ~/.bashrc 
  # 打开.bashrc 文件 i 键进入编辑模式
export LD_LIBRARY_PATH="/home/用户名/anaconda3/envs/环境名/lib"
  #加入上面的指令后（就是把这一行添加到~/.bashrc文件中），
  #esc 退出编辑模式 :wq 保存并退出 然后 source 激活一下 
source ~/.bashrc

到此我的pyg环境配置完成，前车之鉴，克隆干净的环境以备不时之需。

conda create -n gefa --clone pyg
#克隆老环境pyg ，新环境命名gefa

6.安装rdkit

装了好几次一直报错 rdkit.chem不能用 

我觉得是下载的不够稳定，报错就把包卸载掉然后再换一种方式安装

conda install -c conda-forge rdkit

conda install -c rdkit rdkit

# -c指的是channels
#紧接着的是channels的名称 （conda-forge或者rdkit）
#最后是下载的包rdkit

最终大功告成！